Находясь в заключении, Андрей Николаевич сумел сохранить и личную независимость, и настойчивость в достижении своих решений. Он твердо требовал привлечения к «своим» работам коллективов ЦАГИ, ЦИАМ, других институтов и конструкторских бюро. По его требованиям ведущие специалисты многих иных отраслей при необходимости приезжали в его ОКБ.
Пятидесятилетие Андрея Николаевича Туполева 29 октября 1938 года было скромно отмечено за столом общего зала столовой в Болшеве. По желанию юбиляра к торжественному обеду были приобретены яблоки апорт.
В апреле 1939 года коллектив Туполева был возвращен в Москву, в недавно отстроенное здание КОСОС (ныне набережная Академика Туполева), поближе к опытному производству, где он возглавил один из четырех конструкторских отделов в ЦКБ-29 при Заводе опытных конструкций ЦАГИ (ЗОК № 156). Начальником ЦКБ-29 НКВД был полковник НКВД Г. Я. Кутепов, ранее работавший техником по вооружению самолетов на одном из авиационных заводов.
На шестом этаже здания, в Дубовом зале с балконом, построенном для приема гостей и проведения важных совещаний, разместилась спальня, где, рядом с тремя десятками других, стояла кровать и тумбочка А. Н. Туполева; на крыше был оборудован прогулочный дворик — «обезьянник».
Первой в здание КОСОС была возвращена группа В. М. Петлякова, получившая наименование СТО — специальный технический отдел. Позднее буквенную аббревиатуру заменили числом «100». Мясищевская группа прибыла второй и получила наименование «102», туполевская — третьей — «103». Прибывшая позднее группа Д. Л. Томашевича, проектировавшая истребитель, почему-то получила номер «110».
В дневные часы шла напряженная конструкторская и расчетная работа во всех техотделах. В вечернее время «контингент» мог прогуливаться по крыше и любоваться видами Москвы. После ухода рабочих, в сопровождении охраны, можно было посетить цеховые душевые. Еженедельно в ЦКБ привозили новое кино. Снабжение и питание «контингента» по тем временам было на высшем уровне. Мясо, птица, рыба, различные каши, по сезону — овощи и фрукты.
Условием освобождения заключенных была готовность к серийному производству самолета, над которым они работали. «Самолет в воздухе — вы на свободе», — не раз повторял Берия.
Андрей Николаевич Туполев был освобожден в первый месяц войны — 21 июля 1941 года, вскоре после успешного окончания госиспытаний самолета 103У — будущего Ту-2, рекомендованного к серийной постройке.
«„Почему сидели Туполев, Стечкин, Королев?“ — спросил как-то Ф. Чуев у Молотова, о чем написал в своей книге „Стечкин“. — „Они все сидели, — ответил Вячеслав Михайлович. — Много болтали лишнего. И круг их знакомств, как и следовало ожидать… Они ведь не поддерживали нас… Туполевы — они были в свое время очень серьезным вопросом для нас. Некоторое время они были противниками, и нужно было еще время, чтобы их приблизить к советской власти… И не считаться с тем, что в трудный момент они могли стать особенно опасны, тоже нельзя. Без этого в политике не обойдешься. Своими руками они коммунизм не смогут построить…
Иван Петрович Павлов говорил студентам: „Вот из-за кого нам плохо живется!“ — и указывал на портреты Ленина и Сталина. Этого открытого противника легко понять. С такими, как Туполев — было сложнее. Туполев из той категории интеллигенции, которая была очень нужна Советскому государству, но в душе они — против, и по линии личных связей они опасную и разлагающую работу вели, а даже если и не вели, то дышали этим. Да они и не могли иначе!“»
Заметим, что с точки зрения «революционной наследственности» Андрей Николаевич для советской власти был, казалось бы, совершенно своим: человек левых убеждений, сын народовольца, фактически всю свою сознательную жизнь прожившего в ссылке. Сам Андрей Туполев в студенческие годы был квалифицирован охранным отделением как «политически неблагонадежный» и заключен под стражу в Арбатский полицейский дом в марте — апреле 1911 года. 28 мая того же года он был исключен из Императорского московского технического училища на два с половиной года за предоставление адреса «для сношений городских коалиционных комитетов высших учебных заведений в Петербурге и Москве в целях объединения этих заведений в проведении забастовок».
Заметим, что никогда позднее Андрей Николаевич даже не намекал на свое участие в революционном движении, хотя не раз слышал просьбы о рассказе на эту тему от буквально «рывших землю» по этому поводу писателей, биографов, журналистов.