24 октября 1954 года при перелете из Казани в Москву на самолете Ту-75 погибли командир корабля летчик-испытатель 1-го класса, военный летчик 1-го класса генерал-майор авиации В. И. Кабанов, 2-й пилот М. Л. Мельников, бортинженер М. М. Семчурин и бортрадист Н. Т. Иванников. Опытный образец Ту-75, транспортный вариант Ту-4, в течение нескольких лет применялся для перевозок. Взлетев на следующий день после вынужденного возвращения из полета и замены двигателя, самолет ушел в облачность, через несколько минут упал на землю и сгорел у поселка Бирюли. По заключению комиссии, Кабанов в полете потерял пространственное представление. На борту корабля было 12 человек, восьми членам экипажа удалось выпрыгнуть с парашютами.
18 января 1956 года в испытательном полете на Ту-16 погибли шесть человек экипажа молодого летчика-испытателя П. А. Черкасова. Самолет готовился к вылету на полигон во Владимировку (ныне — Ахтубинск) для проведения бомбометания в ходе заводских испытаний. Самолет максимально заправили керосином — полет предстоял дальний. Останков экипажа не нашли — на месте падения образовалась гигантская воронка — бомбы и горючее сделали свое дело. Предположительно причиной катастрофы названа потеря пространственной ориентации в облаках или отказ авиагоризонта.
21 декабря 1959 года в испытательном полете на Ту-22 погибли летчик-испытатель Ю. Т. Алашеев и его штурман И. В. Гавриленко. Стрелок-радист К. А. Щербаков катапультировался и остался жив. Этот удивительный человек сумел остаться в живых в трех катастрофах при испытаниях самолетов Туполева!
В официальном заключении по катастрофе машины Ю. Т. Алашеева причиной было названо разрушение горизонтального оперения в результате повышенных вибраций (флаттер). Однако и в ОКБ, и в ЦАГИ по инициативе А. Н. Туполева после катастрофы решили усилить прочность конструкции самолета «105А» и пересчитали ее по новой методике. Были проведены конструктивные доработки с целью исключения появления повышенных вибраций на расчетных режимах полета, увеличения жесткости ряда элементов, применения более высокопрочных материалов…
В 1960 году Андрей Николаевич подписал наградной лист на присвоение летчику-испытателю 1-го класса подполковнику Юрию Тимофеевичу Алашееву звания Героя Советского Союза посмертно.
«Андрей Николаевич очень тяжело переживал гибель летчика-испытателя Ю. Алашеева. Мы в то время надстраивали этаж к макетному цеху, — вспоминал начальник макетного цеха И. С. Люлюшин. — Он пришел в цех, вид у него был совершенно больной. Поднялся на строившийся этаж, подошел к окну и не смог сдержать слез, заплакал. Я пытался его успокоить, но тщетно. Помню, при этом он несколько раз повторил: „Какого потеряли человека!“».
17 ноября 1960 года в катастрофе погиб экипаж второй серийной машины Ту-22. При заходе на посадку вследствие сильной тряски произошла остановка двигателя и, не долетев до взлетно-посадочной полосы аэродрома ЛИИ, самолет, разваливаясь на части, рухнул на луг возле реки Пехорки. Летчик-испытатель В. Р. Ковалев и штурман-испытатель В. С. Паспортников из НИИ ВВС погибли. Радист К. А. Щербаков вновь спасся.
Историк отечественной авиации А. А. Симонов, зная, что К. А. Щербаков проживает в городе Жуковском, пытался связаться с ним, чтобы расспросить о проведенных им испытаниях и о его беседах (а они были) с Андреем Николаевичем Туполевым. Но… не сложилось. Когда адрес Константина Александровича уже был в его руках (июль 2010 года), пришла печальная весть, что этот выдающийся испытатель и необыкновенный человек умер…
Одной из последних модификаций Ту-16 стал ракетоносец Ту-16К-10. Испытания первой серийной машины Ту-16К-10 по крыльевой дозаправке в воздухе проводил полковник А. И. Каримов, а заправщик пилотировал его однофамилец А. X. Каримов. В полете 20 июня 1961 года экипажи сделали две попытки дозаправки — и обе оказались неудачными.
После этого А. И. Каримов, командир заправляемого Ту-16, передал, что прекращает эксперимент и поворачивает обратно. Видимо, экипаж очень сильно устал. Но командир заправщика упросил сделать еще одну попытку.
С КП слышали по радио диалог летчиков:
— Посмотри, что-то со шлангом случилось.
— Он почему-то сплющился.
— Ну ладно, пробуем еще…
И вдруг крик оператора с самолета-заправщика:
— Самолет в штопор вошел! Самолет в штопор вошел!
— Катапультируйся!