Первый самолет был построен в начале 1956 года на заводе № 156, разобран и, как обычно, доставлен в Жуковский, где его вновь собрали и подготовили к полетам.
Первый полет совершил летчик-испытатель В. Ф. Ковалев и штурман К. И. Малхасян 7 сентября 1956 года. Вскоре к государственным испытаниям подключился и второй Ту-98.
К 26 ноября 1957 года удалось совершить 37 полетов на новой машине «98» с общим налетом 25 часов 12 минут. В одном из полетов эта машина, с весом почти в 40 тонн, на высоте 12000 метров (предположительно в марте — апреле 1957 года) достигла максимальной скорости 1238 км/ч, преодолев звуковой барьер. Заметим, что первый американский сверхзвуковой бомбардировщик В-58 «Хастлер» совершил свой первый сверхзвуковой полет 30 декабря 1956 года. Вновь можно поразиться тесноте инженерных находок в напряженные моменты истории!
Испытания новой машины были трудными и порой смертельно опасными для летчиков-испытателей. В представлении известного летчика-испытателя, прославленного боевого летчика, совершившего в годы войны около двухсот боевых вылетов на Ли-2 в глубокий тыл противника, В. Ф. Ковалева к званию Героя Советского Союза, подписанного А. Н. Туполевым, было сказано: «…впервые в стране успешно провел испытания опытного сверхзвукового бомбардировщика Ту-98, в процессе которых многократно спасал материальную часть».
О Ту-98 много писали в западной прессе, поскольку это был первый или второй в истории образец сверхзвукового наступательного самолета, одна из секретных советских машин, которые демонстрировались членам высокопоставленной делегации ВВС США, неожиданно приглашенной в 1956 году советским руководителем Хрущевым посмотреть самые современные советские самолеты. Американскую делегацию, которую возглавлял известный американский летчик генерал Н. Твайнинг, привезли на аэродром в Кубинку. По-видимому, по желанию Хрущева, склонного к эпатажу, фальсификации и театральным эффектам, на единственной взлетно-посадочной полосе аэродрома были плотно выставлены новые, зачастую опытные образцы самолетов. После визита делегации Ту-98, который гостям никак не назвали (по другим данным этот самолет и вовсе не показывали), получил в НАТО условное наименование «Backfin». Американцев, естественно, заинтриговал новый самолет, ошибочно они приняли его за детище Яковлева и назвали Як-42.
Прямым развитием «98-й» машины стал дальний барражирующий истребитель-перехватчик Ту-128, получивший первоначальное официальное обозначение Ту-28. Еще в ходе заводских испытаний «98-м» заинтересовался командующий авиацией ПВО, маршал авиации Е. Я. Савицкий. Ознакомившись с ним поближе, он приехал к А. Н. Туполеву с предложением создать для авиации ПВО самолет, конструктивно близкий к машине «98», но с совершенно другим назначением. ПВО срочно нужен был дальний истребитель-перехватчик, вооруженный тяжелыми (дальними) ракетами класса «воздух-воздух» и оборудованный мощной бортовой радиолокационной станцией обнаружения и наведения. В разговоре с Е. Я. Савицким Андрей Николаевич уточнил ряд специфических вопросов, после чего поручил начальнику отдела технических проектов С. М. Егеру разработать эту тему более детально, приняв за основу проект «98» и проработки по его модификациям.
Естественно, после окончания разработки и первых успешных полетов столь многообещающего ударного самолета, с завораживающей, словно пришедшей из будущего характеристикой — сверхзвуковой, задвигалось все высшее военное и военно-промышленное руководство страны. Появилось письмо за подписями Р. Я. Малиновского, К. А. Вершинина, П. В. Дементьева и А. Н. Туполева, направленное в ЦК КПСС, «О необходимости принятия к производству фронтового бомбардировщика Ту-98А (облегченного)… Поступление на вооружение Ту-24 (Ту-98А. — Н. Б.) резко повысит боеспособность фронтовой и морской авиации…».
Несколько позднее П. В. Дементьев в письме Д. Ф. Устинову предложил сконцентрировать усилия министерства в «тисках» отпущенного ему бюджета на работах над более тяжелой, скоростной и дальней ударной туполевской машиной «105».
…До начала 1960-х годов, пока позволяло здоровье, Андрей Николаевич был заядлым автомобилистом. Он обожал вывозить семью на дачу или на какое-нибудь мероприятие, благо езда в то время, в середине века, по свободным дорогам Москвы мало напоминала «страстотерпство» водителей начала XXI века. Хотя значительная часть нового поколения водителей вовсе не считают стояние в пробках издержкой дорожного движения. Громко включив магнитолу или надев наушники, они погружаются в мир музыки, который помогает скоротать дорожное ожидание.