Пионером освоения Ту-104 в ГВФ стало специально организованное в столичном аэропорту Внуково авиаподразделение реактивных самолетов. Оно являлось также первым учебно-тренировочным подразделением, в котором переучивались на новую реактивную технику экипажи других авиапредприятий. Среди пионеров реактивной пассажирской авиации были такие летчики первого класса, как К. П. Сапелкин, Е. П. Барабаш, Б. П. Бугаев, А. В. Орловец, первыми освоившими в ГВФ Ту-104 и принимавшие участие в эксплуатационных испытаниях.
Свой первый регулярный рейс Ту-104 с пассажирами по трассе Москва — Иркутск совершил 15 сентября 1956 года, самолет пилотировал экипаж командира корабля Е. П. Барабаша. 12 октября состоялся первый регулярный международный рейс в Прагу — командир корабля Б. П. Бугаев (будущий шеф-пилот Л. И. Брежнева, а затем министр гражданской авиации — руководитель советского ГВФ, маршал авиации). Началась регулярная эксплуатация самолета, открывшая новую эру не только в развитии отечественной гражданской авиации, но и ставшая явлением мировой реактивной пассажирской авиации. Ту-104 стал первым в мире реактивным пассажирским самолетом, успешно освоенным ГВФ, именно за ним в строй гражданской авиации встали и «Боинг-707» («Boeing 707»), и английская «Комета-4», и французская «Каравелла» («Caravelle»). Реактивная пассажирская авиация стала реальностью, доступной самому широкому кругу пассажиров.
Вслед за серийным производством Ту-104 на Харьковском авиационном заводе серия была развернута на заводе № 166 в Омске. С 1957 года оба завода перешли на 70-местную модификацию Ту-104А. В 1958 году к серийному производству Ту-104 подключился завод № 22 в Казани, который освоил 100-местный Ту-104Б. Всего до прекращения выпуска в 1960 году три завода построили 201 машину. Шесть самолетов Ту-104А были поставлены в ЧССР.
За создание самолета Ту-104 в 1957 году генеральный конструктор (должность введена решением Совмина в декабре 1956 года) А. Н. Туполев, ряд его заместителей и ведущих специалистов ОКБ: А. А. Архангельский, Н. И. Базенков, Д. С. Марков, С. М. Егер, А. Р. Бонин, А. Э. Стерлин, Л. Л. Кербер, К. В. Минкнер, А. М. Черемухин — были удостоены Ленинской премии. Более четырехсот работников ОКБ и опытного завода были награждены орденами и медалями, практически в полном составе премированы материально.
П. С. Дейнекин летал на многих туполевских машинах: на Ту-16 и Ту-104, Ту-95 и Ту-22М2. Специально для настоящей книги он поделился своими воспоминаниями о полетах на Ту-104 первых серий:
«Молодым командиром корабля, в составе специальной группы летчиков Дальней авиации, я был направлен в „Аэрофлот“ для полетов на Ту-104, с целью приобретения налета в сжатые сроки. В армии налет на один Ту-16 составлял около 250 часов в год, тогда как в „Аэрофлоте“, на Ту-104, налетывали такое же количество часов за месяц.
Первому советскому пассажирскому лайнеру был организован мощный „пиар“, а слово реактивный в народе ассоциировалось с понятием революционный. Ту-104, по сравнению с Ту-16, был более сложной машиной, она имела слабенькую дальность (около 2000 км), небольшую продолжительность полета (2 часа 40 минут). Для парирования турбулентности на больших высотах ей не хватало расхода рулей, и некоторые экипажи Ту-104 валились с эшелона до встречи с землей вместе с пассажирами! На посадке командир сидел за штурвалом как „на лезвии ножа“. Воздушный лайнер имел солидный посадочный вес, слабую механизацию крыла, большую посадочную скорость и неэффективные тормоза колес. Очень „боялся“ мокрой (или заснеженной) ВПП, если экипаж чуть промедлил с выпуском тормозного парашюта, выкатывание на грунт, за пределы бетонной полосы, ему было гарантировано. На Ту-104 отбирали лучших командиров кораблей с поршневых самолетов, но немногим довелось стать капитанами на реактивном Ту-104.
Вместе с тем, первым реактивным лайнером гордилась вся страна, а командиры этих кораблей по популярности уступали разве только космонавтам».
В ходе серийного производства самолет Ту-104 неоднократно модифицировался и модернизировался: выдающиеся для своего времени двигатели АМ-3 были заменены на более мощные и надежные РД-3, позднее РД-3М и РД-3М-500; в серии и эксплуатации были подготовлены модификации с увеличенным количеством пассажирских мест; постоянно обновлялось оборудование, в основном пилотажно-навигационное, радиотехническое и радиосвязное. Все это позволяло поддерживать парк самолетов Ту-104 на современном уровне в течение всего жизненного цикла самолета.