Педдер и его инструкторы учили бойцов азбуке Морзе, ручной сигнализации и радиосвязи, оказанию первой помощи и эвакуации раненых. Он добивался от подчиненных совершенства во владении пехотным оружием — винтовкой Ли Энфилд.303, автоматическим пистолетом Кольта.45, легкого пистолета-пулемета Брен.303, и особенно пистолетом-пулеметом Томпсона.45. Коммандос впервые начали использовать на учениях боевые патроны, для имитации атмосферы реального боя. Во время упражнений офицеры и инструкторы стреляли ими поверх голов. Джеффри Кейсу очень понравился этот метод обучения. «Мы стреляем по солдатам настоящими патронами,» — писал он другу в ноябре 1940 года, — «чтобы дать им представление об ужасах войны и заставить искать лучшее укрытие. Это блестящий и наиболее эффективный и доходчивый метод обучения».
Его восторг поубавился, когда ему довелось испытать эти ощущения лично. Джим Горналл из Престона вспоминал: «Если кто то плохо справлялся с заданием, то Кейс взял за правило стрелять боевым патроном рядом с ним. Ну и однажды я сделал то же самое для него. Он не знал что это я, но знал что это кто то из группы, в которой я находился. Я тогда подумал, ладно, гомик, стреляешь в меня — получишь в ответ той же монетой».
Нужно отметить, что Кейс был в значительно большей безопасности, чем Горналл, поскольку сам стрелял весьма посредственно, а Горналл, в свою очередь, был настоящим снайпером.
Кейс был слишком непредсказуемым и противоречивым командиром, и потому не пользовался большой популярностью подчиненных, однако Педдера и вовсе боялись и ненавидели. «У него был тяжелый характер», вспоминал Ди Ди Драммонд. «В карманах формы надлежало иметь следующие вещи: расчётную книжку, туалетную бумагу, бинт и моток проволоки. Если командир останавливал тебя, требовал показать карманы, а чего то из этих предметов не доставало — то помоги тебе Бог!»
В программу обучения входили бег по пересеченной местности, упражнения на выживание и тесты на сообразительность, а так же сложные подъемы на высочайшую вершину на острове — 5000-футовый Гоат Фелл. «Мне кажется что командир любил Гоат Фелл», — рассказывал Драммонд — «если судить по тому, сколько раз мы на него залезали. Ты был мокрым и несчастным, и мечтал добраться до койки, но горн командира играл команду «стройся» и приходилось начинать все сначала. Домой мы попадали в районе трех часов ночи — а в семь утра уже нужно было быть на зарядке».
Ближе к зиме началась отработка высадки с моря на небольших лодках на мысе Клошлендс, на выходе из бухты Ламлаш. Приближение к вражескому берегу, захват и оборона плацдарма, отход и погрузка на корабли — все эти действия отрабатывались раз за разом, до полного автоматизма, повзводно и полным Отрядом, днем и ночью. Со временем лодки заменили штурмовые десантные баржи, плоскодонные суда, специально разработанные для отрядов коммандос. Каждая могла разместить на борту до половины взвода, примерно тридцать человек.
Хотя Педдер старался подготовить солдат, которые сочетали бы высокий профессионализм во всем, что касается ведения боя с отличной физической формой, последняя была лишь частью подготовки. Его бойцы должны были научиться воевать без авиационной и артиллерийской поддержки, без пулеметов, тяжелых минометов и противотанкового вооружения, должны были выносить невероятные нагрузки, не отступать перед превосходящими силами противника и держаться до самого конца.
Поскольку в отряды коммандос шли добровольно и по идейным соображениям, от бойцов не требовали строгого соблюдения традиционной дисциплины. Трудности подготовительного курса воспитывали в них чувство гордости за принадлежность к отборным войскам, уверенность в себе и индивидуализм, не имевшие аналогов в остальной армии. Из них не делали суперменов, и не учили думать о себе как о суперменах, однако приучали твердо верить в собственные силы и полагаться на свою инициативу, а не зависеть от лидерских качеств вышестоящих офицеров.
Для британской армии образца 1940-х гг. это стало настоящей революцией. Здесь, на диких берегах Аррана, родилась новая идея, целью которой было отрицание устоявшихся вековых традиций. Сознательно или неосознанно, но идея разрушала устаревшие ценности, слепое следование которым привело к поражению на европейских полях сражений в мае 1940 г.. Разумеется это были пока еще только слабые ростки, едва появившиеся над поверхностью — порядок вещей, сложившийся на протяжении бесчисленных столетий нельзя было изменить за один день. Однако при всех своих явных недостатках и просчетах, ничего подобного Отрядам коммандос на тот момент просто не существовало.