Из-за военных поражений и дипломатических неудач идейные раздоры среди украинцев достигли пика. Из двух главных политических партий — социал-демократов и социалистов-революционеров — выделились, объявив себя отдельными партиями, небольшие, но весьма влиятельные группы. Приняв советскую платформу, они перешли к большевикам. С ними ушли такие сильные атаманы, как Ангел, Зеленый, Соколовский, Тютюнник и Григорьев. От социал-демократов левые откололись в январе 1919 г.; приблизительно тогда же от социалистов-революционеров отделились около 5 тыс. так называемых боротьбистов, взявших название у своей газеты «Боротьба» («Борьба»).
Погромы. Одним из худших проявлений анархии, охватившей в 1919 г. Украину, была широкая волна погромов. Во время революции застарелая ненависть к евреям подогревалась среди антибольшевистских сил широко распространенным мнением о том, что все евреи симпатизируют большевикам. Фактически же большинство евреев вообще стояли в стороне от политики, а те, кто относился к марксистам, обычно были меньшевиками. В то же время нельзя отрицать того факта, что евреев было непропорционально много в большевистском руководстве, среди командиров продотрядов и особенно — во всеми ненавидимой ЧК. Вследствие этого во всеобщем хаосе именно евреи стали объектом сведения старых счетов и жертвой новых несчастий.
По оценкам историков, во время погромов в Украине 1919—1920 гг. погибло от 35 до 50 тыс. евреев. Специалист по истории гражданской войны в Украине и на юге России Питер Кенез отмечает, что «до прихода Гитлера наиболее массовое уничтожение евреев в новейшее время произошло в Украине во время гражданской войны. За избиение евреев несут ответственность все участники событий, даже большевики. Однако наибольшее количество жертв приходится на Добровольческую армию (белых). Погромы, организуемые белыми, отличались от массовых убийств, учиненных их противниками; они были более методичными, тщательно организованными, иначе говоря, наиболее современными... Остальные погромы были делом рук крестьян. К тому же в погромах Добровольческой армии принимали участие три разных силы: крестьяне, казаки и русские офицеры... Необычайно кровавый характер этих зверств можно объяснить тем, что эти три типа убийц дополняли один другого».
Хотя главную ответственность за погромы несет Добровольческая армия, двигавшаяся в Украину с Дона летом 1919 г., серию погромов учинили также и силы Директории (особенно нерегулярные подразделения атаманов). Наиболее серьезные произошли в Проскурове, Житомире, Черкассах, Ривном, Фастове, Коростене и Бахмаче. Из них наиболее диким и жестоким был погром в Проскурове в феврале 1919 г., спровоцированный атаманом Семесенко, во время которого погибло несколько тысяч евреев.
В целом погромы, учиненные украинцами, отличались от тех, что организовывались белыми, двумя особенностями: во-первых, в противоположность заранее подготовленным, обдуманным действиям русских они были спонтанными вспышками насилия со стороны деморализованных, часто перепившихся ополченцев; во-вторых, происходили они вопреки запретительным приказам высшего командования. В отличие от белогвардейских генералов украинские социалисты, особенно социал-демократическая партия, к которой принадлежал Петлюра, имели за плечами давнюю традицию дружественных отношений с еврейскими деятелями. Не случайно Директория восстановила еврейскую национально-культурную автономию, привлекла к участию в правительстве известных еврейских деятелей (например, Арнольда Марголина и Соломона Гольдельмана), выделяла значительные денежные средства для жертв погромов и даже вела переговоры с выдающимся сионистским лидером Владимиром Жаботинским о включении отрядов еврейской милиции в свою армию.
Однако какими бы добрыми намерениями ни руководствовался Петлюра в своих отношениях с евреями, он был не в состоянии удерживать атаманов (смертные приговоры и последующие расстрелы Семесенко и некоторых других не улучшили положение), и их жуткие преступления обычно ассоциируются с его правлением. К тому же для многих евреев, в большинстве своем русифицированных, намного легче было взвалить всю вину за погромы именно на Петлюру и украинцев, а не на Деникина и его генералов.