Впрочем, эти достижения не исключали весьма ощутимых пробелов в деятельности новой церкви. Решительный разрыв с некоторыми канонами, постоянные заявления патриарха Тихона о незаконности УАПЦ, отказ православных патриархов за границей признать автокефалию привнесли в ее образ оттенок чего-то ненастоящего, не освященного законом, что на первых порах оттолкнуло от нее многих сторонников. Кроме того, внедрение демократических принципов в деятельность УАПЦ привело к многочисленным конфликтам и дрязгам между духовенством и прихожанами. Новорожденная церковь не имела еще соответствующей материальной базы. Еще более серьезной была «проблема кадров». Поспешное, нередко случайное посвящение в сан приводило к тому, что епископами и священниками становились люди не способные или не подготовленные к такой ответственной деятельности. К тому же священники УАПЦ часто оказывались совершенно беззащитными перед давлением властей. Со временем, когда эти недостатки стали очевидными, рост УАПЦ замедлился. При этом она все же оставалась главным соперником Русской православной церкви (которую поддерживало русское духовенство, особенно монахи, русское меньшинство и консервативные элементы украинского населения) и сохраняла за собой подавляющее большинство православной паствы в Украине.
Значительно больше трудностей доставляла УАПЦ политика государства. Обеспокоенная быстрыми успехами автокефалии, советская власть немедленно избрала ее целью для реализации своего излюбленного принципа «разделяй и властвуй». Она всячески поддерживала деятельность разного рода диссидентских церковных группировок в Украине, которые наносили вред как Русской православной церкви, так и ее украинскому оппоненту. В начале 1920-х годов она способствовала деятельности «прогрессивной» группы «Активисты церкви Христовой», отколовшейся от Русской православной церкви. Когда эта группа потерпела неудачу в Украине, власти стали покровительствовать новосозданной «соборно-епископальной церкви» во главе с Теофилом Бульдовским. Выступая за независимость украинской церкви, она предлагала добиваться этой цели каноническими путями, занимая в то же время откровенно проправительственные позиции.
Все эти ухищрения не помогли режиму ни развалить, ни подчинить себе УАПЦ. Наоборот, невзирая на упомянутые недостатки, она продолжала расти и крепнуть. Поэтому в 1926 г. власти развернули фронтальный прессинг против УАПЦ, обложив непосильными налогами ее парафин и всячески ограничивая деятельность священников. Довольно скоро после этого они обвинили митрополита Лыпкивского и многих его коллег в национализме, арестовали их и распустили ВПЦР. Хотя украинская автокефалия еще просуществовала несколько лет после этого погрома, стало очевидным, что ее, как и религию в целом в СССР, ожидает весьма мрачное будущее.
Процесс активного усиления национального самосознания среди украинцев, вызванный революцией и гражданской войной, продолжался и в 1920-е годы — в немалой степени благодаря тому, что коммунистический режим еще не вошел в силу окончательно и его влияние не было абсолютным. Коммунистическая партия претендовала на монополию в политической сфере, поэтому украинские национальные устремления в этой области были сильно урезаны. В то же время нельзя игнорировать то обстоятельство, что украинцы достигли, пусть во многом и фиктивной, государственности, и это давало им сознание полноценной государственной нации, со всеми правами и возможностями, которые обусловливал этот статус.