В 1625 г. Конецпольский двинулся в Украину во главе 8-тысячного войска. Навстречу ему из Запорожской Сечи вышло 6-тысячное казацкое войско под предводительством Марка Жмайла. Потерпев неудачу за неудачей в боях с поляками, запорожцы снова выбрали гетманом умеренного Дорошенко и вступили с противником в переговоры. Наконец был достигнут компромисс: реестр увеличивался до 6 тыс. Но, разумеется, это опять-таки устраивало лишь тех самых «заслуженных» (и богатых) казаков, которые попали в него. Большинству же рядовых и сирых снова предлагалось впрячься в ярмо...
Как только новый реестр был составлен, Дорошенко взялся за усовершенствование организации 6 тыс. «законных» казаков. Все казачество было разбито на шесть полков, постоянно приписанных к шести городам — Киеву, Каневу, Корсуню, Белой Церкви, Переяславу и Черкассам. Каждый полк состоял из сотен, каждой из которых тоже находилось постоянное место в одном из небольших городов в районе расквартирования полка. На всей этой территории гражданская и военная власть принадлежала исключительно казацкой старшине, которая в свою очередь подчинялась гетману и его канцелярии, избираемым казаками, но утверждаемым королем. Так реестровые казаки получили самоуправление, хоть и под пристальным польским присмотром. Зато Запорожская Сечь — этот бастион воинственных, «незаконных», никем не признанных казаков,— будучи формально подчинена гетману, фактически продолжала пользоваться самой широкой автономией.
Соглашаясь на расширение реестра, поляки надеялись, что реестровые казаки возьмут под свой контроль нереестровых. Нашелся, казалось бы, и нужный человек для такого дела. Грицько Черный, избранный в 1629 г, гетманом, пользовался любым случаем, чтобы демонстрировать свою лояльность и преданность Речи Посполитой. Тем самым он прогневал запорожцев, которые в начале 1630 г. выкрали его, привезли на Сечь, судили и казнили.
После этого запорожцы и нереестровые выбрали своим гетманом отчаянного казака Тараса Федоровича, прозванного Трясилом. Он и повел огромное войско повстанцев. И снова Конецпольский во главе армии, состоявшей теперь уже не только из королевских сил, но и из реестровых полков, должен был отстаивать свою «твердую линию» в нелегкой военной кампании. Но на сей раз военная удача оставила его — ив августе 1630 г. в Переяславе ему пришлось заключить договор с бунтовщиками, идя на неслыханные уступки: реестр расширялся до 8 тыс., Трясило оставался безнаказанным и всем восставшим даровалась амнистия. Но коренная проблема тысяч нереестровцев так и осталась нерешенной.
Дабы раз и навсегда покончить с казацкой вольницей, в 1635 г. поляки попытались возвести мощную крепость Кодак на берегу Днепра, чуть выше Сечи. Предполагалось, что новая крепость закроет неуправляемым запорожцам доступ в пределы Речи Пос политой, но не тут-то было: всего за несколько месяцев до окончания строительства Иван Сулима с отрядом казаков до основания разрушил построенное и вырезал новоприбывший гарнизон. Но и Сулиме не поздоровилось: реестровые казаки, желая выслужиться перед поляками, схватили его и выдали на казнь королевским властям.
Вскоре после этих событий, в августе 1637 г., в борьбу с поляками вступила новая повстанческая армия казаков во главе с Павлом Павлюком. По мере продвижения Павлюкового войска из Сечи на север к нему присоединялось множество крестьян, причем не только с правого берега Днепра, но, кажется, впервые — и с новоосвоенных земель Левобережья В декабре 1637 г., навязав повстанцам бой в открытой местности под Кумейками близ Чигирина, польская армия нанесла им сокрушительное поражение. Однако восстание на этом не закончилось. Оно продолжилось на Левобережье под водительством Якова Острянина и Дмитра Гуни, пока не было окончательно подавлено летом 1638 г.
Поляки, окрыленные своими победами и исполненные жаждой мести, больше не собирались торговаться с казаками. По новой «ординации», т. е. закону, принятому сеймом, реестр ограничивался цифрой 6000 и даже реестровые казаки утрачивали право самоуправления. Пост гетмана вообще ликвидировался, вместо него король назначал старосту из поляков.
Казацкие полковники и есаулы отныне должны были выбираться из числа шляхты. Территория казацких поселений строго ограничивалась; каждый, кто попробовал бы без разрешения бежать на Сечь, должен был караться смертной казнью. Тысячи не внесенных в реестр казаков объявлялись крепостными. В довершение этих драконовских мер магнаты, и особенно Ярема Вишневецкий, ввели в стране жесточайший террор, без разбора хватая, пытая и убивая каждого, кто хоть отдаленно подозревался в неповиновении. Циничные шляхтичи решали «казацкий вопрос» по-своему: «Казаки,— говорили они,— это ногти на руках нашей политики: они быстро отрастают, и их нужно часто подстригать». Наступившее затем десятилетие было и впрямь настолько спокойным и стабильным (время мирное, время золотое — так говорят о нем польские историки), что казалось: репрессивное решение «казацкого вопроса» и есть единственно эффективное.