Северная война, начавшись в 1700 г., продолжалась в течение 21 года. Главным противником Петра в этой изнурительной схватке за выход к Балтийскому морю был его ровесник, молодой шведский король Карл XII — одаренный полководец, но неважный политик. На первом этапе войны он нанес Петру ряд сокрушительных поражений. Но Петр, ярый «западник», сумел извлечь из этих поражений хороший урок и рьяно взялся перестраивать по западной модели армию, управление и общество в целом. От всех своих подданных Петр требовал безоговорочного подчинения центральной власти, его чиновники контролировали все аспекты жизни людей, а все «старомодные» местные обычаи отменялись. В таких условиях оказалась в опасности и старинная автономия Гетманщины, неприкосновенность которой обещал украинцам в 1654 г. отец Петра.
Теперь, во время войны, царь предъявил Украине неслыханные требования. Казаки — впервые за всю свою историю — должны были воевать исключительно за интересы суверена. Вместо того чтобы защищать собственную землю от своих исконных врагов — поляков, татар и турок, они должны были сражаться со шведами в далекой Ливонии, Лифляндии и Центральной Польше. Во время этих кампаний стало до боли ясно, что казакам не справиться с регулярной европейской армией. Год за годом возвращались домой казацкие полки, оставляя в северных землях 50, 60, а то и 70 % своих бойцов. К тому же и моральный дух казацкого войска значительно упал после того, как в 1705 г. Петр I, чтобы лучше координировать действия своих армий, поставил во главе казацких полков русских и немецких офицеров. Эти чужеземные командиры мало ценили казацкую армию, зачастую используя ее просто как пушечное мясо. Поползли слухи о готовящейся царем полной реорганизации казацкого войска. Старшина, чье положение прямо зависело от занимаемых ею военных постов, забеспокоилась.
Украинские крестьяне и мещане также отказывались существовать «на военном положении». Они жаловались, что российские войска, расквартированные в их городах и селах, их же жестоко притесняют. Мазепа писал царю, что отовсюду получает жалобы на бесчинства российских войск, сам начиная уже верить слухам о том, что Петр собирается заменить его иностранным генералом или одним из своих русских фаворитов.
Но последней каплей, что переполнила чашу гетманских обид и заставила его искать альтернативу царскому покровительству, стал вопрос защиты от поляков. Когда над Украиной вплотную нависла угроза оккупации войсками Станислава Лещинского (польского союзника Карла XII), Мазепа обратился к Петру за помощью. Но царь, в то время ожидавший наступления шведов, ответил: «Я не могу дать и десяти солдат. Защищайся как знаешь».
Нарушив царское обещание защищать Украину от ненавистных поляков — обещание, составлявшее самую основу соглашения 1654 г.,— Петр тем самым освободил и украинского гетмана от его обязательств. 28 октября 1708 г., когда Карл XII отклонился от прямого пути на Москву и повернул войска на Украину, Мазепа, прежде всего надеясь сохранить свою страну от опустошения, переходит на сторону шведов. За ним последовали 3 тыс. казаков и многие видные старшины.
Следующей весной был подписан пакт, закрепляющий условия, на которых украинцы вступили в союз со шведами. Взамен на военную помощь и провизию Карл обещал защищать Украину и не идти на мир с царем до тех пор, пока Гетманщина полностью не освободится от власти Москвы и не восстановит свои давние права.
Петр I «зело удивился», узнав о поступке «нового Иуды» Мазепы. А несколько дней спустя командующий российскими войсками в Украине князь Ментиков напал на гетманскую столицу Батурин и вырезал все 6 тыс. ее жителей, включая женщин и детей. Слухи о батуринской резне и устроенная российскими войсками по всей Украине кампания террора (по малейшему подозрению в симпатиях к «бунтовщику» любой мог быть подвергнут аресту и казни) изменили планы многих предполагаемых сторонников Мазепы. Тем временем Петр I приказал той старшине, что не пошла за Мазепой, избрать себе нового гетмана, и 11 ноября 1708 г. им стал Иван Скоропадский.
Так или иначе, многие украинцы за Мазепой не пошли. Ужасная участь Батурина напугала их. Русские по-прежнему стояли в Украине и наводили страх. Но и протестанты-шведы не вызывали особых симпатий. В общем, большая часть украинского населения предпочитала пока ни во что не вмешиваться и подождать, как развернутся события. Единственной крупной силой, которая сразу и безоговорочно перешла на сторону гетмана, как ни странно, были запорожцы: ненавистный элитарист Мазепа представлялся им все же меньшим злом, чем еще более ненавистный царь. И они дорого поплатились за свое решение. В мае 1709 г. российские войска разрушили Сечь. Царь издал постоянно действующий указ: каждого пойманного запорожца казнить на месте.