Самой блестящей операцией русской армии и флота в Семилетней войне было взятие крепости Кольберг. «Святой Павел», которым командовал Сенявин, сделал бесстрашный рейд вдоль крепостных стен крепости, посылая ядра и уничтожая прусские батареи. Сенявин был контужен, но из боя не вышел. Война окончилась, почестей от Петра III русский флот не получил. Сенявин же, хотя и был произведен в капитаны 1-го ранга, но серьезно заболел и ушел из флота. Вот в это-то время он и присутствовал иногда на экзаменах в Морском кадетском корпусе. Однако вскоре Сенявин понадобился русскому флоту, был произведен в контр-адмиралы и назначен командующим Кронштадтской эскадрой. В этой эскадре на кораблях «Не тронь меня», «Три иерарха», «Св. Евстафий», «Северный орел» и фрегате «Св. Федор», казалось, собрался весь цвет русского флота, те, кто примет на себя все тяготы будущих войн, походов, побед и лишений. На «Св. Евстафии» Сенявин держал свой флаг, командовал же им капитан А. Круз, «Северным орлом» — капитан 1-го ранга Ф. Клокачев, «Св. Федором» — капитан 2-го ранга Я. Сухотин — все это будущие адмиралы, с ними не раз пересекалась и судьба Ушакова.
В начале русско-турецкой войны, 7 ноября 1768 года, Сенявина принимает Екатерина II, ведет долгую беседу, предлагая взять на себя командование Донской экспедицией.
18 ноября последовал указ — вторая командная фигура нашего флота в этой войне — Сенявин!
В высочайшем повелении от 18 ноября 1768 года указывалось:
«Отправить генерал-григс-комиссара Селиванова в Тавров и прочие тамошние адмиралтейства, для приготовления лесов к строению судов, разной величины при том употребить Коллегии всевозможное старание промыслить род вооруженных судов, как бы против тамошних военных судов с пользою действовать могли. К рассуждению и сочинению, в силу сего указа, призвать вице-адмирала Спиридова и контр-адмирала Сенявина, ибо первый в нужных местах был сам, а второму предстоит действовать. Что ж принадлежит до числа людей, до денег, до провианта и прочего, на то потребного, то ожидаем мы, что Коллегия не оставит сделать всему нужные положения и распоряжения и нам представить».
Спиридов, как известно, позднее получил назначение на эскадру, направляющуюся в Средиземное море, но на первом этапе энергично участвовал в делах Южного флота. Сенявин же столкнулся с запустением, ветхостью, неподготовленностью верфей, с отсутствием карт Дона и побережья, лоцманов на реке. Не было леса, железа, полотна и, главное, строителей. Адмиралтейств-коллегия срочно посылала на юг инженеров, корабельных мастеров, офицеров, топографов и приходила «в рассуждение за всем своим старанием» к неутешительным выводам о том, что Дон почти непреодолим для больших кораблей по причине мелководности мест, протянувшихся поперек кос, незаметных отмелей. Тогда и решено было «изобрести» новые плоскодонные суда с малым количеством пушек. Придя к такому решению, Коллегия повелела: в январе 1769 года «Новоизобретенных по приложенной ведомости судов… приказано построить на сто тысяч рублей, а сколько какой величины числом — оное имеет Коллегии определить по своему рассуждению, смотря на пользу и выгодность их».
Так стали строиться первые 12 «новоизобретенных» судов, так стал воссоздаваться Азовский, а впоследствии Черноморский флот России.
Загоняя лошадей в зимнюю январскую стужу, мчался из Петербурга в Воронеж в январе 1769 года контр-адмирал Сенявин. В Москве он накричал на чиновников, требуя согласно распоряжению Адмиралтейства отправить немедленно работников, рекрутов, плотников в Воронеж. В губернском городе он не задержался и помчался в Тавров. Было ясно, что ничего для создания флота не готово. Хваткий контр-адмирал, обнаружив недостроенные прамы, собрал артель плотников и бросил ее на их достройку, сам же ринулся в Таганрог.
Генерал-губернатор Маслов отговаривал его от этой небезопасной затеи — степь бороздят отряды турок и татар.
— Мне флот строить надобно, а не ждать, пока война кончится, — бросил ему из кибитки Сенявин.
Проскакав по вьюжной степи с небольшим конвоем, Сенявин утром 14 февраля был в Таганроге и сразу же приступил к промерам в гавани. Для «новоизобретенных» судов она годилась, для других нет. Поэтому пока он решил строить корабли в Павловске и Искорецке, Таврове и Новохопёрске. Екатерина II интересуется, как идут дела, способны ли создать все-таки флот там, в степях. В мае она пишет Сенявину:
«Алексей Наумович! Посылаю вам гостинцы — которые до тамошних мест принадлежат: 1) разные виды берегов Черного моря, даже до Царьграда; 2) Азовское море; 3) корабль на Воронеже деланный и на воду там же опущенный. Оные, как я думаю, будут вам приятны и, я думаю, может быть, сверх того и полезны. Пожалуй, дайте мне знать, ловко ли по реке Миусу плыть лесу в Троицкое, что на Таганроге, и ваше о том рассуждение, также есть ли по Миусу годные леса к корабельному строению? Я чаще с вами в мыслях, нежли к вам пишу. Пожалуй, дайте мне знать, каковы выдуманные суда по вашему мнению могут быть на воде, и сколько надобно, например, времени, чтоб на море выходить могли».