Подготовка процесса и сам процесс проходили под личным руководством Ленина. После ареста значительной группы крупных русских ученых, деятелей культуры — географа проф. В. Н. Таганцева, химика проф. М. М. Тихвинского, профессоров Д. И. Шаховского, Н. И. Лазаревского, С. А. Ухтомского, В. М. Козловского, поэта Николая Гумилева и многих других — перед Лениным ходатайствуют об их освобождении геологи, Русское физико-химическое общество. В числе расстрелянных, вместе с теми, кого называли «наиболее опасными», «руководителями заговора», были профессор Тихвинский и поэт Николай Гумилев. За них особенно ходатайствовали перед Лениным. За М. Тихвинского — ибо он был выдающимся химиком и старым большевиком, отошедшим от партии до революции, за Н. Гумилева — ибо он был одним из самых больших поэтов России.
После казней родились легенды о вмешательстве Ленина в пользу Тихвинского и Гумилева, о недошедших вовремя распоряжениях, о самоволии чекистов. С. Либерман рассказывает, что Л. Красин ужаснулся, узнав о расстреле проф. Тихвинского: «Они его убили вопреки обещанию Ленина, — воскликнул Красин. — Но ведь это невозможно! А, может быть, он все знал... и революция имеет свои непреложные законы? В таком случае, куда все это нас заведет? Ведь Владимир Ильич очень любил Тихвинского, был с ним на ты...». Красин, хорошо зная Ленина, подозревал, что тот «все знал». В опубликованной переписке Ленина есть его «резолюция» по делу М. Тихвинского: «Тихвинский не «случайно» арестован: химия и контрреволюция не исключают друг друга». На вопрос человека, пришедшего к Дзержинскому просить пощадить Гумилева: «Можно ли расстрелять одного из двух-трех лучших поэтов России?» председатель ВЧК ответил: «Можно ли делать исключение для поэта, расстреливая других?»
Химия не исключала контрреволюции, поэзия не исключала контрреволюции. Более того, они казались — и химия, и поэзия — контрреволюционными сами по себе. Наука, поэзия, интеллигенция — были контрреволюцией.
Процесс «Петроградской боевой организации» был последним большим процессом, организованным ВЧК. Декретом ВЦИК от 6 февраля 1922 года ВЧК и ее местные органы были «упразднены», то есть их функции были переданы Государственному политическому управлению (ГПУ), созданному в составе народного комиссариата внутренних дел РСФСР. После создания СССР ГПУ превращается в объединенное государственное политическое управление (ОГПУ) . Два слога, страшные и патетичные для любого гражданина, пережившего годы революции, два слога, предшествовавшие «маме», ибо ими пугали в колыбели, как некогда «букой», и сопровождавшие несчастливцев даже после смерти, вплоть до выгребной ямы, два простейшие слога, которые запамятовать не дано никому», эти два слога — ЧЕ-КА, были заменены тремя: ГЕ-ПЕ-У. Вскоре и эти три слога станут вызывать не меньший страх, чем прежние два. Назначение председателя ВЧК Ф. Дзержинского председателем ГПУ, потом ОГПУ, подчеркивало неизменность роли и характера Органов.
Процесс эсеров, начавшийся в июне 1922 года, был первым большим показательным процессом, организованным ГПУ. Для Горького, находившегося на Западе, процесс социалистов-революционеров представлялся актом борьбы с интеллигенцией. В письме Рыкову (Ленин скажет: «поганое письмо Горького») М. Горький ставит процесс в ряд действий, направленных на «истребление интеллигенции в нашей безграмотной стране». В дни, когда начался процесс эсеров, был утвержден приговор по делу «о сокрытии церковных ценностей». Из обвиняемых по делу эсеров (все обвинения были связаны с их деятельностью до 1919 года, амнистированной 27 февраля 1919) к смертной казни было приговорено 12 человек, но «исполнение приговора» суд «приостановил».
Политические процессы были лишь частью войны против интеллигенции, ожесточившейся в связи с тем, что, как констатировал ЦК: «...Выявилось в первые месяцы 1922 г. оживление деятельности остатков старой буржуазной интеллигенции». Это «оживление буржуазной идеологии» проявлялось в открытии — разрешенных законом — частных издательств, в возобновлении выпуска журналов «Былое», «Голос минувшего», «Экономист», «Право и жизнь».
«Вредные тенденции» обнаруживаются на съезде агрономов (март 1922 года): профессора-аграрники и экономисты выступают за абстрактную надклассовую законность»; на съезде врачей: наркомздрав Семашко доносит Ленину, что врачи «восхваляли земскую медицину», требовали демократию и право издавать собственный печатный орган. «Антисоветские партии, — говорит об этом периоде историк ВЧК-ГПУ, — действуя через интеллигенцию (профессуру, специалистов, литераторов), вели работу среди учащейся молодежи, мелкобуржуазных и обывательских элементов, создавали опорные пункты в высшей школе, в печати, литературных кругах, кооперации...»
В марте 1922 года Ленин пишет статью «О воинствующем материализме», в которой «первенствующей обязанностью коммуниста» объявляет «систематическую, наступательную борьбу с буржуазной идеологией, с философской реакцией, со всеми видами идеализма и мистики». В письме к председателю ГПУ Дзержинскому от 19 мая Ленин переводит философские термины на «разговорный» язык, он называет интеллигентов, «профессоров и писателей»: «явными контрреволюционерами, пособниками Антанты, шпионами, растлителями молодежи».
«Профессоров и писателей» арестовывали, судили, расстреливали. Они умирали с голоду. «В истории Академии наук, — замечает исследователь, — было, кажется, три главных моровых полосы 1918—1923; 1929—1931; 1936—1938». Особенность первой из них в том, что крупнейшие русские ученые умирали от голода и холода. Историк цитирует некрологи, публиковавшиеся в «Известиях Российской Академии Наук». В некрологе по поводу смерти историка A. С. Лаппо-Данилевского, наступившей 7 февраля 1919 года, отмечается, что «с конца мая 1918 г. это уже седьмая жертва, вырванная смертью из среды действительных членов Академии». Если учесть, что в это время Академия Наук насчитывала чуть больше 40 академиков, размеры катастрофы будут очевидны. Тем более, что ученые продолжали гибнуть. Умирает основатель гидро– и аэродинамики B. А. Жуковский, крупнейший востоковед Б. А. Тураев, выдающийся математик А. М. Ляпунов, замечательный языковед А. А. Шахматов, виднейший богослов И. С. Пальмов и многие другие. Подписанный Лениным в 1921 году декрет «о создании благоприятных условий для научной работы» академику Павлову имел целью спасти единственного русского лауреата Нобелевской премии, и еще больше подчеркивал трагическое положение русской науки.
19 мая в письме Дзержинскому Ленин предлагает «тщательно подготовить» новую репрессивную меру, направленную против интеллигенции: «высылку за границу писателей и профессоров, помогающих контрреволюции».
В мае 1922 года Ленин знакомится с проектами первого советского уголовного кодекса — УК РСФСР. Он настаивает на необходимости «открыто выставить принципиальное и политически правдивое (а не только юридически-узкое) положение, мотивирующее суть и оправдание террора, его необходимость, его пределы. Суд должен не устранить террор; обещать это было бы самообманом или обманом, а обосновать и узаконить его принципиально, ясно, без фальши». Он настаивает на «расширении применения расстрела», по отношению «ко всем видам деятельности меньшевиков, с.-р. и т. п.». Но главный вклад вождя революции заключался в формулировке статьи о «пропаганде или агитации». Ленин предлагает неизвестную ранее юридический науке формулу: «Пропаганда или агитация, объективно содействующая той части международной буржуазии, которая не признает равноправия приходящей на смену капитализма коммунистической системы собственности и стремится к насильственному ее свержению, путем или интервенции, или блокады, или шпионажа, или финансирования прессы и т. под. средствами, караются высшей мерой наказания, с заменой, в случае смягчающих вину обстоятельств, лишением свободы или высылкой за границу».