1919 год застает С. С. Неуструева в Омске. Отрезанный от Петрограда фронтами, Сергей Семенович почти на два года поселяется в этой тогдашней столице Сибири. Здесь он работает профессором Сибирского института сельского хозяйства и промышленности, организует в нем первую в Сибири кафедру почвоведения, возглавляет естественно-исторический отдел Института исследования Сибири в Томске, руководит составлением карты районирования Сибири. По инициативе ученого в Томске организуются Географические курсы.
За два года, проведенные в Сибири, С. С. Неуструев много путешествует. Он обследует почвы различных районов Западной и Восточной Сибири, изучает геологию и почвы Иркутской губернии, совершает поездки по Амурской и Приморской областям.
5
В феврале 1921 года С. С. Неуструев вернулся из Сибири, и последние семь лет его жизни были связаны с Ленинградом. Здесь он без всяких формальностей был утвержден профессором Географического института, а затем географического факультета университета.
В Ленинграде Сергей Семенович ведет напряженную научную, педагогическую и общественную деятельность. Он продолжает региональные почвенно-географические исследования, пишет свои лучшие обобщающие произведения, активно участвует в деятельности международных организаций почвоведов.
В эти годы Неуструев разрабатывает университетский курс по географии почв и готовит цикл статей, которые вошли в книгу "Элементы географии почв", изданную в 1930–1931 годах. Эта работа стала первым в мире учебным пособием по географии почв. Как профессор почвоведения Ленинградского университета Неуструев положил начало школе почвоведов-географов.
Полевые исследования по-прежнему занимают большое место в работе ученого. В 1925 году он вместе с агрономом-геоботаником И. В. Лариным в течение месяца путешествует по Уральской области, обследует Джамбейтинские степи, Чижинские разливы и бассейн озера Шалкар, где изучает светло-каштановые почвы Северного Прикаспия.
В том же 1925 году Неуструев вновь выезжает в Среднюю Азию. Почвенные исследования низовьев Амударьи он проводит вместе со своими учениками Е. Н. Ивановой, И. П. Герасимовым, О. Э. Кнорринг. В 1925 году С. С. Неуструева за большие заслуги перед Географическим обществом СССР награждают золотой медалью имени П. П. Семенова-Тян-Шанского.
В марте 1926 года по предложению правительства Казахской АССР Академия наук СССР организовала комплексную экспедицию для исследования территории Казахстана. Почвенно-ботанический отряд возглавил С. С. Неуструев. В задачи отряда входило "изучение естественноисторических, главным образом почвенных и ботанических, а также некоторых хозяйственных условий территории кочевников-казахов рода Адай и Табын" (12). Под руководством Неуструева экспедиция принимает большой размах. Сергей Семенович приглашает в нее более 30 специалистов. В их числе И. М. Крашенинников и И. В. Ларин. Среди почвоведов преобладали ученики Неуструева, ставшие впоследствии крупными учеными.
Экспедиция обследует огромный район, расположенный в бассейнах Эмбы, Темира, Чагана, Сагиза на юго-западе современной Актюбинской области. В природном отношении в район исследований вошли южное Подуралье, западные склоны Мугоджар, северный Устюрт, северо-восточная часть Прикаспийской низменности. По результатам экспедиции был составлен комплексный отчет, явившийся первой работой по естественноисторическому описанию сухих степей, полупустынь и пустынь Западного Казахстана.
Неуструев дал краткий очерк физико-географических условий территории кочевания родов Адай и Табын, в котором выявил основные геоморфологические районы. Но полностью обобщить результаты исследований он не успел. Эту работу закончили его ученики И. П. Герасимов, Е. Н. Иванова, Е. В. Лобова.