Многие биографы Валиханова считают, что разлад между ним и отцом начался по возвращении Чокана из Петербурга на родину. Однако это случилось раньше и началось с того, что Чокан в столице упрямо игнорировал интересы рода Валихановых — не добивался ни титула князей, ни просто дворянства, ничего не просил ни для себя, ни для отца, ни для родни, никаких особых преимуществ, чинов, наград… А ведь на него надеялись, он вроде бы начал прокладывать дорогу валиханидам. Вслед за Чоканом уже поступил в Сибирский кадетский корпус его брат Махмуд, поступили отпрыски дядюшек Собалака и Кангожи. А Гази Валиханова, шустрого внука Губайдуллы, за фамильное сходство с Чоканом приблизил к себе Гасфорт, который, впрочем, скоро разочаровался в Валиханове-втором и услал куда-то на Черный Иртыш…
4 мая 1860 года в квартире Русского географического общества близ Певческого моста действительный член общества Чокан Чингисович Валиханов сделал сообщение о своем путешествии в Кашгар.
Он не жалел, что между его возвращением из путешествия и докладом прошло больше года. За это время поутих шум вокруг подробностей гибели немецкого географа Шлагинтвейта. Этот шум был Чокану неприятен. Ведь получалось, будто он только затем и ездил под чужим именем в охваченную смутой страну, чтобы им восторгались, связывая непременно со Шлагинтвейтом: «Тот самый Валиханов, который узнал про Шлагинтвейта». Научная ценность путешествия ставилась словно бы на второй план, о Валиханове как исследователе истории, географии и этнографии Степи вообще не говорилось.
И вот теперь, когда миновал год, он поднялся на кафедру в Географическом обществе не с сенсационными новостями, а со своим взглядом на сегодняшнюю Среднюю Азию. Чокан Валиханов поднялся на кафедру, чтобы рассказать о незнакомом Европе человеке Средней Азии, о его трудах, о его духовном мире, о трагической судьбе народов, подвергающихся нещадной эксплуатации, живущих в темноте и невежестве. И он понимал, как важно именно сейчас начинать оспаривать теории развития человеческого общества и мировой культуры, сконцентрированные только на Европе и полностью игнорирующие Восток. Ведь эти теории становятся оправданием европейских колонизаторов.
Его слушал петербургский ученый мир. Географы, этнографы, естественники, историки, востоковеды… Пришел Федор Михайлович Достоевский, пришли сибиряки Потанин и Ядринцев, с кафедры Чокан отыскал глазами Александра Федоровича Голубева и Михаила Ивановича Венюкова, побывавшего в Семиречье и на Иссык-Куле вскоре после него. И профессор николаевской Академии Генштаба Макшеев здесь, Аскер-хан, друг Дурова, крупнейший знаток Средней Азии.
Сообщение, сделанное Валихановым на собрании 4 мая 1860 года, легло в основу его «Очерков Джунгарии», опубликованных в «Записках Русского географического общества» в начале 1861 года в книгах 1-й и 2-й. Там же были помещены два рисунка автора — портреты манапов Боромбая и Сартая, а также подготовленная им карта Семиреченского и Заилийского края Семипалатинской области и части Илийской провинции Китая. Это, по тогдашним понятиям, и была Джунгария.
Автор очерков рисует современную обстановку в Кашгаре и лишь вскользь упоминает об опасностях, которым подвергался. Он предупреждает, что ни время, ни место не позволяют ему долго распространяться о допросах и судах. На этот раз он намерен изложить только основные результаты своего путешествия и пребывания в Дикокаменной орде.
Первое впечатление при чтении «Очерков Джунгарии» — что автор, солидно начав, стал затем отвлекаться, разбрасываться, мешать все в кучу. Оп, оказывается, повествует не о последнем своем кашгарском путешествии. Он предупреждает, что в очерках объединены материалы всех его путешествий по Джунгарии, то есть по Семиречью, Заилийскому краю и озеру Иссык-Куль, начиная с 1856 года. Причем автор не намерен повторять то, что уже замечено предшествующими исследователями гг. Шренком, Влапгали, Семеновым, Голубевым, Татариновым, Ковалевским, Карелиным. Он будет говорить только о том, что оказалось ими пропущено.
Дальше в очерках идут кратчайшие сведения о фауне и флоре, об истории Русской Джунгарии. Коснувшись археологии, автор сообщает, что намерен подробно и обстоятельно изложить этот предмет в особой статье. Ему хочется только рассказать, что найденные им следы чудских копей дают повод думать, что тюркам было известно горное дело. Затем он сообщает интереснейшие сведения из этнографии и опять обещает в дальнейшем рассказать о киргизах более подробно.
Свобода повествования в «Очерках Джунгарии» свидетельствует, что автор находился и под влиянием «Записок из мертвого дома», отрывки из которых слышал еще в Семипалатинске. Разбросанность, повторы, перескоки помогают создать впечатление эмоционального и очень достоверного рассказа. Причем фактического материала удается вложить не меньше, а даже больше, чем при гладком, последовательном изложении. Валиханов смог сказать в своей первой научной публикации все, что считал необходимым.