Шуйские использовали благоприятную ситуацию, чтобы расширить свои вотчины. После казни Александра Горбатого его богатейшая вотчина — село Лопатниче со множеством приселков и деревень — была конфискована. Царь специально упомянул о ней в своем завещании, приказав передать вотчину царевичу Федору, Шуйские далеко разошлись в колене с князьями Суздальскими. Тем не менее регент князь Иван Шуйский получил из казны вотчину Горбатого. Он завладел также богатыми землями, принадлежавшими прежде удельному князю Ивану Бельскому. В его руки перешел город Кинешма с обширной волостью. В качестве кормления воевода получил Псков «со псковскими пригороды, и с тамгою, и с кабаки, чего никоторому боярину не давывал государь». Псков был одним из самых богатых торговых городов России, и в распоряжение регента поступили огромные средства.
Источники не сохранили сведений о земельных приобретениях Василия Шуйского. Они были очень велики, судя по тому, что его младший брат Дмитрий получил вместе с чином кравчего «в путь» город Гороховец со всеми доходами. Боярин Василий Скопин-Шуйский удостоился «великого государева жалованья». Ему был отдан в кормление Каргополь.
Иван Грозный возвысил знать литовского происхождения, чтобы ограничить влияние своей братии — древней суздальской аристократии. После его смерти суздальские князья использовали местничество, чтобы вернуть себе былое величие. Князь Василий Шуйский в декабре 1584 г. затеял тяжбу с главой думы, удельным князем Федором Мстиславским и с князем Тимофеем Трубецким.
Царствование Федора Ивановича началось неладно.
Волнения в Москве улеглись, но участились разбойные нападения и пожары. Город был наводнен разбойниками, которых считали главными виновниками поджогов. 10 июля 1584 г. польский посол писал из Москвы, что разногласиям и постоянным междоусобиям у московитов нет конца:
«…вот и сегодня я слышал, что между ними возникали большие споры, которые едва не вылились во взаимное убийство и пролитие крови».
Царь Федор отличался слабым телосложением и казался недолговечным. В 1585 г. он тяжело заболел. Его кончины ждали со дня на день. В такой ситуации Борис Годунов затеял тайные переговоры с австрийским двором о браке царицы Ирины с австрийским принцем. Дело кончилось неслыханным скандалом: царь Федор выздоровел, а переговоры получили огласку.
Князь Василий Шуйский с братьями воспользовались промахом Годунова и выступили с нападками на правителя в Боярской думе. Инициаторы интриги вынуждены были оправдываться. «И мы то ставим в великое удивленье, што такие слова злодейские (о сватовстве к «цесареву брату». — P.C.) нехто затеял злодеи и изменники», — заявили они. Федор был оскорблен до глубины души.
Осенью 1585 г. Годунов обратился с тайным ходатайством к английскому двору. Он просил в случае беды предоставить его семье убежище в Англии.
Шуйские добились устранения Бельского, и теперь наступила очередь другого опричного временщика — Годунова. Планы бегства за рубеж свидетельствуют о том, что Борис утратил поддержку Боярской думы.
Кризис власти вновь выдвинул бояр Шуйских на политическую авансцену, как это случилось после смерти Василия III. Князь Василий и его родня как никогда были близки к тому, чтобы захватить власть в государстве. Боярская дума была на их стороне.
По словам летописца, бояре «разделяхуся надвое: Борис Федорович Годунов с дядьями и з братьями, к нему же присташа и иные бояре и дьяки, и думные, и служивые многие люди; з другую же сторону князь Иван Федорович Мстиславский, а с ним Шуйские, и Воротынские, и Головины, и Колычевы, и иные служивые люди, и чернь московская». Против Годунова объединились старшие бояре думы, многие дворяне и дети боярские, приказные чины и столичный народ — «чернь».
Летописец не упомянул о Романовых. После отставки регента Бельского большим влиянием при дворе Федора стал пользоваться его дядя, боярин Никита Романов. Знатностью Романовы далеко превосходили Годуновых, но в глазах Рюриковичей Шуйских и Гедиминовичей Мстиславских они были худородными выскочками. Аристократическая реакция грозила покончить с высоким положением этой семьи. Неудивительно, что Романову пришлось искать поддержки у «дворовых» бояр Годуновых. Родня Федора должна была объединиться перед лицом общей опасности. Благодаря Романову Борис Годунов получил по случаю царской коронации высший боярский чин конюшего и вошел в опекунский совет.