Вместе с Шуйскими от гонений Годунова пострадали многие знатные лица. В качестве их главных сообщников летописи называют князей Татевых-Стародубских. Подобно Шуйским, Татевы принадлежали к суздальской знати.
В самом начале розыска об измене Шуйских боярин Петр Татев принял постриг в Троице-Сергиевом монастыре (12 сентября 1586 г.). Князь Иван Андреевич Татев был сослан в Астрахань и заточен в тюрьму. Всего за месяц до пострижения Татева монашеский куколь надел думный дворянин Михаил Безнин, добившийся больших успехов по службе.
Наряду с Шуйскими гонениям подверглись семьи, принадлежавшие к первостатейной старомосковской знати, — Шереметевы и Колычевы. Известного воеводу Ивана Крюка-Колычева в опале увезли в Нижний Новгород и посадили в каменную тюрьму. Боярин Федор Шереметев побывал в польском плену и присягал там на верность Баторию. В 1588 г. он был послан с ратными людьми в Казань, а через год ушел в монастырь. Боярина обвиняли в том, что он «с князем Иваном Петровичем Шуйским государю царю Федору изменял».
Среди сообщников Шуйских источники называют дворян — Андрея Быкасова и князей Урусовых. По преданию, в связи с делом Шуйских попал в монастырь ростовский сын боярский Аверкий (Авраамий) Палицын, знаменитый впоследствии писатель Смутного времени.
Московские власти многократно подчеркивали вину «торговых мужиков», которые «поворовали» и «не в свойское дело вступилися». Жестокое наказание «мужиков» объяснялось тем, что они располагали крупными капиталами и, по всей видимости, финансировали интригу Шуйских. Имеется основания полагать, что в числе опальных «мужиков» были не только столичные купцы, казненные «на Пожаре», но и богатейшие солепромышленники Строгановы.
Боярский список 1588–1589 гг. позволяет установить имена лиц, находившихся в опале, под стражей, в тюрьме или ссылке в период между сентябрем 1588 г. и концом 1589 г. В их числе были удельные князья Иван и Дмитрий Воротынские (помета: «В деревне оба»); князь Михаил Андреевич Щербатов-Оболенский («В тюрьме в опале»); князь Михаил Ноздроватого-Звенигородский («В опале»); князь Иван Елецкий («У пристава»); князь Афанасий Шейдяков («У пристава»); Ефим Вахромеев Бутурлин («У пристава»); Василий Борисович Сукин («У пристава в опале»); Данила Данилов Чулков («В тюрьме»); Алексей Фомин Третьяков-Ховрин («У пристава»); Влас Урусов («У пристава»); Иван Беклемишев («В тюрьме»); Михаил Неелов («В тюрьме»); Верига Давыдов («Был в воровстве»); Батрак Вельяминов («В опале»); Сотник Лихарев («В тюрьме»); Иван Мясного («У пристава»).
Неизвестно, кто из перечисленных князей и дворян попал в опалу в связи с розыском об измене Шуйских. Однако и сам по себе список тюремных сидельцев весьма красноречив.
Столкновение Годунова с Шуйскими не было вызвано случайными причинами. Каждый династический кризис или ослабление власти неизменно выносили на поверхность эту княжескую семью, олицетворявшую могущество коренной суздальской знати.
После опричнины суздальская знать потеряла многие родовые вотчины и стала забывать родовые предания, некогда объединявшие потомков Всеволода Большое Гнездо.
Ее разобщенность стремительно росла по мере формирования самодержавной системы.
Одной из важных привилегий суздальской знати была служба по особым княжеским спискам. Накануне опричнины по княжеским спискам служили 142 лица из названных фамилий, при Федоре в 1588–1589 гг. — всего 34 князя.
Борис не стал мстить Шуйским длительной ссылкой.
Опальные провели в тюрьме и ссылке два года или немногим более того, после чего Борис вернул князя Василия с уцелевшими братьями ко двору.
До ареста Василий Шуйский занимал пост первого воеводы Смоленска. После прощения он получил еще более почетное назначение — пост главного воеводы Новгорода Великого. К 1590–1591 гг. князья Василий и Дмитрий Шуйские заняли свои места в Боярской думе. В последние годы жизни царя Федора правитель, не сомневаясь более в прочности своего положения, пожаловал боярский чин двум младшим братьям Шуйским — Александру и Ивану.
Раздор Бориса с боярами, недовольство «скудеющих» дворян и городские восстания вызвали к жизни политику, некоторыми чертами напоминавшую опричнину.
Осведомленный современник Джильс Флетчер произнес слова, которые считают поистине пророческими.
Подробно описав опричные гонения, он так оценил их последствия: «Столь низкая политика и варварские поступки (царя Ивана. — P.C.), хотя и прекратившиеся теперь, так потрясли все государство и до того возбудили всеобщий ропот и непримиримую ненависть, что, по-видимому, это должно кончиться не иначе как гражданской войной («a civil flame», в другом переводе — «всеобщим восстанием»)». Тираду Флетчера относят исключительно к Грозному и его опричнине. Но это не совсем верно.