Палеографическое исследование рукописи выявило примерно шесть или даже восемь основных почерков писцов.
Следственная комиссия очень спешила. Главных свидетелей допрашивала боярская комиссия, в распоряжении которой были лучшие писцы. Параллельно другие писцы протоколировали показания полутора сотен второстепенных свидетелей. Отмеченное обстоятельство объясняет наличие многих почерков в документе. При составлении беловика такого множества писцов попросту не потребовалось бы. Достаточно было бы двух-трех человек.
Следователи не только записывали допросные речи, но и заставляли свидетелей ставить свои подписи на обороте листа. В тексте «обыска» имеется по крайней мере 20 подписей угличан. Все подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности писавших. Бисерный почерк Андрея Нагова нисколько не похож на почерк полуграмотных дворцовых служителей или же на изысканный почерк двух угличских игуменов.
Следственные материалы сохранили по крайней мере две версии гибели Дмитрия. Версия насильственной смерти всплыла в первый же день дознания. Ее выдвинул дядя царицы Михаил Нагой. Он категорически настаивал на том, что царевича убили: прибежал он «к царевичю на двор, а царевича зарезали» Волохов, Качалов и Битяговский-сын.
Однако Михаил не мог подтвердить свою версию ни одним свидетельским показанием.
Братья Михаила Андрей и Григорий дали уклончивые показания. По словам Андрея, он сбежал во двор и увидел, что «царевич лежит у кормилицы на руках мертв, а сказывают, что его зарезали, а он того не видел, хто его зарезал».
Григорий с братом Михаилом обедали на своем подворье и прибежали во дворец с запозданием. По свидетельству Григория Нагова, на двор ко дворцу «прибежали многие люди… и почали говорить, неведомо хто, что будто зарезали царевича».
Смерть члена царского дома была государственным преступлением, и глава комиссии Василий Шуйский должен был предъявить улики и арестовать тех, кто пытался ввести следствие в заблуждение и отстаивал ложную версию гибели царевича и дьяка. В соответствии с тогдашней судебной практикой судья должен был пытать лжесвидетелей, чтобы выяснить имена сообщников. Но дело в том, что сообщницей Михаила Нагова была вдова Грозного.
Местный игумен Савватий, вызванный к царице в разгар мятежа, показал, что царицу Марию он застал в церкви Спаса возле сына: «ажио царевич лежит во Спасе зарезан и царица сказала: зарезали-де царевича Микита Качалов да Михайлов сын Битяговского Данило да Осип Волохов».
Михаил Нагой лишь повторил слова царицы. Выдвинув версию убийства, Нагие пытались оправдать беззаконную расправу с государевым дьяком.
К чести главного угличского следователя Василия Шуйского, он провел розыск, не прибегая к пыткам. Дело касалось семьи Грозного, решать такие дела мог только патриарх.
Боярин Василий Шуйский проводил следствие на территории удельного княжества и не мог вершить расправу над удельными боярами и слугами.
После убийства дьяка люди Нагих притащили во дворец угличского городового приказчика Русина Ракова, и там Михаил Нагой хвалился тем, что он, Михаил, велел убить Битяговского с сыном. Раков был ближайшим помощником дьяка. В поданной митрополиту Геласию челобитной он объяснял смерть государева дьяка следующим образом: с утра 15 мая Михаил Нагой разбранился с дьяком, потом «напился пьян да велел убить Михаила Битяговского с сыном». Достоверность слов о состоянии Михаила подтвердили семь человек рассыльщиков (курьеров).
Что побудило Нагих затеять рискованное дело и фактически поднять мятеж? Причина не сводилась к тому, что Михаил Нагой был «мертвецки пьян».
Царицу раздражало то, что Битяговский распоряжался денежными доходами удельного княжества. Дьяк также исполнял роль соглядатая при удельном дворе. Нагие надеялись, что царь Федор либо умрет, либо будет свергнут и трон наследует Дмитрий. Они готовы были пустить в ход любые средства, даже прибегнуть к колдовству. Угличские рассыльщики, помощники дьяка, в своей челобитной привели его предсмертные слова: «Михайло Нагой велит убити (его, дьяка. — P.C.) для того, что… (сам Нагой. — P.C.) добывает ведунов, и ведуны на государя и на государыню, а хочет портить».
Во время последней перебранки у стен дворца Битяговский некстати упомянул о ведунах, а Михаил Нагой услышал в его словах прямую угрозу. Он понимал, что ему не избежать дыбы и кнута, если дьяк подаст донос о порче царя. Когда дело дошло до суда над Нагими, московские власти первым делом распорядились привезти из Углича ведуна Андрюшку Мочалова, жившего у царицы.