Трудно усомниться в том, что Нагие, сфабриковав подложные улики, постарались уничтожить подлинную.
Детская игрушка — ножичек царевича — очень мало напоминала орудие убийства, и Нагие подменили ее боевым оружием — «ногайским» ножом. Длинные окровавленные ножи, подброшенные в ров, окончательно должны были убедить следователей в том, что под окнами дворца орудовала шайка заправских убийц.
Следователи допрашивали главных свидетелей перед царицей, которая могла опротестовать любое ложное или путаное показание. Однако следствие нарисовало столь полную и достоверную картину, что Нагой пришлось повиниться. Вдова обратилась к помощнику Шуйского — митрополиту Гелвасию со смиренной просьбой заступиться перед царем за «бедных червей» Михаила «с братею». «Как Михаила Битяговского с сыном и жилцов побили, — сказала царица «с великим прошением», — и то дело учинилось грешное, виноватое». Мария Нагая признала, что расправа над Битяговскими была делом преступным и беззаконным, и больше не настаивала на том, что дьяк и жильцы были убийцами ее сына.
Часто говорят и пишут, что показания о нечаянном самоубийстве Дмитрия были получены посредством угроз и насилия. Нагих заточили в тюрьму, вдову-царицу — в монастырь. В Угличе пролилась кровь многих людей.
Факт жестоких преследований угличан засвидетельствован многими источниками. Но эти гонения, как удается установить, имели место не в дни работы комиссии Шуйского, а несколько месяцев спустя. Комиссия не преследовала свидетелей. Исключение составил случай, точно зафиксированный в следственных материалах. «У распросу на дворе перед князем Васильем» слуга Битяговского «изымал» царицына конюха и обвинил его в краже вещей дьяка. Обвинения подтвердились, и конюха с его сыном взяли под стражу. Тем и кончились репрессии против угличан в дни следствия.
Боярин Шуйский хотел вернуться в Москву к Троице, которую праздновали 23 мая. Ему понадобилось несколько дней для проведения сложного расследования. Но в столице комиссию заставили ждать десять дней, прежде чем позволили доложить о результатах расследования царю и духовенству.
Промедление казалось необъяснимым. Смерть Дмитрия произвела в Москве сильное впечатление. Повсюду тайно шептались, что виноваты во всем Годуновы. Слабоумный царь был испуган. При дворе ждали смуты и беспорядков в столице. Борису надо было как можно скорее рассеять слухи. Чем же объяснялось промедление с обнародованием выводов комиссии?
Московские власти были встревожены угличскими событиями. Боялись, как бы беспорядки не распространились на Москву.
В последних числах мая в столице произошли крупные пожары. Тысячи москвичей остались без крова. Бедствие в любой момент грозило вылиться в бунт. Нагие постарались обратить негодование народа против Бориса. Они сеяли слухи о том, что Годуновы повинны не только в убийстве царского сына, но и в злодейском поджоге Москвы. Эти слухи распространились по всей России и проникли за рубеж. Царские дипломаты, отправленные в Литву, вынуждены были выступить с официальным заявлением. Они категорически опровергли молву о том, что Москву «зажгли Годуновых люди»: это «нехто вор, бездельник затеев, сказал напрасно, Годуновы бояре именитые, великие».
Правительство провело спешное расследование причин московских пожаров и уже в конце мая обвинило Афанасия Нагова в намерении сжечь Москву и вызвать беспорядки. Боярский суд произвел допрос нескольких десятков поджигателей — преимущественно боярских холопов. Их показания позволили Годунову обвинить Нагих в поджоге столицы.
2 июня в Кремле собрались высшие духовные чины государства, и дьяк Щелкалов прочел им полный текст угличского «обыска». Как и во всех делах, касавшихся царской семьи, в угличском деле высшим судьей стала церковь. Устами патриарха Иова церковь выразила полное согласие с выводами Василия Шуйского и его комиссии о нечаянной смерти царевича, мимоходом упомянув, что «царевичю Дмитрию смерть учинилась Божьим судом». Значительно больше внимания патриарх уделил «измене» Нагих, которые вместе с угличскими мужиками побили «напрасно» государевых приказных людей, стоявших «за правду». Мятеж в Угличе — «то дело земское градцкое», и его следует передать целиком на государеву волю: «все в его царской руке: и казнь и опала и милость».
«Измена» Нагих уже заслонила собой факт гибели Дмитрия. На основании патриаршего приговора власти приказали схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились», и доставить их в Москву.