Ближайшая родня династии, Шуйские имели наибольшие права на трон. Иностранцы выделяли их, называя «принцами крови». Ко времени кончины царя Федора в Боярской думе заседали четверо бояр Шуйских — князья Василий, Александр, Дмитрий и Иван.
Верно ли утверждение, будто Шуйские выступили на стороне Бориса? Как понимать известие литовских лазутчиков о том, что свояк Годунова, князь Дмитрий Шуйский, мирил Годунова с остальными боярами и убеждал, чтобы они без него великого князя не избирали?
Прислушаемся к речам князя Дмитрия. Он отнюдь не предлагал выбрать царем Годунова. Он подал осторожный совет — не решать вопрос об избрании без Годуновых. Дмитрий Шуйский и Борис были женаты на родных сестрах — дочерях Малюты Скуратова.
Надо иметь в виду, что признанным вождем рода Шуйских был не Дмитрий, а Василий. Своим авторитетом и характером он далеко превосходил братьев. О выступлении Василия в пользу Годунова ничего не известно. В глазах Шуйских не только Годунов, но и Федор Романов был слишком «худороден», чтобы претендовать на шапку Мономаха.
Шуйские бросили вызов Борису после смерти Грозного. Тогда они потерпели полный провал. Выступить против правителя во второй раз князь Василий не решился.
Обстоятельства побуждали его действовать с крайней осторожностью. Близкий к Федору Романову автор «Нового летописца» утверждал, что после смерти Федора патриарх и власти, «со всей землею советовав», решили посадить на царство Бориса Годунова, «князи же Шуйские едины ево не хотяху на царство». В действительности Шуйские предпочли остаться в тени. Суздальская знать, ближайшая родня угасшей династии, не смогла выдвинуть своего претендента на трон.
Рюриковичи и Гедиминовичи имели наибольшие права на трон. Но главная борьба развернулась между нетитулованными родами. Борьбу вели между собой ближайшие родственники умершего царя — его шурин Борис и двоюродный брат Федор Романов.
Борьба за власть расколола Боярскую думу. В феврале за рубеж поступила информация о том, что московские бояре «никак не могут помириться, между ними великое разногласие и озлобление». Романовы считали свои позиции столь прочными, что выступили с резкими нападками на правителя. Из-за вражды бояр Годунов перестал ездить в думу и уехал к сестре в Новодевичий монастырь.
17 февраля истекло время траура по умершему государю, и Москва приступила к выборам. Годуновы и их сторонники собрались на патриаршем дворе и вручили Иову заранее составленную «хартию». Ее авторы не упустили ни одной подробности, которая могла бы подкрепить претензии Бориса на трон. Зачитав «хартию», присутствующие объявили об избрании Бориса на трон.
Важные события произошли в тот же день в Кремлевском дворце — резиденции Боярской думы.
17 февраля, повествует австриец Михаил Шиль, бояре собрались во дворце и после длительных прений обратились к народу с особым воззванием. «Великий канцлер Василий Яковлевич Щелкалов предложил ему (народу), что, так как царь Федор Иванович умер… то пусть они присягнут и поклянутся ныне в верности князьям и боярам». Обращение канцлера означало, что дума отказалась подтвердить царский титул Бориса и попыталась учредить боярское правление.
События 17 февраля накалили атмосферу. Столица стала ареной яростной агитации против Бориса. Из уст в уста передавали слухи, будто правитель сам отравил благочестивого царя Федора, чтобы завладеть короной.
Бегство правителя из Кремля свидетельствовало о его поражении на первом этапе избирательной борьбы. Раскол в верхах привел к тому, что вопрос о престолонаследии был перенесен из думных и патриарших палат на площадь.
Начальные бояре не смогли обеспечить себе поддержку столичного населения. Сторонники Годунова действовали более успешно. 20 февраля патриарх предпринял «хождение» в Новодевичий монастырь, дабы умолить старицу дать брата «на Московское государство».
Борис благосклонно выслушал речи своих приверженцев, но на все их «моления» отвечал отказом. Его сторонники распустили слух о скором пострижении правителя в монахи. Под влиянием умелой агитации настроение в столице стало меняться.
21 февраля духовенство вынесло из храмов самые почитаемые иконы и со всей «святостью» двинулось крестным ходом в Новодевичий. Переговоры с царицей Ириной и ее братом вели представители сословий.
Борис смог пожать плоды многодневных усилий. Манифестация создала видимость всенародного избрания, и Годунов, расчетливо выждав минуту, великодушно объявил толпе о своем согласии принять корону. Не теряя времени, патриарх повел правителя в ближайший монастырский собор и нарек его на царство.