У царя Василия все более и более уходила почва из-под ног вследствие общей политической деморализации. Явились так называемые перелеты, которые сегодня служили в Тушине, завтра царю Василию, потом — снова «вору» и опять царю. Семьи нарочно делились: одни члены семей были на стороне «вора», другие — царя, чтобы в случае торжества того или другого и там и тут иметь опору. В феврале 1609 года против царя Василия составился уже заговор; заговорщики требовали от бояр низложения царя, но бояре не явились на площадь и попрятались в домах, выжидая конца дела. Из бояр только один князь Василий Васильевич Голицын пришел на площадь. Заговорщики насильно притащили патриарха Гермогена, требуя от него избрания нового царя. Личность царя была не по душе Гермогену, и он не мог одобрять его деяний, но ради предупреждения больших зол Гермоген твердо стал за царя Василия. Однако твердость патриарха могла только отсрочить падение Шуйского.
Троице-Сергиева лавра была единственным местом, откуда мог бы раздаться голос примирения, ибо она издавна пользовалась глубоким уважением народа. Это хорошо знали тушинцы; они знали также, что лавра имела и стратегическое значение, потому что через нее шел путь в ту часть северо-восточной России, из которой только и можно было получить материальную помощь против тушинцев. Такое значение лавры объясняет упорную настойчивость, с которой Сапега и Лисовский вели осаду этого монастыря уже с 24 сентября 1608 года. В лавре под начальством князя Долгорукова-Рощи и Голохвастова находилось до трех тысяч ратников. С 3 октября Сапега и Лисовский начали громить монастырь из пушек; 12-го пытались взять его приступом, но неудачно. Ратники, слуги монастырские, иноки с одинаковою отвагою отстаивали лавру и вылазками беспокоили осаждающих. Зимою, от тесноты, открылись болезни; иноки ухаживали за больными, хоронили мертвых. Весною 1609 года болезни прекратились. 27 мая Сапега сделал самый отчаянный приступ, отражение которого предвещало спасение лавры. 28 июня Сапега снова повторил штурм, и опять неудачно. Лавра, таким образом, была спасена и дождалась своего освободителя, князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского.
Уже в конце 1608 года Скопин-Шуйский заключил союз со шведским королем, который и прислал России помощь под предводительством Делагарди. Планы союзных вождей были различны: Делагарди предлагал осаду и взятие городов, непокорных Василию Ивановичу, Скопин-Шуйский, напротив, настаивал на быстром походе к Москве, занимая только пункты, важные в стратегическом отношении. В этом плане Скопин-Шуйский обнаружил и проницательность политика, и расчетливость гениального полководца. Занятие городов шведами могло повести к тому, что в случае неуплаты жалованья шведскому войску Делагарди удержал бы занятые им города за Швецией. Опасность была велика, ибо при малейшем замедлении помощи Москву могли захватить тушинцы и передать полякам. Делагарди остановился уже в Твери, вследствие ропота его войска на неуплату жалованья. Польские вожди также хорошо понимали опасность, которою им грозило движение Скопина-Шуйского, и потому Сапега, оставив под лаврою незначительные отряды, выступил Скопину навстречу. Скопин-Шуйский предупредил Сапегу и напал на него под Калязином во время переправы Сапеги через реку Жабну, впадающую в Волгу близ Калягина, и осенью 1609 года разбил его наголову. В этой победе принимал участие небольшой отряд шведов под начальством Сомме. После этой победы и Делагарди, когда его войско удовлетворено было жалованьем, соединился со Скопиным. Они заняли Александровскую слободу, стоявшую на пути доставки провианта в лагерь Сапеги. Отсюда Скопин-Шуйский послал один за другим 2 отряда, под начальством Жеребцова и Валуева, на помощь Троицкой лавре. Отряды эти вместе с троицкими сидельцами, то есть гарнизоном, сделали удачное нападение на осаждающих, после которого через несколько дней, именно 12 января 1610 года, Сапега снял осаду лавры.
Скопину-Шуйскому оставалось только разгромить Тушино; но оно распалось вследствие объявления войны России, польским королем Сигизмундом III. Он звал поляков, служивших в Тушине, служить под коронными знаменами. Распадение Тушина дало возможность Скопину-Шуйскому беспрепятственно вступить в Москву. Народ выражал ему благодарность за спасение Москвы. Но у Скопина-Шуйского был сильный враг — его дядя, князь Дмитрий Шуйский, брат царя. Уже в Александровской слободе рязанцами сделано было предложение Скопину принять царский венец, но оно было им отвергнуто. Не одни рязанцы, а общий голос народа призывал Скопина на престол, на который имел притязание князь Дмитрий, брат царя Василия. Князь Дмитрий беспрестанно стал делать царю наветы на Скопина; пошли толки, что последнему несдобровать: Делагарди предостерегал его от опасности. 23 апреля, на крестинах у князя Воротынского, Скопин-Шуйский захворал кровотечением из носу и через две недели умер. В народе пошли слухи об отраве. Справедливы они были или нет, но смерть Скопина-Шуйского была большим несчастьем для России. Единственный человек, вера которого могла прекратить смуту, умер, не окончив своего дела; смерть же его только увеличила волнение вследствие толков об отраве.