Большая война вспыхнула в 590 г. Поводом для нее послужило событие, о котором Геродот рассказывает так: «Отряд кочевников — скифов из—за распрей удалился в Мидийскую землю в то время, когда мидянами правил Киаксар, сын Фраорта, внук Дейока, который сначала принял этих скифов благосклонно как молящих о покровительстве. Он даже высоко ценил их и поручал им обучать мальчиков своему языку и стрельбе из лука. Так прошло некоторое время. Скифы, занимаясь охотой, всегда что — нибудь приносили с собой домой. Однажды они не принесли с собой ничего, вернулись с пустыми руками. Киаксар, будучи, очевидно, вспыльчивым, обошелся с ними оскорбительно. Считая себя не заслуживающими такого обращения со стороны Киаксара, скифы решили зарезать одного из обучавшихся у них мидийских мальчиков, приготовили его так, как обыкновенно готовили дичь, и поднесли Киаксару под видом охотничьей добычи, а затем поспешно ушли к Алиатту, сыну Садиатта, из Сард (т. е. к лидийскому царю). Так это произошло. Киаксар и его сотрапезники ели мясо мальчика, а скифы, сделав это, искали у Алиатта защиты. Между тем Алиатт не выдал скифов по требованию Киаксара, из—за чего между лидийцами и мидянами началась война, длившаяся пять лет».
В настоящее время трудно установить, где здесь кончается правда и начинается вымысел. Да в этом и нет необходимости. Именно так, как рассказывает Геродот, объясняли возникновение войны современники, и в главном они, несомненно, были правы — война началась из—за скифов: Киаксар потребовал от Лидии выдачи укрывшихся на ее территории скифов и, конечно, уступки той части «скифского наследства», которую успели захватить лидийцы.
Вскоре после этого, осенью 589 г., по сигналу из Египта, состоявшего в союзе с Лидией, подняли восстание иудеи. В Иерусалиме понимали, что война с Вавилоном будет нелегкой. Готовясь к ней, царь Седекия и весь народ заключили завет: строго соблюдать «Второзаконие», освободить всех рабов — евреев и впредь их не порабощать. Это решение было выполнено.
Навуходоносор не заставил себя ждать и вскоре появился во главе армии на иудейских границах. Прочие мелкие государства — клиенты не посмели примкнуть к восстанию и по требованию Навуходоносора выставили свои вспомогательные отряды. С особым усердием поддерживал вавилонян Эдом, южный сосед и извечный недруг Иудеи. Иудея осталась в одиночестве. Вавилоняне опустошили ее территорию и осадили Иерусалим, а также города Лахиш и Азек, где засели иудейские гарнизоны.
Осада Иерусалима началась 15 января 588 г., а через 25 дней 8 февраля 588 г., вскоре после возвращения из похода в Нубию, умер фараон Псамметих II. На египетский престол вступил его сын Априй, который, выполняя обещание отца иудеям, двинул в Азию свои армию и флот. Навуходоносор, узнав о наступлении египтян, отступил от Иерусалима. На суше египтяне потерпели неудачу, но на море одержали победу над флотом финикийского города Тира, досланным в бой Навуходоносором. Финикийские моряки не хотели по — настоящему драться с египтянами за интересы Вавилона. Вавилон был для финикиян угнетателем, а с Египтом их связывали давние и прочные экономические, политические, религиозные и культурные отношения. В египетском флоте служило много финикийских наемников.
После побед на море египтяне заняли Финикию. Они намеревались обосноваться здесь всерьез и надолго. В Гебале, например, они построили свои казармы и храм местной богини. Египетское проникновение в Финикию серьезно поколебало вавилонское господство в Заречье. Восстал Дамаск. Попытки мятежа имели место в Хамате и Арпаде. К тому же в Сирию с севера неоднократно вторгались «Гог и Магог» — так в Библии именуются лидийцы, союзники Египта, которые вели войну с Мидией, союзницей Вавилона. Навуходоносору пришлось потратить немало сил и времени, чтобы восстановить вавилонское господство в Заречье.
Между тем в Иерусалиме ликовали. Иудейские верхи, затеявшие восстание, уверовали в победу и по этому случаю немедленно нарушили завет, заключенный в начале войны. Богатеи и ростовщики, «раздумав, стали брать назад рабов и рабынь, которых отпустили на волю, и принудили их быть рабами и рабынями». Пророк Иеремия сурово осуждал как само восстание, так и поведение иудейской верхушки. Он не сомневался, что дело кончится катастрофой. Когда царь Седекия, не разделявший воинственных настроений своего окружения, обратился через верных людей к Иеремии за советом, тот ответил: