В 1780 году братья Шмалевы, историки Камчатского края, послали в Петербург план залива на острове Симушир.
Мирные отношения русских с курильцами раздражали японцев. Осенью 1780 года случилось страшное событие. К западному берегу острова Уруп прибило большой русский корабль, весь изрубленный и пробитый. На нем обнаружили тело обезглавленного человека; голову нашли лишь на другом конце палубы. На судне были остатки грузов — шерстяных и иных тканей, металлических изделий, бочонков с порохом. Вероятно, это был одни из охотских кораблей, а люди, находившиеся в нем, пытались завязать торговлю с японцами и были ими перебиты.
В 1785 году русские мореходы снова приплыли для зимовки на Урупе и Итурупе. Это вызвало новый взрыв ненависти со стороны японцев. Японский чиновник Могами Токунаи появился на Итурупе, где нашел трех русских и принудил одного силой уйти на Уруп, а двух вероломным образом увез с собой на остров Кунашир. Там русских подвергали ежедневному строгому допросу.
Сам ли Токунаи или какой другой самурай в том же году составил «Росия коку кимон» — «Записки о Русском государстве».
В 1790 году русский мореход Гилев сделал съемку Курил одновременно с секунд-майором Татариновым, составившим «Описание Курильских островов».
Спустя два года после этого Г. И. Шелехов предпринял попытку сельскохозяйственного освоения острова Уруп. Он послал на Уруп отряд русских промышленников под начальством Василия Звездочетова, и тот основал поселение на юго-восточной стороне острова. Невдалеке от поселения находилась корабельная гавань Тавано (Кобунэ-вар), в которую впадали два ручья. Над островом поднимались горные вершины с ледяными шапками. Русские нашли здесь напоминавшие родину березовые леса, заросли рябины и ветлы. Однако два вулкана острова не давали поселенцам забыть о том, где они живут. Японцы быстро разведали о приезде Звездочетова и записали: «в седьмом году Кансэи русский Кэретофусе Васири Корэнэници на большом корабле прибыл в Ванинау на Уруппу». Звездочетов вскоре стал торговать с айнами Матсмая.
В 1796 году вдоль Курильских островов прошел британский мореплаватель В. Р. Броутон; его сопровождал в этом плавании русский матрос, хорошо знавший Курилы.
Начальник морской стражи на севере Японии Кондоо Зюузоо Мори вскоре тайно перебрался на остров Итуруп и осквернил могилы первых русских поселенцев, срубив высокие кресты. Один из самураев, Сорисигэ, писал, что русские жили на острове около десяти лет, и айны уже успели перенять обычаи пришельцев с Камчатки. Другой японец, Морисигэ, написал несколько томов различных, сочинений, проникнутых ненавистью к нашим предкам. В Аккэси японцами была учреждена особая должность наблюдающего за Курильскими островами; ему было подчинено морское судно «Токусэи-Мару».
В Охотске была основана контора Российско-Американской компании, управлявшая Курильскими островами. В 1798 году она послала на Курилы экспедицию под начальством старого шелеховца Баннера. Отряд зимовал на островах. Вскоре в Охотске появились первые военные суда, которые крейсировали в Охотском море и охраняли Курильские острова от посягательства японцев.
Так русский народ в XVIII веке осваивал скалистые острова, открытые Наседкиным и Козыревским. Лучшая научная работа о Курильских островах того времени принадлежала перу трудолюбивого Степана Крашенинникова и была помещена в его замечательном труде «Описание земли Камчатки», который удостоился высокой оценки Ломоносова. Русская наука в те годы немало потрудилась над уточнением названий Курильских островов, было определено географическое положение главных островов гряды. Их считалось двадцать два, причем остров Матсмай (Хоккайдо, Иезо) включался в это число на том основании, что был населен преимущественно айнами.
В XVIII веке на Курильских островах были собраны этнографические и другие коллекции. Начало этому было положено еще И. Козыревским. Русский народ впервые познакомился с курильцами — айнами. Предания айнов говорили о том, что их предки жили не только на Курильских островах, но и во всей Японии и были вытеснены оттуда японцами к XII столетию нашей эры. Известно, что японцы нещадно притесняли и истребляли айнов, чего никогда не скрывали историки и географы Японии.