Убийство Тараки было настоящей пощечиной Кремлю и лично Леониду Брежневу, у которого с Тараки были теплые дружеские отношения. Поэтому в том же сентябре 1979 года советские спецслужбы получили команду подготовить акцию по устранению Амина. Вместо него решено было привести к власти Бабрака Кармаля, которого в том же месяце тайно переправили из Чехословакии в Афганистан и укрыли на военно-воздушной базе Баграм.
Между тем действия самого Амина, который самым жестоким образом подавлял всякую оппозицию, множили число его врагов в самом Афганистане. Все это заставляло Кремль спешить с акцией по его устранению. В конце ноября 1979 года с целью проверки ситуации на месте в Афганистан прибыл заместитель министра внутренних дел СССР Виктор Папутин. Он имел встречу с Амином в его дворце и беседовал с ним несколько часов. После этого ряд источников сообщил, что беседа переросла в ссору, во время которой В. Папутина смертельно ранил шеф тайной полиции Афганистана, племянник Амина. Были и другие версии. Замминистра внутренних дел СССР Ю. Чурбанов, например, утверждал, что из Афганистана В. Папутин вернулся живой, но в Москве под влиянием алкоголя и депрессивного состояния покончил жизнь самоубийством.
В середине декабря 1979 года в Афганистан была тайно переброшена спецгруппа 7-го Главного Управления КГБ СССР «Альфа». Переброшена после того, как стало ясно, что расквартированные в Кабуле спецгруппы КГБ «Зенит» и «Гром» (по двадцати одному человеку в каждой) не смогут одни справиться со штурмом дворца Дараль-аман, в котором обитал Амин. Однако прежде чем идти на штурм, КГБ решил попробовать взять его «без крови». Этот вариант включал в себя усыпление Амина и его приближенных сильнодействующим снотворным. Эту акцию должен был осуществить агент из 8-го Управления «С» (нелегалы) 1-го Главного Управления КГБ СССР. Он работал поваром во дворце Амина и во время ооеда, приуроченного к возвращению из Москвы секре1лря ЦК НДПА Панджерши, намеревался подсыпать в пищу снотворное. Что он, естественно, и сделал.
В 19.50 начался штурм дворца, который охраняли около двухсот гвардейцев президента. На стороне штурмующих были две зенитные установки «Шилка» и шесть БМП. И несмотря на то что дворец был настоящей неприступной крепостью, бойцы «Альфы», «Зенита» и «Грома» взяли его за сорок минут. Всех, кто оказывал хоть малейшее сопротивление убивали на месте. Как убили самого Амина, никто толком не знает. На этот счет существует сразу несколько версий. По одной — он был взорван гранатой, по другой — его застрелил офицер «Альфы» после того, как опознал в нем президента. Среди штурмовавших погибло четверо бойцов «Альфы».
Однако после выполнения операции по захвату дворца одиннадцать бойцов «Альфы» были оставлены в Кабуле для обеспечения охраны нового лидера — Бабрака Кармаля. Вот что пишет об этом Михаил Болтунов:
«С переездом во дворец Арк, резиденцию главы страны, у сотрудников группы «А» началась нелегкая каждодневная служба по охране и обеспечению безопасности Бабрака. Они неотступно несли внутреннюю охрану, дежурили в приемной и в комнате отдыха. По периметру дворца были выставлены посты десантников, за территорией резиденции — внешнее кольцо охраны — национальные гвардейцы. Многочисленные входы и выходы из дворца перекрывали бойцы «Зенита». На выездах главу государства сопровождали все одиннадцать его охранников. Впереди ехал и расчищал путь Юрий Изотов, за ним в бронированном «мерседесе», за рулем которого находился Анатолий Гречишников, — Бабрак Кармаль, следом все остальные.
Каждый выезд требовал полной мобилизации сил и возможностей охраны. Движение на магистралях Кабула практически не регулировалось, полиция о маршруте кортежа ничего не знала, да если бы и знала, вряд ли могла бы что-либо предпринять. Улицы столицы многолюдны, много бронетехники — танков, боевых машин пехоты, бронетранспортеров».
Один из тогдашних телохранителей Б. Кармаля — Валентин Шаргин — рассказывает:
«Отношения с Бабраком сложились самые добрые, совсем не такие, как у службы безопасности с охраняемым, а скорее как у соратников. Мы были рядом с ним всегда, в самые трудные дни. Четырнадцатого декабря по тревоге почти на руках выносили их всех из капониров, сажали в самолет.
В феврале, когда в городе было неспокойно — жгли машины, обстреляли наше посольство, убили несколько советских граждан, оппозиция, собрав под зеленое знамя ислама тысячи людей, двинула их на дворец Арк, — готовы были умереть, защищая Бабрака.