Таким образом, инквизитор, будучи представителем этого духа пустыни, исполняя его волю и осуществляя его цели, становится непримиримой противоположностью Христа. Он — не «Иванушка-дурачок», которого этот «страшный и мудрый» дух обольстил и обманул, как обманул он первых людей. Нет, инквизитор -- сознательный его сторонник, сознательно осуществляющий его план. Он и сам признается, что прежде хотел присоединиться к избранникам Христа, дабы «восполнить число». Однако в пустыне у него открылись глаза -- он «очнулся и не захотел служить безумию» и тогда решил присоединиться к тем, кто «исправляет» подвиг Христа. Отступление инквизитора от Христа было свободным и сознательным поворотом его к духу пустыни. Действуя во имя Христа, инквизитор совершенно определенно знал, что за его плечами стоит не Христос, но тот страшный дух. Он сознательно лгал и сознательно обманывал людей -- в этом он сам сознается. Рассказывая о том, как он миллионы «слабосильных бунтовщиков» сделает покорными и послушными, он откровенно замечает: «мы скажем, что послушны тебе и господствуем во имя Твое. Мы их обманем опять, ибо тебя мы уже не примем к себе». Отказ инквизитора от Христа окончателен. Решение принять противоположность Христа сделалось бесповоротным. Именно поэтому инквизитор, несмотря даже на то, что после поцелуя Христа концы его губ задрожали, остается верным своей прежней установке. Как человек он тронут милосердным действием Христа, но как представитель духа пустыни остается на прежнем пути лжи и обмана, который ведет к уничтожению и в небытие. Раскрывая свою тайну, инквизитор предстает как истинный отрицатель Христа и сущностный носитель антихристова начала.
Но именно здесь возникает один важный психологический вопрос: может ли дух человека перенести такое полное и бесповоротное решение — стать противником Христа? Возможно ли, чтобы инквизитор, будучи человеком, так окончательно отвернулся от Христа? Ответ Достоевского на этот вопрос подобен свету молнии, который осветил и раскрыл перед нами способы действия антихристова начала в истории. Отречением от Христа и поворотом к духу пустыни тайна инквизитора не исчерпывается. Её глубинная подоснова определяет выбор инквизитора и делает его окончательным. Рассказывая о том, как он со своими сторонниками, освободив людей от решений совести, снимет с них ношу страдания и тревоги, инквизитор замечает: «…все будут счастливы, все миллионы существ, кроме сотни тысяч управляющих ими. Ибо лишь мы, хранящие тайну, только мы будем несчастны». Почему? Почему эти властители слабосильных будут несчастными? Какую тайну они скрывают от своих подчиненных? Инквизитор сам разъясняет эту загадку — «Будут тысячи миллионов счастливых младенцев и сто тысяч страдальцев, взявших на себя проклятие познания добра и зла. Тихо умрут они, тихо угаснут во имя Твое и за гробом обрящут лишь смерть. Но мы сохраним секрет и для их же счастья будем манить наградой небесного и вечного».
Это и есть последняя и глубочайшая тайна инквизитора: он со своими сторонниками не верит ни в Бога, ни в бессмертие души. По ту сторону гроба есть только смерть. Однако такого исхода, как и учения Христа, обыкновенные слабые люди вынести не в состоянии. Поэтому инквизитор и будет хранить эту тайну, он будет говорить людям о вечной жизни, будет лгать им не только своими словами, но и своей смертью, ибо и умрет он -- сам ни во что не веря -- во имя Христа. Такова его глубочайшая установка. Поэтому Алеша, настойчиво пытаясь понять смысл рассказанной Иваном легенды, обсуждая её с Иваном, в конце-концов приходит к пониманию этого смысла и восклицает: «Инквизитор твой не верует в Бога, вот и весь его секрет!» — «Хотя бы и так, — отвечает Иван. — Наконец-то ты догадался. И действительно так, действительно только в этом и весь секрет…» Вне всякого сомнения, это неверие, как подчеркивает дальше Иван, ведет к глубокому страданию. Видеть других счастливыми, идущими в вечную жизнь, вести их по этому пути и вместе с тем знать, что этот путь — только обман, что он ведет в полное небытие, что нет никакой вечной жизни, нет никакого Бога, следовательно, никакой цели и никакого смысла — да, это, действительно, страдание. Поэтому все эти сто тысяч и не могут быть счастливыми. Они — мученики своих установок. Они прокляты своим собственным знанием. Нигилизм — это та тайна, которую они так заботливо охраняют от ими ведомых людей. Инквизитор Достоевского — нигилист в самом глубоком и подлинном смысле этого слова. В этом его тайна!