Алексей Михайлович был на седьмом небе от счастья, и тут же отблагодарил отца царицы К. П. Нарышкина и своего первого министра А. С. Матвеева, пожаловав их в окольничие, а, спустя некоторое время в бояре. Матвеев достиг своей цели, в 1671−75 гг. его влияние и авторитет в государственных делах были почти безграничны. К нему сходились все нити управления Россией. Царь высоко оценил усердие Матвеева, пожаловав его в ближние бояре, и наградив земельными владениями под Москвой. Все хорошо, жизнь удалась, но внезапно, в январе 1676 года умирает сам Алексей Михайлович.
Конечно, смерть царя учитывалась в плане А. С. Матвеева, но беда в том, что произошла она внезапно и слишком рано. Ситуация осложнялась тем, что еще были живы два сына царя от первого брака. Да, Иван — слаб умом, здесь все ясно, но Федор в здравом уме, правда практически не встает с постели и уже дышит на ладан, но главное, он еще жив. После смерти царевича Алексея Милославские приняли запоздалые меры безопасности, оберегая свою последнюю надежду — у постели больного Федора по очереди дежурили его сестры и тетки. В этих условиях Матвеев решил не рисковать и подождать, пока созревший плод сам упадет ему в руки. Известный российский историк Сергей Соловьев, так комментирует эту ситуацию: «царь Алексей был еще во цветущих летах, и очень легко могло показаться, что слабые сыновья его должны последовать за своими единоутробными братьями, не переживут отца и Петр будет наследником».
Впрочем, даже в этой ситуации, возможность занять опустевший трон еще сохранялась. В России не существовало закона о престолонаследии, а после смерти царевича Алексея в 1670 году никаких распоряжений на этот счет царь не издавал, поэтому все решалось в последние часы жизни Алексея Михайловича и у всесильного Матвеева, вместе с царицей Натальей Кирилловной, был шанс протолкнуть кандидатуру Петра. Однако, из воспоминаний современников ясно что, ни Матвеева, ни царицы у смертного одра не было, их допустили к телу только после смерти, когда все уже было решено. За три часа до своей кончины Алексей Михайлович по просьбе окруживших его вельмож благословил своего сына Федора на царство. Так, во всяком случае, было объявлено. Бояре быстренько отнесли Федора в Грановитую палату (сам он ходить не мог), усадили на трон и тут же ему присягнули. Вот и все, Матвеев промедлил и проиграл!
Матвеев проиграл, но кому, кто смог противостоять всесильному временщику? На этот вопрос ответить не сложно — опекун царевича Федора князь Михаил Юрьевич Долгоруков, потомственный Рюрикович, родственник боярина Бориса Морозова и Милославских. Так началось шестилетнее правление Федора Алексеевича, а для А. С. Матвеева наступили «черные» дни. В одной польской брошюре прямо указывалось на то, что А. С. Матвеев пытался возвести на престол четырехлетнего Петра, а в кружках иностранцев рассказывали, что его обвиняли в желании сделаться царем, о чем писал Лефорт. Не подлежит сомнению, что основания для этого действительно были. Правда, официально А. С. Матвеева обвинили только в казнокрадстве, но, видимо посчитав, что этого мало добавили еще покушение на жизнь царя. Лекарь Берлов доносил, что Матвеев хотел отравить Федора Алексеевича, во время его тяжелой болезни, что подтвердили и дядьки царя Ф. Ф. Куракин и И. Б. Хитрово. Обвинений было вполне достаточно, чтобы отправить А. С. Матвеева на эшафот. Началось следствие.
«Думский дворянин Соковнин и думский дьяк Семёнов взяли с Матвеева „сказку“ о том, как составлялись и подносились лекарства больному царю Фёдору Алексеевичу. Матвеев показал, что лекарства составлялись докторами Костериусом и Стефаном Симоном по рецепту, а рецепты хранятся в Аптекарской палате. Всякое лекарство отведывал прежде доктор, потом он, Матвеев, а после него дядьки государевы, бояре Фёдор Фёдорович Куракин и Иван Богданович Хитрово, после же приёма лекарство допивал опять же он, Матвеев, в глазах государя». (Нахапетов)
Доказать ничего не смогли, но уже 1 февраля 1676 года А. С. Матвеев был отстранен от руководства Аптекарским приказом. Понимая, что Федор Алексеевич долго не заживется на этом свете, Милославские старались быстрее избавиться от Нарышкиных и их влияния при дворе и укрепить свою власть. В июле 1676 года А. С. Матвеев был лишен всех должностей и имущества и отправлен в ссылку. В октябре 1676 года Кирилл Полуэктович Нарышкин, отец Натальи Кирилловны был снят с руководства важнейшими финансовыми приказами — Большой казны и Большого прихода. В 1677 году братья царицы Иван и Афанасий Нарышкины были приговорены Думой к смерти по обвинению в подготовке убийства государя. Нужно отдать должное юному царю, упорно не допускавшему расправы над ненавистными родне его матери Нарышкиными. Смертную казнь обоим братья царицы он заменил ссылкой. Наталья Кирилловна с детьми жила в Преображенском.