Осенью 1604 года Лжедимитрий с польским отрядом перешёл Днепр около Киева. В это время по всей Украине происходили волнения крестьян и холопов, недовольных притеснениями бояр и помещиков. Многие из восставших присоединялись к Лжедимитрию, обманутые его обещаниями держать «всё православное христианство в тишине и в покое и благоденственном житии».
В апреле 1605 года Борис Годунов внезапно умер. Царём был объявлен его молодой сын Фёдор. Но бояре убили Фёдора Борисовича и согласились признать царём польского ставленника. В июне того же года Лжедимитрий вступил вместе со своим войском в Москву. Польские паны в столице Русского государства вели себя как хозяева и производили всякие бесчинства. Возмущённые москвичи 17 мая 1606 года подняли против польских интервентов восстание. Спасаясь от восставшего народа, Лжедимитрий выскочил из окна, но его схватили и тут же убили. Бояре поспешили прекратить народное восстание, обманув народ различными обещаниями, и провозгласили царём знатного боярина Василия Ивановича Шуйского. Но при Шуйском бояре попрежнему ловили беглых крестьян и превращали их в крепостных.
Осенью 1606 года началось широкое крестьянское восстание. Во главе его стал народный вождь Иван Болотников. Точных сведений о его жизни до восстания не имеется. Рассказывают, что в молодости он был боярским холопом, но бежал к казакам на Дон. Затем он будто бы был захвачен татарами и продан в турецкий плен. Из турецкого плена Болотников бежал и побывал в европейских странах. До русской границы он добрался как раз в тот момент, когда в Северской Украине началось восстание городских низов, крестьян и холопов против феодального гнета. Став во главе крестьянской армии, Болотников в октябре 1606 года подошёл к Москве и начал осаду.
Отсюда Болотников рассылал обращения к крестьянам и холопам с призывом восставать против бояр, дворян и купцов. Восстание приобрело огромные размеры: восстали Терек, Астрахань, Белгород, Курск, Воронеж и другие районы страны. К восстанию примкнула мордва. В начале декабря царские войска атаковали лагерь Болотникова у села Коломенского, под Москвой. В самый разгар боя служилые люди и казаки отряда Истомы Пашкова, присоединившиеся вначале к Болотникову, перешли к Шуйскому. Эта измена облегчила победу царских войск над крестьянской армией. Болотников отступил к Калуге, затем к Туле. После четырёхмесячной осады Тула была взята царскими войсками. Болотникова поймали, выкололи ему глаза, а затем утопили его. Царь Шуйский велел три дня звонить в колокола по случаю победы бояр над восставшими крестьянами. Крестьянская война была стихийным, неорганизованным движением, не имевшим чёткой программы и плана действия, поэтому она закончилась поражением.
Восстание Болотникова по времени совпало с возобновлением польской интервенции. Польские феодалы распространили слух, будто Димитрий остался жив и опять идёт на Москву. Появился Лжедимитрий II. Никто не знал, кто он и откуда. Польский король дал ему денег и войско, и летом 1608 года Лжедимитрий II подошёл к Москве и занял село Тушино, устроив здесь свой укреплённый лагерь. Народ стал называть его с этого времени «тушинским царём» или «тушинским вором». Положение государства было неустойчивое. Часть московских бояр и дворян стала уходить в тушинский лагерь. Иные по нескольку раз переходили из Москвы в Тушино и обратно. Народ называл эти переходы из одного лагеря в другой «тушинскими перелётами». Царь Василий Шуйский заключил военный союз со шведским королём, заплатив ему за помощь землями около Балтийского моря.
Когда польский король узнал о помощи шведов Василию Шуйскому, он немедленно начал открытую войну с Россией. Осенью 1609 года Сигизмунд III без объявления войны перешёл границу Русского государства и начал осаду Смоленска. Защитники Смоленска сражались геройски и надолго задержали польских захватчиков.
В это время «тушинские перелётчики» — бояре договорились с польским королём о том, чтобы посадить на русский престол польского королевича Владислава.