Турки задумали вернуть Крым и готовили десант в Керчи. Ушаков встретил турецкий флот у Керченского пролива и 8 июля 1790 года нанёс ему сильное поражение. В августе того же года Ушаков внезапно напал на турецкий флот и заставил его принять сражение у Тендры. Бой длился шесть часов. Турецкий флагманский корабль, объятый пламенем, затонул, а другой корабль с 66 пушками сдался со всем экипажем. После этого сражения турецкий флот не мог больше препятствовать действиям сухопутной армии под Измаилом.
К весне 1791 года турки пополнили свои потери и решили разгромить флот Ушакова. Новый турецкий командующий флотом поклялся султану привезти ему в клетке грозного Ушак-пашу (так турки называли Ушакова). Но Ушаков зорко следил за всеми действиями противника. Узнав, что турецкий флот сосредоточился у мыса Калиакрия под защитой береговых батарей, Ушаков неожиданно подошёл к его стоянке в день мусульманского праздника, когда большинство турецких моряков беспечно проводило время на берегу. Турецкий флот был отрезан от берега и атакован. Ушаков на флагманском корабле врезался в середину неприятельской эскадры и с близкой дистанции поражал вражеские корабли залпами своих орудий. Турецкий флот был разбит и бежал к Босфору.
Взятие Измаила Суворовым и победа Ушакова на море решили исход войны. В результате второй турецкой войны (1787–1791 гг.) Россия окончательно утвердилась на северных берегах Чёрного моря.
В конце 90-х годов XVIII столетия боевая деятельность Ушакова проходила далеко от пределов Родины, в Средиземном море.
К этому времени французская буржуазия стала на путь захватнической внешней политики, с целью установления своего господства в Европе и на Ближнем Востоке. Французские армии захватили Ионические острова, заняли остров Мальту и стали готовиться к экспедиции в Египет, а оттуда в Индию. Военные успехи Наполеона в Средиземном море грозили появлением в Чёрном море французского флота и уничтожением всего, что было достигнуто Россией за годы войны с Турцией.
4 февраля 1798 года Павел I приказал эскадре вице-адмирала Ушакова выйти из Севастополя для прикрытия черноморских берегов.
Через несколько месяцев, в августе 1798 года, Ушаков получил новый приказ — отправиться со своей эскадрой к Босфору и в случае необходимости выступить совместно с турецким флотом против французов. Эскадра Ушакова состояла из 16 судов, имевших на борту 792 пушки и около 8 тысяч матросов и солдат.
Ушаков в течение 6 недель занял ряд небольших островов Ионического архипелага, а затем приступил к овладению крепостью на острове Корфу, считавшейся неприступной морской твердыней. Французский гарнизон этой крепости насчитывал около 3 тысяч человек при 650 орудиях.
Русские моряки, находившиеся далеко от родины, испытывали недостаток в самом необходимом, в особенности в продовольствии и снарядах. Ушаков писал о положении моряков своей экспедиции: «Из всей древней истории не знаю и не нахожу примеров, чтобы когда какой флот мог находиться в отдалённости без всяких снабжений и в такой крайности, в какой мы теперь находимся».
Однако трудности не остановили Ушакова и его доблестных моряков. Матросы доверяли своему командиру так же, как солдаты доверяли Суворову. Ушаков прекрасно подготовил штурм крепости. В феврале 1799 года соединённый русско-турецкий флот высадил десант на острове Видо и начал штурм передовых укреплений Корфу. 20 февраля крепость со всеми кораблями, стоявшими под её защитой, капитулировала.
Получив известие о блестящей победе Ушакова, Суворов с восхищением воскликнул: «Великий Пётр наш жив… Ура! Русскому флоту! Я теперь говорю самому себе: зачем не был я при Корфу хотя мичманом?».
За взятие Корфу Ф. Ф. Ушаков был произведён в адмиралы. Быстрое занятие русскими Корфу произвело огромное впечатление во всей Европе.
Греческое население восторженно встречало русских освободителей. Ушаков предоставил населению право самому избирать свои органы управления и вместе с местными патриотами выработал конституцию Республики Ионических островов.
После освобождения Корфу Ушаков со своей эскадрой пришёл в неаполитанские воды и отправил отряд для освобождения Рима. Римское население также с восторгом встретило русских освободителей.
Ушаков считал необходимым после этого итти на остров Мальту против основных сил Наполеона, но неожиданно получил приказ императора Павла I немедленно вернуться в Россию. Возвращаясь на родину, Ушаков вновь посетил остров Корфу. Сенат новой республики на торжественном собрании объявил Ушакова «отцом и спасителем народа» и от имени народа преподнёс русскому адмиралу богато украшенный щит, золотой меч и медаль, выбитую в честь Ушакова.