В 1923 году Мария Александровна скончалась. Не только друзья и знакомые, но и все студенчество Академии выражало Вильямсу свое горячее сочувствие, и он убедился при этом сильнее, чем когда-либо прежде, в той любви и уважении, которые питали к нему студенты Академии. Их сердечное отношение очень помогло ученому в эти трудные для него дни.
Совместная работа Вильямса со студенческими организациями создавала в Академии все более благоприятную обстановку для занятий.
Контакт с новым, пролетарским студенчеством, общая работа в предметных комиссиях, в научных кружках и в общественных организациях привели к перелому в настроениях многих колеблющихся профессоров, в первый период революции видевших в ней одну разрушительную силу. Один из друзей Вильямса, И. А. Каблуков, искренне и горячо сказал об этом в июле 1923 года студентам-выпускникам на торжественном вечере в Академии: «В России совершился великий переворот, какого до сих пор не знала история. В этом перевороте погибло многое, что мне было дорого. И вполне естественно, если у человека моего возраста — старым людям свойственен пессимизм — могло составиться мнение, что Россия погибает и не выйдет из той разрухи, которую приходилось переживать. Но до сих пор я не сделался пессимистом и свой оптимизм сохранил благодаря тем впечатлениям, какие я выносил из своей аудитории. Когда я видел молодую Россию и молодых людей, стремящихся к знанию и работающих, несмотря на тяжелые материальные условия, не за страх, а за совесть, у меня росла уверенность, что молодая Россия выйдет из разрухи и создаст себе светлое будущее».
Петровская академия успешно перестраивалась. Она переставала быть прежней Петровкой, из нее изживался эсеровский дух, она освобождалась от реакционных профессоров, она превращалась в передовую советскую высшую школу. Это было превращением Петровки в Тимирязевку — 10 декабря 1923 года Петровской академии решением Совнаркома было присвоено имя великого русского ученого-демократа, учителя и наставника Вильямса, Климента Аркадьевича Тимирязева.
Первые успехи, которых добился Вильямс по перестройке Тимирязевской академии, нашли признание на XIII съезде партии. На заседании секции по работе среди молодежи XIII съезда РКП (б) было сказано:
«То, что Тимирязевская академия отстала, в значительной степени объясняется тем, что старый Наркомаем противился всякой серьезной чистке профессуры. Только в последнее время мы произвели чистку и отстранили от преподавания Железнова, который насаждал крестьянскую идеологию, Чаянова, который там был царем и богом, и т. д. А самое ценное то, что во главе этой академии стоит самый наш советский ректор, который вообще есть в СССР, — профессор Вильямс, который хотя и не коммунист, но вполне наш, говорящий на нашем языке, нашими словами, искренне преданный нам».
Вильямса знали в это время уже не только ученые круги, он был известен и работникам Госплана, и агрономам, и московским коммунистам, и профсоюзным работникам, и учителям.
И весной 1924 года, когда исполнилось тридцать пять лет научной и учебно-воспитательной деятельности Вильямса, Москва широко отметила этот славный юбилей.
Как он был не похож на юбилей, отпразднованный ученым за десять лет до этого! Тогда он был отмечен лишь студенчеством Петровки при явном недовольстве начальства, отзвуки этого юбилея не перелетели за пределы ограды академического парка.
А сейчас ученого чествовала вся столица, и об этом радостном событии узнала вся страна.
Президиум ВЦИК на своем заседании 20 марта 1924 года вынес решение наградить профессора Василия Робертовича Вильямса орденом Трудового Красного Знамени «за высокополезную научную и общественную работу за время революции и за его выдающуюся научно-общественную деятельность до революции».
Совнарком Союза в ознаменование юбилея ученого «постановил назначить ему пожизненную пенсию в размере полуторной высшей ставки тарифа ответработников».
Кроме того, «Совнарком признал необходимым ассигновать средства на издание трудов проф. Вильямса с тем, чтобы цены на его труды были установлены доступные для студенчества».
Торжественное чествование юбиляра состоялось 29 марта 1924 года в Колонном зале Дома союзов. Здесь собрались ученые, рабочие, военные, но больше всего было тут учеников юбиляра — все три с лишним тысячи студентов Тимирязевки хотели отметить юбилей своего наставника; они заполнили все проходы, хоры и фойе, но все-таки часть из них так и не смогла попасть на чествование «красного ректора» Тимирязевки, как его называли студенты.