Е. С. Федоров, гениальный ученый, крупнейший русский кристаллограф, минералог и геолог, известный также своей революционной деятельностью, был в 1896 году назначен профессором по кафедре минералогии и геологии института. Первоначально Федоров и Вильямс сходятся на почве научных интересов. Беседы с Вильямсом были чрезвычайно полезны Федорову, ибо он, придя в институт, мало был знаком с сельским хозяйством. Большая геологическая эрудиция Вильямса, естественно, сближала обоих ученых. Впоследствии их дружба стала крепнуть и ввиду сходства политических взглядов, отрицательного отношения к порядкам, существовавшим в царской России.
Крупнейший русский ученый, общепризнанный создатель современной научной кристаллографии, автор 477 печатных научных работ, Е. С. Федоров был гоним царским правительством. Только в Московском сельскохозяйственном институте, где Федоров стал преподавать, имея уже более сорока лет от роду, ученому удалось организовать свою лабораторию и минералогический кабинет. Неудивительно, что десять лет, проведенных в Петровско-Разумовском, сам Федоров считал счастливейшим временем своей жизни. Здесь он провел много важнейших исследований по кристаллографии. Летом почти ежегодно Федоров ездил на Урал, где он руководил геологическими изысканиями; в это же время он исследовал и рудные месторождения Кедабека и других районов Закавказья. Близкие отношения с Федоровым помогали Вильямсу быть постоянно в курсе новейших достижений геологии и минералогии.
Академия наук, где в это время не велось почти никаких минералогических и кристаллографических работ, после долгих колебаний решила пригласить «скомпрометированного» арестами и ссылками ученого, избрав его адъюнктом Академии. Однако это «избрание» сопровождалось целым рядом издевательств со стороны реакционного руководства Академии. Федоров решил порвать с Академией наук и в своем прошении президенту Академии — близкому родственнику царя, великому князю Константину Константиновичу — писал, что он отказывается быть академиком и не может иметь ничего общего с реакционными и темными дельцами от науки. Говоря о своей попытке улучшить постановку научной работы в Академии, Федоров писал: «…моя попытка вызвала со стороны Академии обратную попытку запачкать мое имя, побудив меня принять участие в противозаконном дележе казенного пирога. Такова пропасть в воззрениях, целях, задачах скромных людей науки, подобно мне, и господ академиков, важных представителей нашей бюрократии, которая как своих выдающихся представителей выдвигала Биронов, Аракчеевых, Дмитрия Толстого, Плеве. Не могу допустить для себя чести принадлежать к этому сословию, почему и решаюсь всепокорнейше просить… дать моему прошению об увольнении из Академии законный ход и считать меня окончательно выбывшим из числа академиков не только без оставления в какой-либо должности, но даже без всякого звания, которое могло бы напомнить мне об Академии и тем отравлять духовный покой, столь необходимый в последние годы научной деятельности».
Это выступление ярко характеризует исключительную принципиальность и смелость великого русского ученого и делает понятным, почему Вильямс так дорожил дружбой Федорова, не менее тесные отношения сложились у Вильямса и с профессором сельскохозяйственной экономии Константином Антоновичем Вернером. Он был старым петровцем, исключенным из Академии одновременно с В. Г. Короленко еще в 1876 году. Тогда Вернер был за свою революционную деятельность арестован и сослан. После этого он был переведен в Кавказскую действующую армию и только по увольнении из нее, по причине тяжелого ранения, сумел вернуться в Москву и сдать экстерном экзамены за весь курс Академии. Работая после этого почти двадцать лет на статистических обследованиях в разных губерниях, Вернер стал большим знатоком сельского хозяйства России.
Приглашение Вернера на должность заведующего кафедрой сельскохозяйственной статистики Вильямс горячо приветствовал, говоря: «Трудно было сделать более удачный выбор. Широкое научное и многостороннее образование, огромная начитанность, близкое знакомство с хозяйствами крестьян и частных владельцев севера, центра, юга и востока России, любовь к народу и огромная опытность статистика-исследователя — качества, которые нелегко найти совмещенными в одном человеке».
Вернер хорошо знал природные условия и сельское хозяйство Крыма, Сибири, Туркестана, то-есть таких районов, в которых Вильямс не бывал. Беседы с Вернером, интересные рассказы о «беспокойной жизни, бросавшей его из одного края нашего обширного отечества в другой», составляли для Вильямса, по его воспоминаниям, «источник большого удовлетворения», они помогали ему еще шире охватить русское сельское хозяйство во всем его многообразии.