В заключение своего протеста профессора требовали «оградить на будущее время персонал института и студентов от такого ничем не вызванного административного произвола, какой имел место 23 декабря».
Понятно, что на этот протест начальство не обратило никакого внимания, и, несмотря на то, что обыск не дал никаких результатов, наблюдение и слежка за Петровкой продолжались; в институт неоднократно наведывалась полиция и в 1906 году. Правда, таких «грандиозных» налетов, какой был в декабре 1905 года, больше не повторялось.
Вместе с тем некоторые конституционные уступки, на которые царское правительство вынуждено было пойти под давлением революционных событий, привели и к известному изменению порядков, царивших в Петровке. Совет института получил больше прав и, в частности, право избрания директора. Были отменены реакционные дисциплинарные правила для студентов, введенные в 1894 году; получил признание Совет студенческих старост.
Осенью 1906 года в институте возобновились занятия. Постепенно, с большими трудами налаживалась учебная и научная работа.
Весною 1907 года состоялись выборы нового директора. Совет института в своем заседании 22 мая 1907 года избрал Вильямса на пост директора. Его кандидатура была раньше всего выдвинута студенческими организациями Петровки. Избрание Вильямса встретило горячее одобрение студенчества и передовой части преподавателей.
В трудные дни стал Вильямс во главе института. Революция шла на убыль. Конституционные уступки, завоеванные ценой упорной борьбы, отбирались одна за другой. Но Вильямс в этих тяжелых условиях продолжал оставаться неизменным другом передового студенчества. Он сознательно шел на нарушение министерских предписаний, вводивших снова старые ограничения. Он на свой страх и риск принимал в число студентов женщин, он отменил сословные привилегии при приеме, принимал в институт представителей угнетенных национальностей.
Его вызывали в Петербург для объяснений; он выслушивал недовольные речи министерских чинов, но продолжал поступать по-своему.
«У меня, — говорил Вильямс потом об этих днях, — отлично сохранились в памяти моменты моей борьбы за предоставление права учения в Московском Сельскохозяйственном институте женщинам и представителям угнетенных наций. За самовольство я выслушивал нотации петербургских чиновников и даже «заслужил» приказ, в котором мне «ставилось на вид».
Постепенно в Москву возвращались члены боевой дружины, и Вильямс принимал их всех снова в институт, причем тем из них, которым еще грозило преследование, он дал возможность учиться под чужими фамилиями.
Вильямс, став руководителем института, сделался теперь для всего студенческого коллектива тем наставником и учителем жизни, каким он был до этого для сравнительно небольшой группы своих учеников и сотрудников.
Вильямс являлся душой и организатором многочисленных научных и общественных студенческих кружков — любителей естествознания, садоводства, общественной агрономии, лесоводства.
При его поддержке было создано специальное книгоиздательство студентов, выпустившее ряд ценных научных пособий, в том числе и трудов профессоров Петровки.
Нелегко было создать и, главное, оберегать от разгрома все эти кружки и организации. Начальство все больше и больше косилось на нового директора; не было у него полной поддержки и в Совете института, где часть профессуры, особенно после поражения революции, была настроена достаточно реакционно.
Но целая группа передовых ученых Петровки оказывала Вильямсу деятельную помощь. К числу этих людей принадлежали прежде всего трое друзей Вильямса — профессора Ростовцев, Демьянов и Кулагин. Все они неоднократно выступали в защиту студентов в дни революции, помогали революционным студенческим организациям и деньгами и предоставлением убежища.
С поддержкой своих друзей — передовых русских ученых — Вильямс боролся за превращение Петровки в очаг передовой науки.
Много лет спустя Вильямс писал академику Демьянову в поздравительном письме по случаю сорокапятилетнего юбилея его научной и педагогической деятельности:
«…Мы с Вами были теми немногими, которых Московский Сельскохозяйственный институт получил в наследство от разгромленного революционного очага Петровской Академии.
Мы с Вами несли революционные заветы наших учителей Гавриила Гаврииловича Густавсона и Климента Аркадьевича Тимирязева, не давая затухнуть этим заветам в вихре арестов, засад, провокаций, повальных обысков и прочих прелестей царского режима. В этой неприглядной обстановке мы все-таки сумели создать на развалинах Петровки центр революционной и научной мысли. Мы оба с гордостью можем сказать, что в основе Тимирязевской Академии лежат наши жизни и мы об этом не сожалеем».