Но все эти «новейшие» веяния в философии, отход части интеллигенции от идеалов революции и демократизма не захватили своим тлетворным влиянием Вильямса. Он, по его собственным словам, «верил в лучшую судьбу трудящегося человечества». Он продолжал трудиться на благо родного народа. Лаборатория почвоведения Московского сельскохозяйственного института становится в эти годы главным центром развития и разработки основ научного почвоведения и научного земледелия, стойкой цитаделью, где развевалось знамя прогрессивных идей великих русских ученых — К. А. Тимирязева, В. В. Докучаева, П. А. Костычева.
Но далеко не все почвоведы, даже бывшие близкими учениками Докучаева, шли по стопам своего учителя, то-есть дорогой Вильямса. Отход многих учеников Докучаева от его заветов начался сразу же после его смерти. Ученики не поняли у Докучаева самого главного: они не заметили у Докучаева его учения о преобразовании природы на благо человека. В 1903 году вышел специальный номер журнала «Почвоведение», посвященный памяти Докучаева. Во многих статьях этого журнала говорилось о Докучаеве — создателе почвоведения, геологе, ботанике-географе. Но никто ни словом не обмолвился о Докучаевском плане переделки природы наших степей, о его знаменитой книге «Наши степи прежде и теперь». Почти никто не заметил учения Докучаева о роли биологических факторов в развитии почв. Постепенно отход многих докучаевцев от Докучаева становился все более и более заметным. Биологией почвы не занимались, докучаевские идеи о преобразовании природы, о переделке почв не развивали. Почвоведение все больше и больше сил отводило географическому изучению почв отдаленных районов Сибири и Туркестана для выявления новых земельных фондов, необходимых для переселения крестьян: царское правительство видело в этом выход из того тупика, в который зашло сельское хозяйство страны.
Вильямс не отрицал крупного значения широкого исследования почв России, но для него это исследование не было самоцелью, а давало материал для установления генезиса почв и выработки мер по их переделке.
В период между двумя революциями Вильямс продолжал напряженную работу по изучению почв России. Самому ему, больному и чрезвычайно перегруженному работами в институте, было не так просто совершать длительные путешествия по стране. Но теперь он гораздо шире мог опираться на своих учеников и сотрудников.
Недостаточно хорошо зная природные условия и почвы наших пустынных областей Средней Азии, Вильямс стремился восполнить этот пробел. В 1908 году он отправляет своего ассистента А. Е. Любченко на исследование почв закаспийских Кара-Кумов с целью расширения в этом районе хлопководства.
Заботливо снаряжал профессор своего помощника в дальнюю поездку. А. Е. Любченко глубоко изучил литературу, освещающую природу и условия сельского хозяйства Средней Азии.
В обработке большого материала, привезенного А. Е. Любченко, Вильямс принял самое деятельное участие: он просмотрел образцы, многие из них лично проанализировал, отобрал все ценное для музея, а в книге «Кара-Кумская степь», подводящей итоги экспедиции, написал специальную главу «Кара-Кумские почвы».
Говоря о почвах южной части Кара-Кумов, тяготеющей к Мервскому оазису, Вильямс главной особенностью этих почв считал «отсутствие в них какого бы то ни было намека на комковатое строение».
«Строго говоря, — продолжал Вильямс, — это даже не почвы, в обычном смысле этого слова, не почвы, являющиеся… продуктом взаимного совместного воздействия на материнскую породу как мертвых минеральных процессов выветривания, так и живых биохимических агентов почвообразования». Здешние почвы, как установил Вильямс, были бесструктурны, накопление органического вещества в них шло слабо, а сгорание его было быстрым. Почвы имели слабую водопроницаемость и нередко были сильно засолены.
Выводы, к которым пришел ученый при изучении почв Средней Азии, помогли ему в дальнейшем разработать основы земледелия на орошаемых землях.
Для расширения объема научно-исследовательских работ и подготовки себе «смены» Вильямс оставляет при своей кафедре несколько своих учеников.
Учитель выставил перед ними ряд жестких требований, обязательных для оставления при кафедре.
Один из них — Б. П. Серебряков — много лет спустя, когда он уже стал профессором, вспоминал эти требования:
«Первое требование: наука не знает отдыха. Для ученого, говорил нам Василий Робертович, отдых — «это перемена работы». Это были не пустые слова, а подлинная действительность… Мы никогда не видели Василия Робертовича без работы Он все время был занят: или приводил в систему и порядок почвенные образцы и монолиты, или просматривал гербарий и семена растений, или работал на своем питомнике, или исследовал органическое вещество лизиметрических вод, или писал какую-нибудь статью. Совершенно исключительное трудолюбие — одна из главнейших отличительных черт В. Р. Вильямса.