Трудно было вести научные работы и исследования. Интервенты и белогвардейцы пытались задушить Республику Советов оружием и «костлявой рукой голода». Восьмушкой хлеба ограничивался дневной паек в Москве. Но и в самые первые тяжелые годы советская власть проявляла заботу об ученых, поддерживала научные учреждения и учебные институты чем могла. В Качалкине в том же 1918 году была создана под руководством Вильямса станция по изучению кормовых растений, разросшаяся за четыре года в Государственный луговой институт. Продолжались занятия и на созданных Вильямсом Качалкинских курсах луговодства, и 1 января 1920 года состоялся торжественный вечер, — посвященный первому послереволюционному выпуску агрономов-луговодов.
В уездном городе Козлове советская власть оберегала и поддерживала питомник Ивана Владимировича Мичурина, впервые после долгих лет гонений и издевательств получившего возможность развернуть свои великие работы по преобразованию природы растений.
И в эти же первые годы советское правительство приняло особое решение об оказании всесторонней помощи Ивану Петровичу Павлову — великому русскому физиологу.
А в Воронежскую губернию, в знаменитую Каменную степь, где Докучаев начал в девяностых годах прошлого века свои опыты по борьбе с засухой, Ленин направил специального представителя, чтобы возобновить опытные работы.
Американские правители, привыкшие скупать на свои доллары чужой ум, чужие таланты и дарования, решили воспользоваться тяжелой обстановкой, в которой оказалась Советская Россия, и переманить выдающихся русских ученых в Соединенные Штаты, посулив им сытую жизнь, удобства, доллары. Американцы слали свои предложения к Павлову, Чернову и другим ученым.
Получил такое послание и Вильямс. Ему предлагалась кафедра в Калифорнийском университете, лаборатории, деньги. Он даже не ответил заокеанским скупщикам.
Велики были материальные трудности, нелегко было проводить исследования и занятия, нехватало оборудования, не было часто света, замерзал водопровод, но ничто не могло заставить Вильямса, так же как и других передовых русских ученых, отказаться от работы или, тем более, покинуть родную страну и поступить в услужение к чикагским фабрикантам или калифорнийским плантаторам.
Вильямс продолжал свои работы в Качалкине и ездил в Петровку на чтение лекций. Поездки в Москву и обратно были сопряжены с большими трудностями. Но Вильямс ни за что не хотел прерывать своих лекций в Петровке, много сил уделяя работе в Академии в тяжелые дни гражданской войны и интервенции.
Кончив чтение лекции, Вильямс отправлялся из Петровско-Разумовского на Савеловский вокзал на чахлой академической лошадке, запряженной в бричку. Он ехал обычно с кем-нибудь из своих давних сотрудников — с А. М. Дмитриевым или К. И. Голенкиной. Они устраивались в холодном дачном вагоне и терпеливо ждали, когда раздастся, наконец, свисток паровоза и поезд двинется в путь. Но это еще не означало быстрого окончания пути, хотя до платформы Луговой было всего около двадцати пяти километров.
В эти времена угля почти не было, и паровозные топки отапливались дровами. Но и с дровами дело обстояло неблагополучно. Дачный поезд на двадцатипятиверстном пути останавливался несколько раз, и пассажиры отправлялись в придорожную рощу и пополняли топливные запасы. Особенно тяжело пришлось Вильямсу и его спутникам в один из зимних дней 1919 года, когда поезд остановился в чистом тюле и пришлось с шести часов вечера до шести утра просидеть в ледяном вагоне, где сквозь разбитые стекла гулял студеный ветер. Только утром заледеневшие путники вылезли на станции Луговой и еле добрались до Качалкина.
Вильямс без жалоб переносил эти невзгоды и всегда еще старался подбодрить своих спутников какой-нибудь шуткой.
Среди слушателей курсов луговодства Вильямс умел поддерживать бодрое и даже веселое настроение. Он делил с ними и кров и стол, он обедал в студенческой столовой и ел тот же турнепс или картошку с воблой, что и все студенты, и показывал им, как можно красиво и аппетитно подать к столу эти незатейливые блюда.