Его деятельное участие и в перестройке Петровской академии и во всех начинаниях советской власти в области образования и научной работы встретило резкое осуждение со стороны реакционной части профессоров Петровки.
В Петровской академии всегда было сильно влияние народнических, а затем и эсеровских настроений. Это было характерно и для значительной части студенчества. За годы первой мировой войны состав студентов пополнялся главным образом помещичьими и кулацкими сынками, находившими здесь спасение от фронта. Октябрьскую революцию это студенчество встретило враждебно.
Неудовлетворительный ход занятий в Академии объяснялся отнюдь не одними материальными лишениями и трудностями.
Реакционная часть профессуры и студенчества не желала и слышать ни о какой перестройке учебной жизни, ни о каком приближении учебного плана к практическим нуждам послереволюционного сельского хозяйства.
Трудно было Вильямсу и другим передовым ученым Петровки найти поддержку своим планам.
Надо было начинать с главного — с изменения социального облика студенчества, с пролетаризации высшей школы.
Не помещичьи и кулацкие сынки, а дети рабочих и трудовых крестьян должны заполнить академические аудитории. Эти будущие агрономы, подлинные представители народа, не имели возможности получить при царизме даже среднее образование.
Вильямс на опыте собственной нелегкой жизни знал, чего стоило в прежние времена добиться знаний детям неимущих классов. Сейчас, после революции, творческая инициатива народных масс, охваченных небывалой тягой к знанию, привела к рождению новой формы обучения — с конца 1919 года в стране стали возникать рабочие факультеты — рабфаки, где рабочие и крестьяне упорно овладевали основами наук.
Летом 1920 года коммунистическая ячейка Петровки выдвинула предложение об организации рабфака. Это предложение было встречено в штыки реакционной частью профессуры и студенчества. Но оно сразу же получило горячую поддержку со стороны Вильямса, его друга профессора Н. Я. Демьянова, профессора С. А. Зернова и профессора В. А. Михельсона.
Вильямс с первых же шагов возникновения рабфака стал его главным организатором, душой и нервом нового дела.
Ночи напролет сидел он за разработкой единого учебного плана и всех программ по всем предметам. Он увлекал своей энергией и горячностью и Демьянова и других профессоров. Он не обращал никакого внимания на остроты и злобные пророчества по поводу неизбежного провала большевистской «затеи», смеясь над реакционной болтовней о скорой гибели Петровской академии.
«Особенно тесно сблизила меня с Василием Робертовичем, — вспоминал академик Демьянов, — наша совместная работа по организации рабфака. В нетопленном помещении лаборатории Василия Робертовича, часто при очень плохом освещении провели мы много заседаний по разработке учебных планов и программ рабфака; особенную деятельность и энтузиазм в выработке всего учебного плана проявил Василий Робертович. Вспоминаю большие листы, на которых он изобразил учебный план, согласно которому науки должны были (Преподаваться в их естественной логической и, можно сказать, диалектической последовательности. Выработав учебный план и программу, Василий Робертович, я и В. А. Михельсон сами взяли на себя чтение лекций на рабфаке, к этому ядру примкнули затем некоторые другие профессора и преподаватели».
Осенью 1920 года у подъезда главного здания и в коридорах Петровки появились необычные в этих местах люди. Они были одеты в домотканные поддевки, рабочие пиджаки и главным образом в потертые солдатские шинели. Среди головных уборов преобладали буденовки. Эти люди пришли в большинстве своем с фронтов гражданской войны, где они грудью своей защищали родную страну и рабоче-крестьянскую власть.
Вильямс с особой, отеческой любовью встречал красноармейцев.
Младший сын Вильямса Василий был в это время на фронте. Туда со случайной оказией отец отправил сыну только что вышедшую из печати первую часть своего курса «Общего земледелия» и отчеркнул красным карандашом первые строки своего Предисловия, где он говорил о солнце свободы, о его багряном крае, показавшемся уже на горизонте, где он говорил о неминуемых жертвах, которых потребует защита этой впервые обретенной свободы.
Ее защитникам, пришедшим на новый фронт — фронт овладения знаниями, он старался помочь всем, чем только было можно.
— Кто из Красной Армии, — говорил он, — тому у нас место всегда найдется.
Но не так встречали рабфаковцев реакционно настроенные студенты и профессора. Вот что рассказывал об этой встрече один из рабфаковцев первого приема, ставший впоследствии доцентом кафедры неорганической химии в Тимирязевской академии, Ф. П. Платонов: