Что касается дальнейшего пути, то поначалу его собирались вести по южному берегу озера Байкал. Однако впоследствии направление изменили в пользу ветки от Иркутска по левому берегу Ангары до Байкала. Через озеро поезда должны были переправляться на паромах. Окончание сооружения паромной переправы намечалось в 1898 году. Паром-ледокол был заблаговременно приобретен и в разобранном виде привезен в Красноярск; далее его намеревались доставить в Иркутск на лошадях и пароходом по Ангаре к месту назначения.
К постройке паромной переправы готовились как следует: наблюдения за погодными явлениями велись на станции Мысовская, у истока Ангары и на самом озере Байкал. Зимой на льду посередине озера была устроена временная метеорологическая станция. Наблюдения показали, что паромная переправа могла действовать примерно 10 месяцев в году; остальное время поезда самостоятельно могли передвигаться по льду, толщина которого достигала 95 см.
На строительстве Сибирской дороги работали иностранные подданные (более 15 тыс. китайцев и корейцев), заключенные острова Сахалин и Александровской каторги. За примерную работу им обещали скостить срок на треть. С. Ю. Витте спешил как можно быстрее пустить дорогу в эксплуатацию, рассчитывая впоследствии обустроить ее как следует. Сибирская магистраль сооружалась в один путь, земляная насыпь была уже, а толщина балластного слоя меньше, чем в Европейской России. Многие мосты возводились из дерева, на путь укладывались облегченные рельсы — 18-фунтовые вместо распространенных 24-фунтовых193.
Летом — осенью 1896 года министр путей сообщения князь М. И. Хил ков по повелению императора на месте ознакомился с ходом строительных работ. 25 октября того же года им был представлен всеподданнейший доклад о результатах поездки.
Впечатление от хода строительства в целом было благоприятное. Министр не скрыл от монарха своего беспокойства относительно перспектив строительства магистрали в направлении далее Иркутска. На кругобайкальском участке проводились еще лишь изыскательские работы. Их окончание можно было ожидать только к концу 1897 года. «…Что же касается до постройки Кругобайкальской линии, — если таковая признана будет необходимой, — в настоящее время трудно определить срок окончания сооружения ее, ввиду весьма сложных работ, которые придется при этом исполнить», — честно признался министр194.
Крайне медленно продвигалась стройка Уссурийской дороги из-за отсутствия точных карт местности, ошибок проектирования и сложных природно-климатических условий. На некоторых участках дождевыми паводками разрушалось дорожное полотно. Строительные рабочие мучились от цинги и болотной лихорадки; вольнонаемные уходили, не отработав задатков, а на ссыльнокаторжных надежда была плохая. Квартирный вопрос в Уссурийском крае стоял острее, чем где бы то ни было. По решению Комитета Сибирской дороги от 5 июля 1895 года рабочие получали в аренду участки земли вдоль рельсового полотна для возведения жилищ и устройства огородов. Деньги на постройку домов для жилья можно было получить в кредит на условиях его частичного погашения195.
Продвижение дороги вглубь Сибири осложнялось еще и тем, что принадлежности для укладки пути и строительные материалы требовалось подвозить из центра страны и с Урала. К вспомогательным мероприятиям, о которых говорилось выше, помимо заселения, относилось еще развитие пароходного сообщения по рекам Сибири и расширение горнозаводской деятельности на всем протяжении магистрали.
В Иркутской губернии, неподалеку от селения Братский острог на реке Ангаре, уже имелось довольно крупное металлургическое предприятие — Николаевский железоделательный завод. На него возлагались очень большие надежды. М. И. Хилков нашел завод в запущенном состоянии: одна из трех доменных печей была полностью разрушена, другая требовала крупного ремонта и лишь третья могла быть пущена в работу после небольших исправлений. Сталеплавильная печь нуждалась в капитальной переделке, рельсопрокатного стана в наличии вообще не оказалось, а здание завода было до того ветхим, что могло вот-вот рухнуть.