Указ 21 октября об амнистии стачечникам и политическим эмигрантам оппозиция расценила не как жест доброй воли, а как признак слабости правительственной власти, как намерение отсидеться в тихой гавани, пока пройдет революционный шторм, а затем вернуться к прежним методам управления. Тем более что в ближайшие дни правительство выпустило несколько обращений к населению, в которых увещевания перемежались с угрозами применения силы. Угрозы эти, однако, трудно было подкрепить действиями даже строго в рамках действующих законов. Общая растерянность, разноречивые толкования Манифеста и непонимание сути и задач правительственной политики привели к тому, что «силовые структуры» (прежде всего полиция и жандармерия) свернули всякую деятельность. На службу полицейские и жандармы приходили как обычно, но занимались не привычными делами, а обсуждением слухов22. Некоторые офицеры жандармских управлений дошли до того, что принялись за уничтожение «дознаний» по политическим преступлениям. Правительству требовалось срочно восстановить и укрепить аппарат власти на местах, навести порядок в карательно-репрессивных органах. Наконец, и это было для С. Ю. Витте самым главным, необходимо было ввести политический процесс в нормальные, то есть законные, рамки. Этим «обновленное» правительство в основном занималось в первые недели своей работы.
Именной высочайший указ Правительствующему сенату «О мерах к укреплению единства в деятельности Министерств и Главных управлений» был опубликован 19 октября 1905 года23. Он возвестил о больших переменах в системе управления страной — Совет министров стал постоянно действующим органом с особым председателем.
Правительственная власть указом была четко отделена от законодательной: «Совет министров не решает дел, подлежащих ведению Государственной Думы и Государственного совета»24. Все общие меры государственного управления теперь обязательно обсуждались в Совете министров, за исключением дел по императорскому двору, обороне и внешней политике. Но и они могли рассматриваться в Совете, правда, только по постановлению императора.
В российской абсолютной монархии всеми государственными делами управлял непосредственно император. Он заслушивал регулярные всеподданнейшие доклады министров и принимал по ним решения. Какие казусы при этом случались, рассказал в своих воспоминаниях В. И. Ковалевский.
Военный министр П. С. Ванновский однажды представил императору Александру III доклад со следующим предложением: для повышения боеспособности русской армии выделить из казны обильные средства и с их помощью поднять умственный и хозяйственный уровень населения. Прослышав о замечательном проекте коллеги, министр финансов И. А. Вышнеградский быстро сочинил контрдоклад с детальным обоснованием необходимости самой строгой экономии бюджетных средств. Оба документа удостоились высочайшего одобрения. Довольный П. С. Ванновский нанес визит И. А. Вышнеградскому, показал ему свое произведение, прибавив, что «имел счастие удостоиться высочайшего одобрения». Вышнеградский в ответ на это вытащил из стола свой доклад и заявил, что он тоже «имел счастие», и что его счастье, как более позднее, поглощает собою раннее «счастие» Ванновского25.
После 19 октября такое сделалось почти невозможным. Все всеподданнейшие доклады, если они имели общее значение или относились до других ведомств, должны были предварительно представляться в Совет министров. В случае необходимости на докладах императору разрешалось присутствовать председателю правительства. Пункт 17 указа 19 октября гласил: «Если по делам, рассмотренным в Совете министров, не состоялось единогласного заключения, то на дальнейшее направление их председатель совета испрашивает указаний его императорского величества»26.
Высочайший указ 19 октября впоследствии лег в основу пятой главы Основных законов27. 20 октября 1905 года газеты напечатали высочайший рескрипт о назначении графа С. Ю. Витте председателем Совета министров.
Военный министр А. Ф. Редигер вспоминал о том времени: «Граф Витте вступил в должность первого в России премьера при крайне трудных условиях»28. Страх перед стихией революции был настолько силен, что первые, пока еще полуофициальные, заседания обновленного правительства проходили почти что конспиративно.