Владимира Путина заметили в тот период и другие высшие чиновники и в Кремле, и в Белом доме, и в регионах. Но политические наблюдатели тогда еще совсем не замечали его. Никто не считал его политиком, но никто не причислял и к той группе из окружения Ельцина, которая получила в нашей печати наименование «семья». Конечно, Владимир Путин хорошо знал всех членов этой группы и сохранял с ними ровные отношения. Но он не входил в круг этой «семьи» и не стремился к этому. Еще летом 1998 года в условиях все более обострявшегося политического и социального кризиса Борис Ельцин решил заменить руководство ФСБ и, в частности, освободить от должности директора ФСБ генерала Николая Дмитриевича Ковалева, профессионального чекиста, работавшего здесь с 1974 года. Никаких упреков к Ковалеву у Ельцина не было, но его не устраивал, видимо, как авторитет Ковалева у оперативных работников ФСБ, так и неоднократно продемонстрированная независимость суждений.
«Я задумался, — пишет он, — кого ставить вместо Ковалева? Ответ пришел мгновенно: Путина! Во-первых, он немало лет проработал в органах. Во-вторых, прошел огромную управленческую школу. Но, главное, чем дольше я его знал, тем больше убеждался: в этом человеке сочетаются огромная приверженность демократии, рыночным реформам и твердый государственный патриотизм» [68]. И Ельцин назначил Путина директором ФСБ, согласовав этот вопрос с премьером С.В. Кириенко, но не с самим Путиным, который принял назначение без всякого воодушевления.
Передача дел от генерала армии Ковалева прошла вполне буднично, но только в конце августа, после финансовой катастрофы и отставки правительства Кириенко, Борис Николаевич пригласил Владимира Владимировича в Кремль и имел с ним большой разговор. Ельцин предложил Путину вернуться на военную службу и получить генеральское звание. «А зачем? — неожиданно ответил Путин. — Я уволился из органов 20 августа 1991 года. Я гражданский человек. Важно, чтобы силовое ведомство возглавил именно гражданский. Если позволите, останусь полковником запаса» [69].
Осенью 1998 года Владимир Путин провел реорганизацию центрального аппарата ФСБ, которая вызвала не слишком внятную критику в печати. Уволили многих пенсионеров. Но часто это были совсем не старые люди: в органах ФСБ насчитывалось немало людей, которые имели льготную выслугу лет — за год службы им начислялись два года. В число своих заместителей Путин назначил генералов Сергея Иванова, Виктора Черкесова и Николая Патрушева, которых знал давно, еще по разведке или по Ленинграду. Начальником одного из департаментов ФСБ стал генерал Александр Григорьев, также из Санкт-Петербурга. Премьер Е. Примаков этими назначениями был явно раздосадован, но Б. Ельцин перемены в ФСБ утвердил. Работой В. Путина президент был доволен.
Не поссорила Бориса Николаевича и Владимира Владимировича и история с побегом Собчака из Санкт-Петербурга, о которой без больших подробностей рассказал президенту сам Путин уже после того, как Собчак оказался в Париже. Вот что писал об этом эпизоде сам Ельцин в своих мемуарах: «Путин лучше чем кто бы то ни было понимал всю несправедливость происходящего в отношении своего бывшего шефа и политического учителя. Он немедленно выехал в Петербург. Встретился с бригадой врачей, в частности с теперешним министром здравоохранения Шевченко, сказал о том, что попытается вывезти больного Собчака за границу. Благодаря ноябрьским праздникам обстановка в городе была спокойная. Используя свои связи в Петербурге, Путин договорился с частной авиакомпанией и на самолете вывез Собчака в Финляндию. И уже оттуда Анатолий Александрович перебрался в Париж. За Собчаком следили, выполняя инструкцию не выпускать его из города. Но следили не очень бдительно, думали, вряд ли кто-то будет помогать без пяти минут арестанту “Крестов” — в наше-то прагматическое время. Но один такой человек нашелся. Позже, узнав о поступке Путина, я испытал чувство глубокого уважения и благодарности к этому человеку» [70].