Во время революции "Кружок одиннадцати" регулярно собирался на заседания, а для отвода глаз жандармов заседания проходили не в кабинете Штернберга, как обычно, а в лабораторной комнате Кольцова в Институте сравнительной анатомии. Непосредственным результатом заседаний стала написанная и изданная Кольцовым книжка в мягкой обложке "Памяти павших", цель которой отлично раскрывает напечатанное на обложке разъяснение:
"Памяти павших. Жертвы из среды московского студенчества в октябрьские и декабрьские дни. Доход с издания поступает в комитет по оказанию помощи заключенным и амнистированным. Цена 50 коп. Москва. 1906" (11).
В брошюре на 90 страницах были такие разделы как "Избиение студентов казаками...", "Избиение в церкви...", "Убийство-казнь А.Сапожкова в Голутвине...", "Не плачьте над трупами павших борцов!" и были приведены не только фамилии погибших, описаны обстоятельства гибели, но и выдержки из газет, черносотенные призывы, исходившие из правительственных кругов и от близких к правительству и царствующему двору людей, и даже речь самого царя, в которой он благодарил убийц студентов за то, что "крамола в Москве была сломлена". Были названы по именам многие из убийц, например "железнодорожный весовщик Кашин, который по показаниям свидетелей возбуждал толпу к убийству. Это тот самый Кашин, который вместе с графом Бобринским, Грингмутом и пр. ездил в Царское Село представляться Государю, был принят и выслушал милостивые царские слова" (12). Книга была вызывающе направлена против именно черносотенного мышления и действий правительства России. Немудрено, что правительство распорядилось книгу конфисковать.
Случившееся было доведено до директора Института сравнительной анатомии М.А.Мензбира. Последний придерживался ровно противоположных взглядов, был горой за сохранение спокойствия и порядка в стране, не случайно он был введен в совет университета. Узнав, что в его институте Кольцов устраивал противоправительственные сходки, Мензбир, человек вообще-то импульсивный, взбеленился. От Кольцова потребовали освободить с 1 сентября 1906 года занимаемый им кабинет, затем запретили заведование библиотекой, затем "сдержанный и замкнутый" Кольцов написал откровенное (а, если посмотреть с другой стороны, вызывающее) письмо учителю и начальнику с призывом принять его точку зрения в общественной жизни и вообще обращать основное внимание на научную деятельность, раз уж они ученые:
"Мне бы хотелось, многоуважаемый Михаил Александрович, чтобы Вы, прежде чем реагировать так или иначе на настоящее письмо, вспомнили, что было время, когда Вы с известным уважением относились к моим научным работам, видели во мне своего ученика. Ведь как бы ни сложились наши общественные и политические убеждения, я думаю, все-таки и в Вашей и в моей жизни самое ценное -- это наши отношения к науке, и самое большее, что мы способны произвести, -- это работать научно собственными руками и руками своих учеников" (13).
Ответом было безусловное запрещение работы в лаборатории Института. Разногласия с Мензбиром достигли крайнего предела.
Мензбир решил отнять у него место в лаборатории, Николай Константинович в ответ попросил оставить ему хотя бы одну комнату -- совершенно пустое место, куда собирался купить из своих скудных средств микроскоп и другие приборы. Работа для него была важнее еды и прочих удобств жизни. В категорических тонах ему было в этом отказано. Тогда он решил обратиться к руководству университета с аналогичной просьбой. Отказ последовал незамедлительно. Мензбир в это время уже числился не только директором Института, заведующим кафедрой, но и помощником ректора и членом президиума университета. Кольцов в беседе с ректором услышал, что все отказы связаны не просто с его неблагонадежностью, но и с тем, что какой-то из профессоров университета, хорошо его знающий много лет, свидетельствовал против него и сообщал о нем неблагоприятные сведения. Кто этот профессор, догадаться было нетрудно. Правда, при всем остракизме порядков в те ненавистные демократам царские времена, в Сибирь Кольцова не сослали и даже читать лекции он еще мог, но за них платили довольно маленькие деньги, он ведь был не штатным доцентом, а приват-доцентом, то есть получал лишь почасовую оплату. Экспериментальная работа -- то, что составляло для него главный смысл в жизни, начиная с 1909/1910 учебного года, оказалась под запретом. За "дурное поведение" ему даже не выделили средств на поездку на Неаполитанскую станцию, хотя другие сотрудники при схожих обстоятельствах получали финансовую поддержку без труда. Кольцов потребовал, чтобы над ним совершили официальный, открытый суд, в котором бы судебные органы указали статью закона, делающую невозможной для него научную деятельность. Суда такого никто, конечно, проводить не собир� Однако не в характере Кольцова было посыпать голову пеплом и идти просить прощения за убеждения. Ни к какому конформизму Кольцов не только не склонялся, но ни на йоту от своих убеждений отходить не собирался. Не в одной цитологии вводил он "принципы Кольцова", он и в личной жизни принципами не поступался. Он стал искать новое место работы. Еще в 1903 г. он приступил к чтению курса "Организация клетки" в новом учебном заведении, созданном в Москве -- на Высших Женских Курсах профессора В.И.Герье, существовавших на частные пожертвования и на средства, вносимые студентками за обучение. Когда в императорском университете пошли споры и разборки, он перешел полностью на эти курсы. Они пользовались огромным авторитетом, и от слушательниц отбоя не было. Блестящего лектора Кольцова студентки высоко ценили. Затем известный деятель на ниве благотворительности, золотопромышленник А.Л.Шанявский собрал пожертвования от богатых людей, внес свою львиную долю, и в Москве был открыт Московский городской народный университет, который чаще называли Частный университет Шанявского. С 28 апреля 1909 года Кольцов перебазировался в этот университет, где создал заново лабораторию, и тут же его прежние ученики потянулись к нему из императорского университета (М.М.Завадовский, А.С.Серебровский, С.Н.Скадовский, Г.В.Эпштейн, Г.И.Роскин, П.И.Живаго, И.Г.Коган и другие).