Поэтому не было ничего удивительного в том, что в 1915 году Петербургская Академия наук пригласила Кольцова переехать в северную столицу, где для него собирались создать новую огромную биологическую лабораторию и избрать его соответственно академиком. Кольцов и здесь проявил свою принципиальность, уезжать из Москвы отказался и вынужден был довольствоваться званием члена-корреспондента Академии наук.
В это время он уже был вовлечен в активность по созданию на деньги меценатов серии научно-исследовательских институтов. Леденцов, Шанявский, книгоиздатель Маркс и другие сложились, и предоставили финансовую основу для организации независимых от государственных структур новых институтов. Был таким образом создан в Москве летом 1917 года Институт экспериментальной биологии (ИЭБ), открывшийся за несколько месяцев до того, как большевики совершили государственный переворот. Кольцов спланировал ИЭБ, продумал его детали и возглавил.
Обдумывая принципы создания института, Николай Константинович исходил из идеи, что в его институте должно быть немного работников, но каждый сотрудник должен быть уникальным специалистом, случайных и полубесполезных людей не должно быть вовсе. Каждый должен быть на уровне современной науки, каждый быть центром кристаллизации пионерских идей. Для проведения исследований в природных условиях была использована маленькая экспериментальная станция под Москвой, в Звенигороде, потом в 1919 году около деревни Аниково была создана станция по генетике сельскохозяйственных животных, а институт вначале располагался всего в нескольких комнатах в здании на Сивцевом Вражке и лишь с 1925 года было получено красивое, но отнюдь не поражавшее размерами здание в маленькой улочке Воронцово поле (позже улица Обуха) в старой части Москвы (теперь в этом особняке, отнятом в конце концов советской властью у института, расположено посольство Индии).
Кольцов среди заговорщиков против большевиков
Первые же действия советского правительства отвратили от себя тех лучших людей России, которые не на словах, не в тиши столовых за вечерним разговором, а рискуя всем своим состоянием, именем и даже самим существованием боролись против тупых проявлений жандармского отношения к человеческой личности, кто не боялся открыто признать, что не уважает царское правление и кто требовал введения демократических реформ. Мы видели, что Кольцов был среди этих людей, что он пошел даже на то, чтобы остаться со степенью магистра и не защищать докторскую диссертацию по работе полностью законченной и написанной, чем закрывал себе большинство дорог в официальной жизни. Он не жалел о потерянном и вел себя как рыцарь чести.
И вот пришла революция, несшая на своих знаменах лозунги того миропорядка, который был символом веры для людей типа Кольцова. Но лозунги большевиков оказались демагогическими игрушками, а практика показала, что эти лозунги для них ничего не стоят, что они вероломно порывают со всеми демократами, хоть национального, хоть универсального свойства. Ни социал-революционеры (эсеры), ни социал-демократы (эсдеки), ни конституционные демократы (кадеты), ни другие демократически мыслящие люди им не только оказались не нужны, но рвавшиеся к монополизму большевики начали их преследовать. Органы печати демократов были запрещены сразу, их организации оказались в числе тех, против которых была направлена активность чекистов. В первые же дни после революции на квартире Плеханова был проведен обыск, а самого учителя Ленина и признанного лидера свободомыслия России поместили под домашний арест, многих ярких представителей других революционных организаций арестовывали, убивали, высылали из страны. Инакомыслие (иными словами -- демократический выбор) было внесено в разряд государственных преступлений.
Стоит ли удивляться, что эти еще совсем недавно передовые люди, относимые теперь большевиками к врагам нового порядка, стали всерьез думать, как освободить страну от засилия безумных робеспьеров и кровожадных маратов. Якобинские замашки большевиков напугали все общество и прежде всего тех, кто не боялся бороться против царизма, рассматриваемого ими душителем свободы, но который и отдаленно не напоминал по жестокости большевистских правителей. В стране возникло много групп людей, искавших пути освобождения России от владычества большевиков, групп, собиравшихся посильными и законными путями бороться с захватчиками власти в стране.