" Доцент Лобашев, -- писали авторы статьи, -- недавно принятый в кандидаты партии, на заседании Ученого Совета изрек: "Все, что сделали Мичурин и Лысенко, то, что вы (то-есть его последователи) делаете, для меня неубедительно. Вот вы переделайте красные глаза в белые, тогда я вам поверю"" (82).
Заключение статьи гласило:
"... партийные руководители университета забыли простую истину, что ни одна идея не падает сама, ее надо сбросить, "развенчать", если она не имеет права на существование, на развитие" (83).
Косяком пошли статьи в многотиражке "Ленинградский университет". Почти в каждом номере партийцы публиковали материалы, в которых клеймили Карпеченко за то, что он "не перестроился", "фактически остался на тех же позициях", "продолжает заниматься схоластикой морганизма-менделизма". 13 декабря 1940 года 13 студенток и один студент 3-го курса биофака опубликовали "Письмо в редакцию о преподавании курса генетики" (84), в котором обвинили профессора Карпеченко в замалчивании "замечательного мичуринского учения и работ передового советского ученого Лысенко", заявили, что на объяснение "такого важного и дискуссионного вопроса как внутрисортовое скрещивание он отводит буквально 2 минуты... в то время как работы сторонников формальной генетики излагаются подробно, на все лады излагается учение о гене". Под письмом студенток был помещен длинный материал "От редакции", в котором критика была жестче, а обвинения решительнее, со ссылками на Сталина. Гнетущее впечатление на Георгия Дмитриевича произвело письмо пяти профессоров биофака, в котором коллеги просили Карпеченко "ради спасения факультета" перестроить курс. Как писал Д.В.Лебедев, они предлагали "изменить убеждения и предать науку, которой была отдана жизнь. Этого он не мог сделать" (85).
И все-таки, несмотря на нападки, Карпеченко и все сотрудники кафедры оставались на свободе и продолжали работать в университете более полугода после ареста Вавилова. Как выяснил Лебедев, первым изучивший следственное дело Карпеченко в 1993 году, НКВД давно плело интриги против него. Оказывается, еще 29 сентября 1937 года в казематах НКВД был составлен документ, который согласился подписать арестованный ученый секретарь ВИР'а Н.С.Переверзев. В нем утверждалось, что Карпеченко якобы давно занимался антисоветской деятельностью и с преступными целями вредил СССР в сельском хозяйстве. Однако этих показаний в тот момент оказалось недостаточно для ареста. Переверзев был в 1937 году расстрелян, а Карпеченко оставался на свободе еще несколько лет. За решеткой он оказался лишь после того, как Вавилов дал показания против него. Суть их как раз и заключалась в том, что Карпеченко не просто был теоретиком, потому что ему нравилась теоретическая деятельность, а что он нарочито уходил от практической работы, чтобы страна не получила новых сортов, так стране нужных. В этом состояло, по записанному в показаниях Вавилова заявлению, намеренное, настоящее и изощренное вредительство.
14 февраля 1941 года Хват подписал постановление на арест (его утвердил В.Н.Меркулов), в котором было сказано, что Карпеченко "изобличен как активный участник антисоветской вредительской организации показаниями Н.И.Вавилова, сделанными 5 ноября 1940 г., показаниями Н.С.Переверзева от 29 сентября 1937 г. и комиссией ВАСХНИЛ под председательством А.К.Зубарева, обследовавшей ВИР по распоряжению Лысенко (акт комиссии от 19 октября 1940 г.)" (86). Затем было сказано, что "Карпеченко Г.Д. материалами УНКВД по Ленинградской области изобличен как участник а-с [антисоветской] группировки", и что он "под руководством Н.И.Вавилова вел открытую борьбу против передовых методов научно-исследовательской работы и ценнейших достижений акад. Лысенко по получению высоких урожаев" (87). Инкриминировали ему также шпионаж в пользу иностранных государств.
Следующей ночью, 15 февраля 1941 года, Карпеченко арестовали (о событиях той ночи было рассказано в опубликованных в США замечательных очерках "Счастливец Карпеченко" /88/, принадлежащих перу врача и писателя Анатолия Леонидовича Шварца, приложившего огромные усилия по исследованию судьбы Карпеченко). Часть сотрудников его лаборатории в ВИР тут же уволили (А.Н.Лутков, О.Н.Сорокина), часть перевели в другие лаборатории и институты. Принесшая мировую славу России лаборатория прекратила свое существование. В университете кресло заведующего кафедрой генетики и селекции растений захватила Б.Г.Поташникова, весь состав кафедры, существовавшей при Карпеченко, расформировали.
После ознакомления с материалами заведенного на него дела Георгий Дмитриевич сразу понял, что Вавилов решил согласиться с обвинениями об участии во вредительстве, чтобы облегчить страдания при допросах.