Поняв безвыходность положения, командовавший пехотой Помпея в Милах и Навлохе Тиснен вступил в переговоры с Октавианом и сдался. Вслед за этим сдалась и конница Помпея.
Помпею удалось с несколькими кораблями бежать из Навлоха в Мессену, и он начал грузить на корабли все самое ценное и необходимое — все это было у него уже на всякий случай подготовлено. Готовясь к бегству из Мессены, Помпей вызвал к себе из Лилибея армию Плиния. Трудно сказать, рассчитывал ли он за счет сопротивления войск Плиния лучше подготовиться к бегству или намеревался взять с собой часть этих войск. Плиний, получив приказ Помпея, поспешил в Мессену, но Помпей, видя, что гарнизоны его городов один за другим сдаются противнику, и опасаясь, что флот Октавиана перекроет ему пути спасения, не дождавшись Плиния, бежал к берегам Малой Азии. Сначала он собирался сдаться Марку Антонию, но, обосновавшись в городе Митилене на острове Лесбос в Эгейском море, начал пиратствовать и энергично строил новый флот. Вскоре, узнав, что Марк Антоний потерпел поражение от парфян, Секст Помпей высадился в Азии, где сумел разгромить войска Фурния — наместника Марка Антония в провинции Азия, а потом захватить города Никею и Никомедию, но большего достичь он уже не смог — Марк Антоний послал против сухопутных сил Помпея большую армию во главе со своим легатом Титием. Секст Помпей был разгромлен, схвачен и в 35 году до нашей эры казнен по приказу Тития в малоазийском городе Милете. Семья Секста Помпея, доставившего триумвирам столько хлопот, не пострадала. В дальнейшем его сын, которого, как и отца, также звали Секст Помпей, сделал успешную карьеру и в год смерти Октавиана был одним из консулов.
После бегства Помпея Плиний, прибыв по приказу Секста Помпея в Мессену и узнав, что Помпей уже покинул Сицилию, занял город и укрепился. Октавиан приказал Агриппе осадить Мессену. Когда Агриппа подошел к Мессене, Плиний предложил ему начать переговоры. Агриппа попросил подождать до утра, когда прибудет сам Октавиан, но в это время к Мессене подошел и начал переговоры с Плинием Марк Лепид. Лепиду чрезвычайно важным казалось привлечь на свою сторону войска Плиния, и чтобы добиться этого, он предложил, чтобы войска Плиния совместно с остальными войсками приняли участие в разграблении города. Когда Плиний узнал, что вместо спасения жизни, о которой просили он и его воины, им предоставляют еще и возможность поживиться, то, не раздумывая, сразу же перешел на сторону Лепида, после чего всю ночь войска Плиния и Лепида «предавались грабежу».
С переходом к нему Плиния в распоряжении Лепида оказалось в общей сложности 22 легиона и немало кавалерии. Пользуясь этим, Лепид попытался возвратить себе положение равного с Октавианом триумвира, потребовав Сицилию себе. Лепид отправил отряды занять важнейшие горные проходы и разослал приказ во все свои гарнизоны не впускать войска Октавиана.
Октавиан же не собирался уступать то, чего добивался вот уже несколько лет и что было добыто в основном его усилиями. И лично, и через друзей Октавиан упрекал Лепида в том, что тот прибыл в Сицилию в качестве союзника, а не с тем, чтобы завладеть ею, а Лепид, в свою очередь, упрекал Октавиана в том, что тот лишил его прежнего положения, и предлагал вернуть Октавиану и Африку, и Сицилию, если тот вернет ему его прежние провинции. Переговоры Октавиана с Лепидом ничего не дали, и дело шло к войне. Но Октавиан сумел решить все без кровопролития. Через тайных посланцев он, пользуясь беспечностью Лепида, сумел склонить на свою сторону его солдат обещанием подарков, а бывших солдат Помпея угрозами, утверждая, что их положение будет крайне непрочным, если они будут противиться ему. Подготовив все необходимое, Октавиан неожиданно прибыл в лагерь Лепида, и солдаты приветствовали его как императора. Выскочивший из палатки Лепид, увидев это, приказал своим солдатам напасть на Октавиана. Некоторые из солдат послушались и ринулись в бой. В схватке пал один из оруженосцев Октавиана, а сам Октавиан получил удар копьем по панцирю. Но сторонников Лепида оттеснили, а затем одно подразделение за другим стали переходить к Октавиану. Лепид угрожал уходившим, удерживал их знамена, но его войска таяли. Оставшийся без армии Лепид был вынужден униженно просить прощения. Октавиан сохранил ему жизнь, но лишил его триумвирских полномочий, забрав себе подвластные ранее Лепиду территории. За Лепидом был сохранен титул великого понтифика (главного жреца), но политическое влияние и реальную власть он потерял навсегда.