Ослабевший от боли и потери крови, Вагнер плохо прицелился и своим выстрелом только ранил рыжего верзилу в грудь, тогда как Битнер ответным выстрелом прострелил обидчику голову. Примеру Вагнера рискнул последовать штурман Майер; пока шла перестрелка, он перекатился на спину и смог достать из кобуры свое оружие. Вороненый ствол «Вальтера» уперся в голову зажавшего рану рукой Битнера, но выстрела не последовало, в спешке Майер забыл снять оружие с предохранителя. Эти секунды оказались роковыми для всех обитателей рубки. Опомнившись от испуга, в дело вступили матросы, пришедшие с Фитхе, открыв пальбу из своих карабинов по Майеру, а заодно по всем тем, кто находился на полу.
Так мятежники уничтожили всех офицеров линкора, за исключением командиров кормовых башен «Байера» и инженеров машинных отсеков. На устранение этих помех ушло чуть более пятнадцати минут. Раненый в перестрелке Битнер, принял командование бунтом на себя и отправил десять человек на захват камер подач снарядов в кормовые башни и одновременно обратился по переговорному устройству к механикам, приказывая своим товарищам по союзу арестовать офицеров. Вслед за этим, на палубу был послан матрос, торопливо спустивший флаг Второго рейха и спустя некоторое время подняв на флагшток белое полотнище.
Подобного случая, когда поврежденный, но вполне боеспособный линкор империи капитулировал перед врагом, еще не было за всю историю имперского флота. Русские корабли некоторое время не спешили приблизиться к «Байеру» подозревая в выброшенном белом флаге, хитрую ловушку врага, но затем приблизились и отправили на сдавшийся корабль смотровые шлюпки. Они беспрепятственно поднялись на линкор и взяли его под полный контроль. Немецкие моряки не оказывали какого-либо серьезного сопротивления. Все четко и охотно выполняли приказы победителей, совершенно не помышляя о сопротивлении.
Очень дорожа своим трофеем, Беренс перегнал захваченный «Байер» сначала в Либаву, а затем ночью отправил в Ревель, полностью заменив корабельную команду. Такого триумфального возвращение адмирала из похода никто не ожидал. Пресса немедленно провозгласила Беренса «русским Нельсоном», что отнюдь не улучшила его отношения с командующим Балтфлотом. За столь удачный рейд, Корнилов наградил Беренса орденом Владимира I степени и предложил вице-адмиралу начать создание специального отряда морских торпедоносцев.
Сдача в плен одного из лучших линкоров имперского флота, в Германии была расценена как национальная трагедия. Стремясь сохранить лицо, подручные доктора Фриче всячески замалчивали факты мятежа на борту линкора, заменяя его историями героического но, увы, трагического для боя, в результате которого израненный корабль был захвачен высадившимися на его беззащитный борт русскими. Однако эта ложь была немедленно опровергнута русскими, опубликовавшими фото захваченного линкора с соответствующими комментариями.
В это время в Ставке Верховного решался вопрос о судьбе Кенигсберга. Вызванный к прямому проводу генерал Кутепов не горел особым желанием брать его штурмом, ссылаясь на большие потери среди личного состава армии и его усталость. Подобная позиция командующего Северным фронтом получила резкий отпор со стороны Духонина. По мнению начштаба Ставки, Кенигсберг необходимо было брать как можно быстрее, дабы бросить все освободившиеся силы 1 и 2 армий на берлинское направление.
Итогом этих переговоров стала отставка Кутепова с поста комфронта и назначение командармом 2 армии, чьи силы вышли к дельте Вислы. Вместе с этим, Ставка упразднила Северный фронт, выделив для штурма Кенигсберга особую оперативную группу под командованием генерал-лейтенанта Евгения Миллера. Ему для взятия столицы Пруссии были отданы 1 и 12 армии, с передачей из резерва Ставки осадной артдивизион тяжелых орудий.
Действуя столь энергичными мерами, Духонин наглядно демонстрировал генералам, что не потерпит никакого тихого саботажа или простого несогласия с генеральными идеями Ставки. Обиженный этим решением Кутепов сдал свой пост Миллеру 23 октября и отправился к своему новому месту службы.
Обрадованный поддержкой со стороны Ставки, Миллер рьяно приступил к решению вопроса. Не дожидаясь прибытия осадных орудий; генерал начал формировать в частях, специальные штурмовые группы, на плечи которых должна была лечь вся тяжесть первого удара по кенигсбергским укреплениям. Весь личный состав этих групп предполагалось оснастить автоматами Федорова, гранатами, ручными пулеметами, а так же ранцевыми огнеметами. Согласно замыслу генерала, они должны были взломать немецкую оборону и ворваться в город, впереди наступающих частей.