На патриаршем троне сидел митрополит Казанский Гермоген, только что единодушно избранный первым лицом Православной Церкви Священным собором. Был Гермоген ровесником Ивана Грозного: в год его избрания ему исполнилось семьдесят пять. Будучи, как говорили знавшие его священники, «словечен и хитроречив, но не сладкогласен, а нравом груб и прекрут в словесах и воззрениях», Гермоген прославился не только ожесточённой борьбой за души язычников, но и тем, что его прямоты побаивались русские цари. Во всяком случае, Борис Годунов, созывая Земский собор для избрания его царём, Гермогена пригласить «забыл». Гермоген был единственным из митрополитов, кто открыто осудил брак Димитрия с католичкой.
Сейчас, пронзительно глядя на бояр так, что те начали смущённо отводить глаза и даже креститься, Гермоген резким пронзительным голосом произнёс:
— Раньше надо было думать, что делать. Коли послушались бы меня и, объединившись, не допустили католичку к престолу, не было бы сейчас этой смуты.
Он презрительно глянул на Шуйского, которого явно недолюбливал за его двоедушие и корысть, однако поддерживал, как законного правителя.
Прямо отвечая на заданный Шуйским вопрос, Гермоген сказал:
— Уже писаны мною и разосланы грамоты по всем церквам, чтоб знакомили верующих, что на престоле был истинно расстрига и злодей, продавший душу дьяволу. Говорится также о погребении в Архангельском соборе великомученика царевича Димитрия Ивановича. Но словесы живые лучше писаных. Потому считаю, что настала пора Нагим публично искупить свой грех, что приняли на себя, признав самозванца истинным царевичем. Пусть один из братьев, а лучше если с инокиней Марфой, отправится туда, на юг, и расскажет людям о своём великом прегрешении. И пора снова открыть всем страждущим доступ к погребальнице царевича: пусть слава о чудесах исцеления, им творимых, разойдётся по всея Руси.
Он помолчал и, видимо вспомнив боевой опыт своей юности, вновь обратился к Шуйскому:
— А тебе, государь, мой совет — не распускай войско, что собрал самозванец для войны с турками. Оно тебе ещё понадобится.
«И немного спустя почал и мятеж быта в северских градех и у в украинских, и стали говорити, что жив царь Дмитрей, утёк, что был Рострига, не убили его. И с тех мест стали многие называтца воры царевичем Дмитреем за грехи наши всех православных християн. И назывался некоторый детина именем Ильюшка, послужилец Елагиных детей боярских, нижгородец, а назвался Пётр-царевич, сын царя Фёдора Ивановича, а жил в Путивле и многие крови пролил бояр, и дворян, и детей боярских лутчих, и всяких людей побил без числа».
Пискарёвский летописец.
Уже в июле 1606 года Москва превратилась в военный лагерь. После очередного волнения на посадах, кончившегося взрывом главного порохового погреба, Шуйский приказал поднять все мосты, ведущие в Кремль, и выкатить на крепостные стены пушки.
Государь становился всё более подозрительным. Разослав по городам всех вельмож, которые, по его мнению, мутили москвичей, Шуйский вспомнил о злополучном Симеоне Бекбулатовиче. При самозванце Симеон был пострижен в монахи и жил в Кирилло-Белозерском монастыре под именем Стефана. Теперь по приказу Шуйского слепого, дряхлого старца Стефана отправили ещё дальше — на Соловки.
Недоверие государя почувствовал и Маржере. Он и его гвардейцы больше не допускались в царские покои, им поручалось лишь сопровождать царя во время торжественных выездов. Что ж, причина для охлаждения к иноземным воинам у Шуйского была основательная. Когда царское посольство отправлялось в Польшу, он разрешил отпустить на родину мелкопоместных шляхтичей. Мало что зная, они не могли своей болтовнёй принести ущерб царскому двору в глазах короля. Разрешено было покинуть Москву и прочим иноземцам — купцам, ремесленникам. Причём купцы, приехавшие на свадьбу Димитрия с Мариной, чтобы поживиться, уезжали и без денег, и без товара. Тут уж постарались приставы Шуйского. Часть гвардейцев во главе с капитаном Кнаустоном заявила о своём желании покинуть двор, так и не дождавшись обещанного вознаграждения от государя. Василий Иванович вынужден был их отпустить, а затем поползли слухи, будто кое-кого из ландскнехтов видели в Путивле в войске повстанцев.
Донесения воевод с юга России становились всё более тревожными: один город за другим объявляли о непризнании царём Шуйского: Моравск, Новгород-Северский, Стародуб, Дивны, Кромы, Белгород, Оскол, Елец.
Провалилась затея Гермогена с поездкой Нагих в Елец, бывший центром мятежа при первом самозванце. Поехал один Григорий Нагой с грамотой сестры, инокини Марфы. Однако покаяние его было принято ельчанами с насмешкой — они не верили ни рассказу Нагого о том, что они были обмануты кознями дьявола, не верили и в святые мощи убиенного Димитрия Ивановича, якобы творящие чудеса. Нагой был с позором изгнан из города.