На необходимость поддержания постоянных и прочных контактов с местными партийными органами указывалось и в приказах начальников Особого отдела ВЧК, Так, в приказе Особого отдела ВЧК от 19 марта 1920 года, подписанном В. Р. Менжинским, особым отделам предписывалось работать в полном контакте с местными комитетами РКП(б), опираться на их авторитет, черпать в них силы и информировать их руководителей о своей работе.
Большое значение в партийных решениях придавалось укреплению связи особых отделов с трудящимися. В письме ЦК РКП(б) ко всем партийным организациям (август 1918 года) говорилось, что есть только один способ смести с лица земли внутренних врагов Советской власти и отбросить врагов внешних — это до самых низов поднять массы трудящихся, которым снова грозит порабощение.
Исходя из этого общего положения, ЦК РКП(б) обязал всех партийных работников сообщать в Особый отдел ВЧК о фактах измены, дезертирства и шпионажа.
Руководство КПСС работой особых отделов всегда являлось и является главным условием успешного решения стоящих перед ними задач.
Одним из первых серьезных дел Особого отдела ВЧК было раскрытие и ликвидация белогвардейского заговора в Полевом штабе Республики. В числе заговорщиков были начальник разведывательного отделения Полевого штаба, порученец при главкоме и другие. Все эти лица в прошлом являлись офицерами царской армии. Заговорщики собирались установить связи со штабами Деникина и Колчака, захватить аппарат управления Полевого штаба и, опираясь на армию, свергнуть Советскую власть.
Наряду с разоблачением заговора в Полевом штабе Красной Армии особые отделы провели ряд серьезных операций по обезвреживанию шпионов, заговорщиков и предателей в частях Красной Армии, сражающихся на фронтах с Юденичем, Колчаком и Деникиным, а также дислоцирующихся в тыловых районах страны. Так, была пресечена подрывная деятельность белогвардейцев и иностранных разведок в районе 7-й армии, оборонявшей Петроград от Юденича. Центральной контрреволюционной организацией здесь было петроградское отделение «Национального центра», которое имело свои звенья в других районах страны.
Через контрреволюционную организацию штаб Юденича получал весьма важные сведения о наших частях. Изучение действий противника — выбор им направления движения, маневрирование по фронту и расстановке, сил — показывало, что он хорошо осведомлен о дислокации, численности и вооружении наших войск. В период нашего наступления на фронте, когда осуществлялась перевозка подкрепления, диверсантами были взорваны несколько важных в стратегическом отношении мостов на железнодорожной линии Москва — Петроград. Появились случаи перехода на сторону врага отдельных красноармейцев и командиров. В ночь на 29 мая 1919 года контрреволюционные офицеры 3-го стрелкового полка 1-й Петроградской бригады спровоцировали солдат на бунт и переход на сторону врага. Преданных Советской власти комиссаров и командиров расстреляли. Примерно в это же время к белым перешел 1-й Ревельский эстонский полк.
27 мая В. И. Ленин направляет в Петроград И. В. Сталину, бывшему в то время ответственным за оборону города, телеграмму. В ней указывалось, что белогвардейское наступление на Петроград заставляет предполагать наличие в тылу 7-й армии, а может быть и на самом фронте, заговора. Владимир Ильич требовал принять экстренные меры.
Особые отделы 7-й армии и частей Петроградского гарнизона совместно с Петроградской ЧК вскоре обезвредили в районе города несколько шпионских и других контрреволюционных гнезд. Этому событию предшествовал такой факт. В первых числах июля 1919 года на лужском направлении красноармейцы, стоявшие в дозоре, заметили человека в солдатской шинели, но без винтовки, пробиравшегося с тыла наших частей к линии фронта. Поведение его вызвало подозрение. Дозорные окликнули незнакомца. Он на мгновение остановился, что-то крикнул бойцам и продолжал путь. Красноармейцы окликнули его еще раз и изготовились к стрельбе. Незнакомец ускорил шаг, затем неожиданно сделал большой прыжок в сторону и стал стрелять по дозорным. В перестрелке он был убит.