В отношении работы особых отделов по разложению банд изнутри показательна деятельность особого отдела по ликвидации большой группы банд в Тамбовской губернии. В одном из районов губернии была создана ложная бандитская группа во главе с работником особого отдела Белугиным. Он наладил связь с главарями банд и признанным их вожаком головорезом Матюхиным. Исподволь главарям банд внушается мысль о необходимости собраться и договориться о совместных действиях. Белугину это удается. Спустя некоторое время он получает приглашение на тайное сборище. Вблизи от места предстоящего сборища устраивается засада из небольшого (полуэскадрон) отряда кавалеристов. Сигналом для конников должен послужить выстрел Белугина.
Изба заполнилась главарями. Некоторые приехали с телохранителями, оставив их у входа и окон. Совещание начинается. Белугин мгновенно выхватывает оружие, убивает наповал Матюхина и в поднявшейся суматохе выскакивает в окно. Подоспевшие конники завершают операцию.
Лишенные предводителей, банды просуществовали недолго. Белугин был награжден высшей правительственной наградой того времени — орденом боевого Красного Знамени. М. Н. Тухачевский и Г. И. Котовский письменно поздравили Василия Георгиевича Белугина с высокой наградой.
Это была далеко не единственная награда военным чекистам за активное участие в борьбе с бандитизмом. В апреле 1922 года, например, Революционный военный совет войск Харьковского военного округа наградил особый отдел округа Почетным революционным Красным знаменем за самоотверженную борьбу военных чекистов с остатками петлюровских и махновских банд, с белогвардейским и кулацким политическим бандитизмом.
Огромный вред Красной Армии наносило дезертирство. Оно уменьшало ее численность, усиливало кулацкие банды, деморализующе действовало на неустойчивых в идейном и моральном отношении красноармейцев. Все это требовало эффективной борьбы с дезертирством.
Вопрос о дезертирстве неоднократно рассматривался в Совете Обороны Республики. В соответствии с постановлениями Совета от 25 декабря 1918 года и 3 июня 1919 года были образованы Центральная временная комиссия по борьбе с дезертирством, а также полевые комиссии при реввоенсоветах фронтов, армий и штабах дивизий. Главный упор делался на воспитательную работу.
В частях и соединениях, на сборных пунктах мобилизованных, в эшелонах, направляемых на фронт, и среди населения проводилась разъяснительная работа. Устанавливались недели добровольной явки, освобождающей дезертиров от ответственности. Вместе с тем злостные дезертиры и их укрыватели привлекались к строгой ответственности, вплоть до суда революционного трибунала. В отношении их принимались строгие меры. Так, 2 июля 1919 года Совет Обороны поручил Реввоенсовету и ВЧК представить через неделю доклад о враждебных действиях дезертиров. 11 июля 1919 года по докладу Ф. Э. Дзержинского было принято Постановление Совета Обороны, намечающее ряд мер по борьбе со злостным дезертирством, в частности увеличение войск ВЧК.
Особые отделы входили в состав комиссий по борьбе с дезертирством. Армейская общественность и население содействовали особым отделам, командованию и политорганам. Вокруг дезертиров создавалась атмосфера всеобщего презрения.
В результате общих усилий партийных, государственных, гражданских и военных органов, включая особые отделы, добровольно явилось, а также было выявлено и задержано к 1919 году большое число дезертиров. Многие из них возвратились в строй.
Большой вред Красной Армии наносило уклонение от мобилизации ряда специалистов, в которых красноармейские части, особенно сражающиеся на фронтах, испытывали острую нехватку. Так, например, в тылу отсиживались некоторые врачи, фармацевты и другие медицинские работники. Армия нуждалась в инженерах и техниках по ремонту вооружения и боевой техники, ветеринарах, специалистах по организации снабжения войск и т. д. Для того чтобы избежать мобилизации в армию, эти люди прибегали к разного рода предлогам и ухищрениям, ссылались на мнимые болезни и физические недуги.