Создаются системы новых разведывательных органов, реорганизуются старые и возникают новые разведывательно-диверсионные школы. Только особый отдел Калининского фронта в течение 1942 года арестовал 96 агентов, окончивших разведывательные школы в Катыне, Смоленске, Валге, Сулясовски, Вана-Нурси, на Мызе Кумне, в Вене, Вихуле, Кейле и других местах. Всего в тот период на советско-германском фронте действовало, как выяснилось позднее, более 130 разведывательных органов противника и около 60 специальных школ по подготовке шпионов-диверсантов и террористов.
Все эти школы за год выпускали до 10 тысяч человек. Это позволило немецким разведывательным службам уже в 1942 году по сравнению с 1941 годом увеличить более чем в два раза заброску на советскую территорию разведчиков, террористов и диверсантов.
По-прежнему значительное количество агентов направлялось в зону боевых действий. Подавляющее большинство из них засылалось на направления главных ударов немецко-фашистских войск. Вместе с тем масса агентов забрасывалась в глубокий тыл Красной Армии, в места формирования ее частей, подготовки командных кадров, районы нахождения учетно-мобилизационных органов. Шпионы перебрасывались на нашу сторону как поодиночке, так и группами, малыми и большими.
В январе 1942 года радиостанции слежения зафиксировали новую линию радиосвязи между двумя подцентрами немецкой разведки. Наблюдение показало, что одна из точек переместилась на территорию, занятую нашими войсками.
Чекистам удалось раскрыть шифр, применявшийся при радиообмене. На место выехала оперативно-розыскная группа, в состав которой входили пеленгаторы, дешифровальщик и оперативные работники. 7 марта 1942 года в районе боевых действий 61-й армии Западного фронта, в деревне Тростнянки, была задержана группа агентов германской военной разведки в количестве 22 человек. Разведывательная группа почти в течение месяца находилась вблизи фронта и действовала под видом подразделения наших войск. В предписаниях говорилось, что подразделение бойцов направляется в район 154, 325 и 340-й стрелковых дивизий для выполнения оперативных задач. Пользуясь этими документами, группа свободно разъезжала на шести санных упряжках, собирала шпионские сведения и передавала их по радио в Брянск.
На участке Западного фронта германская военная разведка создала несколько таких диверсионных отрядов численностью до 300 человек, также действовавших под видом подразделений Красной Армии или партизанских отрядов. Особым отделом Брянского фронта была арестована группа агентов. Они окончили специальную школу диверсантов в Орле. Группа была переброшена в район действий 48-й армии с целью взорвать полотно железной дороги, угнать самолет, собирать сведения о наших частях и т. п.
Активизация деятельности германской военной разведки на советско-германском фронте потребовала изменений в организации органов советской контрразведки, улучшения качества ее работы. Центральный Комитет партии и Государственный Комитет Обороны принимают меры по дальнейшему совершенствованию структуры и деятельности контрразведывательных органов. В апреле 1943 года органы военной контрразведки выводятся из подчинения НКВД и организуются в составе Народного комиссариата обороны и Народного комиссариата Военно-Морского Флота. Одновременно они переименовываются из особых отделов в органы военной контрразведки «Смерш» (смерть шпионам).
21 апреля 1943 года Постановлением Государственного Комитета Обороны на базе Управления особых отделов НКВД организуются Главное управление «Смерш» Народного комиссариата обороны СССР и Управление «Смерш» Народного комиссариата Военно-Морского Флота СССР.
В военных округах, на флотах, в воинских и военно-морских соединениях образуются отделы контрразведки «Смерш».
Разоблачая немецко-фашистскую агентуру, советские военные контрразведчики получали сведения, из которых было видно, что командование гитлеровских войск в ряде случаев располагало достаточно подробной информацией не только о положении наших войск и их вооружении, но и о некоторых намерениях командования и боеготовности частей. Это было прямым следствием утечки к врагу важнейшей военной информации. Видимо, в общей массе советских солдат и командиров, свято хранивших военную тайну, были и такие военнослужащие, которые мало заботились о сохранности военных секретов. Не всегда соблюдались указания о недопустимости открытых переговоров по радио и телефонным линиям связи по вопросам, составляющим военную тайну.