В то же время М. С. Воронцов решительно выступал против мусульманского фанатизма. В одном из своих предписаний командующему Кавказской линии он пишет, что из Турции и Персии на Кавказ проникли так называемые мусульманские проповедники. Но они «проповедуют не столько настоящую, простую веру магометанскую, как какой-то мюридизм или фанатизм с намерением приготовить покорных доселе магометан к восстанию против нашего правительства». «Вам хорошо известны мнения и правила мои насчет веротерпения, — продолжает он, — и я знаю, что вы сами, так же как я, почитаете нашим долгом ни в чем не мешать вероисповеданиям разных подданных Его Величества в здешнем крае, избегать прозелитизма и не позволять распространиться слуху, что мы хотим обращать мусульман в христиан»6.
М. С. Воронцов был истинно верующим человеком, поэтому он не считал, что есть правильные религии, например, православная религия, и есть религии ложные, что есть верования, угодные Богу, и есть верования заблуждающихся. Противопоставление одних религий другим ведет к вражде между народами, к невозможности умиротворения. Без настоящей веротерпимости невозможно достичь прочного мира. Но как христианин, он не мог не заботиться о распространении и укреплении на Кавказе православной веры. В том же предписании командующему Кавказской линии говорилось: «Но с другой стороны мы должны: 1. защищать христиан от опасности превращения в исламизм, 2. стараться, сколько можно, чтобы в духе и правилах магометан не вкрались и не умножились чувства ненависти к нам и наклонности к мюридизму»7.
М. С. Воронцов был уверен в «превосходстве нашей святой веры перед всеми другими». Но это превосходство, считал он, должно проявляться не в нападках на другие религии, а в поступках, в поведении человека как истинного христианина.
Для распространения православия на Кавказе и подготовки священнослужителей в 1846 году в Ставрополе была открыта духовная семинария. В 1854 году был издан указ об изменениях в управлении церковными имениями в православной Грузии.
М. С. Воронцов поддерживал дружеские отношения с наиболее авторитетным церковным деятелем на Кавказе патриархом всех армян Нерсесом V. Во время осады Гянджи в декабре 1803 года поручик Воронцов и архимандрит Нерсес жили в одной палатке. В 1827 году архиепископ Нерсес был переведен на пост епархиального начальника в Бессарабии.
На соборе 1843 года Нерсес был избран патриархом всех армян. В декабре 1845 года Нерсес приехал в Тифлис и жил здесь до конца весны следующего года. Почти каждый вечер его можно было видеть в доме М. С. Воронцова. Во время бесед наместник и патриарх обсуждали возможности достижения мира на Кавказе.
Одним из оснований умиротворения Кавказа должно было стать экономическое развитие региона, поэтому М. С. Воронцов экономическим вопросам уделял не меньшее внимание, чем вопросам военным и политическим. При этом он опирался на опыт хозяйственного развития Новороссии и Бессарабии.
Воронцов способствовал распространению виноградарства и садоводства. Закупил тонкорунных овец. Проводил соревнование между местными плугами и привезенными из Одессы. Занимался орошением полей — по его распоряжению бурились артезианские колодцы. Благодаря этому ожила обширная безводная Мугабская степь. При его участии было создано Кавказское общество сельского хозяйства.
Наместник поощрял развитие местных ремесел. В Тифлисе была открыта большая выставка, на которой демонстрировались ремесленные и фабричные изделия, а также образцы добываемых на Кавказе минералов. В Алагире заработал серебряно-цинковый завод. В разных районах Кавказа были разведаны месторождения каменного угля и началась его добыча. О том, какое значение придавалось поискам новых месторождений каменного угля, свидетельствуют такие слова А. П. Ермолова: «Если бы удалось открыть уголь в Казыкумыхе, то это было бы лучше золотых приисков»8.
Развитию сельскохозяйственного и промышленного производства сопутствовало расширение торговых связей. Строились новые дороги и мосты через реки Терек и Куру. В 1845 году открылся порт в Новороссийске, а в 1848 году был основан город Ейск, где вскоре появились порт и таможенная застава, куда пришел первый иностранный корабль, греческий, с грузом разнообразных товаров. Началось регулярное пароходное сообщение между портами Крыма и Кавказа. Было принято несколько постановлений для облегчения перевозки товаров по Кавказу и транзитом через Кавказ. В городах Елизаветполе и Александрополе стали проводиться ежегодные ярмарки.
Позаботился наместник и о том, чтобы в Тифлисе не было нищих. Для тех, кто по увечью или дряхлости «не в состоянии снискать средства к жизни собственными трудами», при городской больнице была открыта бесплатная столовая.