В 1915 г. В. Ф. Джунковский оказался втянутым в конфликт, связанный с погромами и выступлениями против "немецкого засилья" в Москве. На этот раз ему пришлось оправдываться в Государственной Думе по обвинению в бездействии полиции и в своем германофильстве. В воспоминаниях он подробно, даже повторяясь, рассказывает о московских беспорядках и совершенно определенно указывает их причину — умышленное попустительство московских властей, прежде всего главноначальствующего Ф. Ф. Юсупова и градоначальника А. А. Адрианова.
Обвинение было снято, однако стан недругов В. Ф. Джунковского пополнился. Теперь среди них были такие влиятельные в придворных кругах лица, как Ф. Ф. Юсупов (старший) и И. Г. Щегловитов, ловкие, беспринципные чиновники как С. П. Белецкий, и другие обиженные, например А. А. Адрианов. Все они плели свои интриги и ждали случая, когда В. Ф. Джунковский споткнется. Таким камнем преткновения стал для него Г. Распутин.
Г. Распутин вызывал у В. Ф. Джунковского не только чувство брезгливости и презрения, но и опасения за престиж и судьбу самой монархии. По его инициативе Департамент полиции установил за Г. Е. Распутиным особое наблюдение, и к 1 июня 1915 г. на рабочем столе В. Ф. Джунковского скопилось множество донесений секретных агентов о пьяных оргиях "старца", в которых он компрометировал императрицу. Тогда В. Ф. Джунковский решился на мужественный и рискованный поступок — составил "всеподданнейшую записку", в которой подробно изложил все известные ему факты, называя вещи своими именами. Это был действительно смелый шаг — император не терпел вмешательства в свою частную жизнь, а Распутин уже стал "Другом" и частью жизни царской семьи. В свое время П. А. Столыпин поплатился немилостью за попытку аналогичного вмешательства. В. Ф. Джунковский, конечно, знал об этом, но для него честь Престола и судьба Отечества были дороже личной карьеры.
Записка готовилась в обстановке величайшей секретности, о ней знали всего несколько ближайших помощников В. Ф. Джунковского, черновик был уничтожен. И хотя о своих намерениях В. Ф. Джунковский поставил в известность министра внутренних дел Н. А. Маклакова, всю ответственность он брал на себя, выступая только от своего имени.
В июне 1915 г. В. Ф. Джунковский, испросив аудиенцию, был принят императором, представил ему свою записку и доложил ее содержание. Николай II слушал его внимательно, не прерывая, казался ошеломленным, а прощаясь, попросил держать его в курсе дела. В. Ф. Джунковский вышел от царя успокоенный и довольный. В последующие дни Г. Распутин был удален от двора, а к автору записки царь "был более милостив, чем когда-либо".
Однако друзья Г. Е. Распутина и недруги В. Ф. Джунковского, как он пишет, "не дремали и приняли меры" 18. Его записка была передана императрице Александре Федоровне, и та потребовала, чтобы флигель-адъютант Саблин провел контррасследование. В ходе его и под сильным нажимом бывший московский градоначальник А. А. Адрианов показал, что о "скандале у "Яра" (этот эпизод был ключевым моментом записки) ему ничего не известно. Императрица потребовала отставки В. Ф. Джунковского, а Распутин вернул утраченные позиции.
15 августа 1915 г. В. Ф. Джунковский был отстранен от занимаемой должности, даже без объяснения причин и традиционно принятого выражения благодарности за беспорочную службу. Слух об этом быстро распространился по столице и вскоре достиг и Москвы. Каждый день на домашний адрес В. Ф. Джунковского приходили сочувственные письма и депеши.
"Всей душой с Вами, — писал ему известный политик, бывший Председатель III Государственной Думы, лидер партии октябристов А. И. Гучков. — Знаю, что Вы переживаете. Но не скорбите, а радуйтесь Вашему освобождению из плена. Вы видите — "они" — обреченные, их никто спасти не может. Пытался спасти их Петр Аркадьевич (Столыпин. — Авт.) — Вы знаете, кто и как с ним расправился. Пытался и я спасти, но затем махнул рукой. Пытались сделать и Вы, но на Вас махнули рукой. Но кто нуждается в спасении, так это — Россия. И она от Вас не отмахнется. Она нуждается в таких людях, как Вы. Послужите ей. Крепко жму Вашу руку. Глубоко уважающий Вас и искренне преданный А. Гучков" 19.