Церковь, построенная Юстинианом, была обнесена стенами. Их высота колебалась от 8 до 18 метров, а толщина — от 1,8 до 2,7 метра. Материалом для этих стен послужили крупные обтесанные блоки из синайского гранита, обработанного прямо здесь, на месте. Верхняя часть стен сложена из их обломков, скрепленных известковым раствором. Эти стены были столь величественны и мощны, что в течение 14 веков они не нуждались в переделке. На южной стене видны кресты, монограммы и другие символы христианства, выбитые в граните. Первая реконструкция мощных стен была произведена в 1801 году, вторая — в 1951-м. Во время второй реконструкции к южной стене с внутренней стороны были пристроены помещения для библиотеки, галерея для демонстрации икон, апартаменты для архиепископа и трапезная для монахов. Здесь же разместилась и небольшая амбулатория с зубоврачебным кабинетом.
Основное здание церкви — большой центральный зал и боковые приделы — было сооружено по проекту архитектора Этьена Элизиоса. Стены, колонны и потолок и сегодня те, которые были изготовлены во времена Юстиниана. Двенадцать колонн соответствуют числу месяцев в году. Они сделаны из монолитного гранита и покрашены белой масляной краской. На каждой колонне подвешена икона с изображением святых и великомучеников, деяния которых отмечаются в соответствующем месяце. Резная капитель, покрашенная зеленой краской, имеет изображения креста, знамен, виноградных гроздьев и агнца — символа Иисуса Христа. Церковные иконы очень старые, и самые ранние из них датируются VI веком. Мозаичный белого и серого мрамора пол, иконостас и внутреннее убранство церкви датируются XVII и XVIII веками. Самое большое впечатление на нас произвели высокие резные двери из ливанского кедра, сделанные византийским ремесленником 1400 лет тому назад. Вся площадь дверей, состоящих из четырех створок, разбита на квадраты и прямоугольники, заполненные изображениями животных, птиц, деревьев, цветов и листьев. Наверху выгравированы слова из Священного писания: ”Вот дверь, ведущая в Вечность; через нее войдут все праведники”.
…Инок Михаил ведет нас по церкви. Вот богатый иконостас, а за ним — два серебряных саркофага. За алтарем — место для хора, а еще дальше прямо по центру — часовня ”неопалимой купины”, куда можно попасть через часовню Св. Жака, что слева от алтаря, или через часовню великомучеников Синая. Здесь я с удовольствием обнаружил несколько икон московского письма со старославянскими надписями. На обеих сторонах церкви находится по три небольшие часовни, а точнее, продолговатых, увешанных иконами помещения, отделенных от центрального нефа невысоким деревянным ограждением. Так, слева от алтаря, от входа с древними византийскими дверями расположена часовня Св. Марины, затем идет часовня Св. Константина и Св. Елены и часовня Св. Антипа. Справа — часовни Св. Косьмы и Св. Демьяна, Св. Симеона Столпника, Св. Иоахима и Св. Анны.
За византийскими дверями находится небольшая галерея, где выставлена часть икон, собранных в монастыре. Всего в монастыре насчитывается более 2000 икон, из них 150 выставлены в галерее; 12 самых древних икон исполнены в редкой технике — энкаустике (греч. ”выжигаю”), т. е. живописи восковыми красками, наносимыми горячими металлическими инструментами. В монастыре в течение веков сложился свой, синайский стиль иконописи, но здесь представлены и православные иконы, выполненные в примитивном византийском, а также греческом, грузинском, сирийском и коптском стилях и датируемые VI–XV веками. Большое впечатление на меня произвели две иконы, выполненные в технике энкаустики в реалистической манере, характерной для греческой александрийской школы иконописи доисламского Египта. Одна из них изображает Св. Петра — зрелого человека с седой короткой шевелюрой, пронзительными карими глазами и сильным волевым лицом. Этот портрет очень напоминает знаменитые портреты из Файюма, исполненные в Древнем Египте. Второй портрет — Иисуса — написан таким образом, что его взгляд следит за вами, с какой бы стороны портрета вы ни находились. В левой руке он держит Евангелие, а пальцы правой руки сложены для крестного знамения. Эта икона тоже исполнена в византийском стиле в VI веке.