Но самое сильное впечатление в монастыре оставляет библиотека, которая считается второй в мире после ватиканской по количеству и ценности собранных здесь рукописей и книг религиозного содержания. И не случайно, что в библиотеку пускают далеко не всех посетителей монастыря. А если и пускают, так только в небольшую прихожую. Из 3 тыс. фолиантов 2 тыс. написаны на древнегреческом языке, остальные — на арабском, арамейском, грузинском, армянском, коптском, эфиопском и старославянском языках. Большая часть рукописей скопирована или переведена самими монахами. Среди манускриптов есть и работы на историческую тему; некоторые из них скреплены золотыми или свинцовыми печатями императоров, патриархов и султанов.
Одним из таких уникальных документов является эдикт пророка Мухаммеда о протекции над монастырем. Мухаммед бывал на Синае во время своих поездок с караваном из Мекки, и в Коране есть упоминание о святых местах на Синае. Поэтому, когда в 625 году в Медине появилась делегация монахов из Синайского монастыря, пророк Мухаммед ее немедленно принял. Монахи получили покровительство мусульман и освобождение от налогов, и в 641 году, когда мусульмане появились на Синае, монастырь не был разорен и продолжал нормально существовать. В XI веке внутри стен монастыря была построена мечеть — случай беспрецедентный в истории. Это было сделано с единственной целью — уменьшить давление на христианскую общину Синая и монастырское братство со стороны мусульманского окружения. Однако это не смогло изменить ситуацию: количество монахов все равно постепенно уменьшалось, большая часть христианского населения Синая была обращена в ислам, а часть христиан выехала в другие части христианского мира.
Сопровождавшие нас при осмотре монахи охотно показывают дверь, которая была подарена крестоносцами. В период крестовых походов (1096–1270) монастырь переживал период расцвета. Был создан специальный орден ”Крестоносцы горы Синай”, который охранял христианских паломников, посещавших монастырь. В мамлюкский период монастырь переживал тяжелый период, но в 1517 году турецкий султан Селим! Грозный захватил Египет и Синай и объявил себя покровителем монастыря. Турецкие власти предоставили ряд привилегий монахам и архиепископу — главе этой братии. Христианские государи Европы, конечно же, не отставали от турецких султанов, старались дарами и предоставлением различных привилегий выразить свое благожелательное отношение к монахам монастыря Св. Екатерины. Монастырь получил земли и имел свои отделения в Греции, на острове Крит, в Палестине, Турции, Румынии, России и даже в Индии.
Появившийся в Египте Наполеон Бонапарт не изменил традиции и взял монастырь под свое покровительство. 19 декабря 1798 года он собственноручно подписал декларацию из девяти пунктов, в которой перечислялись привилегии монастыря. Более того, Бонапарт выделил деньги на реконструкцию стен монастыря, поврежденных ураганом 1798 года. Последующие годы не были благоприятны для монастыря. Он постепенно терял свои владения в Турции, Румынии, России и других странах, продолжая существовать в основном за счет паломников и своей библиотеки. В 1966 году с большой помпой было отмечено 1400-летнее существование монастыря с участием представителей православной церкви и Константина, в то время короля Греции.
Связи России и монастыря Св. Екатерины (независимой общины, действующей в системе восточной православной церкви) заслуживают того, чтобы остановиться на них подробнее. В этих отношениях есть и светлые и темные страницы. Русские цари и особенно царицы с большим трепетом относились к христианской общине синайских монахов. За счет пожертвований Русской православной церкви была построена в 1871 году высокая колокольня монастыря. В Одесской губернии монастырю были отписаны поместья, доходы от которых поступали в монастырь. К числу фактов духовного общения можно отнести посещение монастыря в 1870 году архимандритом Антонином (Андрей Иванович Капустин) — руководителем Русской духовной миссии в Иерусалиме. Он также был вдохновителем создания Императорского Православного Палестинского общества, возникшего в 1882 году с целью организации паломничества русских богомольцев к библейским местам в Палестине, а также научной и просветительской деятельности представителей православия. Архимандрит Антонин составил каталог некоторых греческих манускриптов монастырской библиотеки, в которой он обнаружил 38 текстов на старославянском языке. Монахи подарили Антонину, некоторые листы из этих манускриптов, которые датируются X веком и хранятся сейчас в киевской Центральной академической библиотеке.