Разработка Ju-52/3m совпала по времени с началом воссоздания ВВС Германии. Естественно, что надежная машина привлекла внимание руководства люфтваффе и с 1934 г. «юнкерсы» начинают использоваться в качестве бомбардировщиков. Для этого был разработан вариант Ju-52/3mg3e. Он совмещал функции бомбардировщика и военно-транспортного самолета. Бомбы размещались в бывшем пассажирском салоне. Именно военные пилоты ласково назвали самолет «Тетушкой Ю». Всего же люфтваффе получили 450 бомбардировщиков Ju-52/3mg.
В боевых условиях впервые «Тетку Ю» применили в августе 1932 г. во время конфликта между Колумбией и Перу. С октября того же года участвовал в боливийско-парагвайской войне (в обоих случаях в качестве транспортного). В июле—октябре 1936 г. 19 Ju-52 осуществляли переброску войск франкистов из Марокко в Испанию. Довелось «юнкерсам» повоевать в Испании и в качестве бомбардировщиков. До лета 1937 г. немецкий «Легион Кондор» использовал их для ударов по войскам, портам и городам, в том числе и Мадриду. Появление в испанском небе истребителей И-16 и И-15 резко изменило ситуацию и вскоре машины данного типа были выведены из состава боевых подразделений «Легион Кондор». Часть машин передали в транспортные части, остальные — в ВВС генерала Франко.
В 1935 г. в серию пошла модификация «g4e». На ней внедрили усиленное шасси, хвостовое колесо стало стандартным. Для перевозки грузов усилили пол салона и ввели люк в потолке по типу одномоторных Ju-52. С правого борта появился большой люк. Ju-52/3mg4c мог быть оборудован как «вспомогательный бомбардировщик», но реально очень немногие машины оснастили подобным образом. В основном самолеты этого типа использовались исключительно как военно-транспортные.
В апреле 1938 г. на базе бомбардировочной группы IV/ KG 152, оснащенной Ju-52, была создана KGrzbVI — бомбардировочная группа специального назначения. Эта группа стала первым транспортным соединением люфтваффе. С этого момента «Тетки Ю» становятся основным транспортным самолетом германских ВВС.
В 1939 г. появился Ju-52/3mg5e. В целом он был подобен «g4c». Отличием стали двигатели BMW-132T-2 (830 л.с.) и противообледенительная система. Самолет мог эксплуатироваться с колес, лыж или поплавков. Поплавковые варианты обозначались Ju-52/3mg5eW или Ju-52/3mg5e(See). Вначале самолеты оснащались поплавками «Юнкере» водоизмещением 9,5 т, но их получили очень немного самолетов. Все остальные получили поплавки «Хейнкель» водоизмещением 11 т. Поплавковые машины были примерно на полтонны тяжелее сухопутных. За счет большего веса и увеличившегося лобового сопротивления их летные данные ухудшились. В дальнейшем поплавки устанавливали на самолеты модификаций g3e, g5e, g6e, g7e, g8e и па реквизированные из гражданской авиации машины.
На пассажирских и штабных самолетов в кабине устанавливали 12—15 кресел, чаще всего 12 в два ряда, по шесть вдоль каждого борта. Транспортные машины оборудовались откидными сиденьями у бортов на 18 мест. Экипаж самолета состоял из пилота, радиста и стрелка. Оборонительное вооружение включало всего один пулемет MG-15 в верхней стрелковой точке. Параллельно с Ju-52/3mg5e выпускалась модификация «g6e». Она отличалась упрощенным радиооборудования и отсутствием креплений для поплавков.
С началом войны Ju-52 широко использовались для высадки десантов в Норвегии, Голландии, Бельгии, на острове Крит. В этих операциях было задействовало до 500 машин. Соответственно велики были и потери — только над Критом погибло порядка 170 «Теток 10». Для восполнения потерь их производство поддерживалось на достаточно высоком уровне: в 1939 г. — 145, в 1940 г. — 388, в 1941 г. — 502, в 1942 г. — 503, в 1943 г. — 887, в 1944 г. — 379.
В 1941 г. в серию пошел Ju-52/3mg7e с увеличенным грузовым люком в борту и автопилотом «Сименс К40», а в остальном он был подобен «g5e». Оборонительное вооружение также было аналогично предшествующим модификациям, но позднее ввели дополнительную переднюю огневую установку. Над местом второго пилота смонтировали экранированную турель с пулеметом MG-15.
Чуть позже, в том же 1941 г., освоили производство модификации «g8e». Главным сё отличием должны были стать двигатели BMW-132Z (850 л.с), но из-за их нехватки сначала ставили все те же BMW-132T. Еще одним отличием Ju-52/3mg8e стал дополнительный люк в полу грузовой кабины. Во время производства па Ju-52/3mg8e в верхней огневой установке вместо пулемета MG-15 был установлен крупнокалиберный (13-мм) MG-131.