Авторитетность М.В.Алексеева в это время такова, что его заочно выбирают в состав белого правительства Уфимской Директории. Предполагалось, что он станет командующим армией Директории, возможно, заместит на этом посту генерала Болдырева. Но Михаилу Васильевичу было суждено вложить оставшиеся силы лишь в развитие екатеринодарского "Особого совещания". В свои последние дни он так болеет, что не может выходить из предоставленных ему комнат в особняке пивовара Ирзы на Екатерининской улице. Здесь Верховный Алексеев ежеутренне работает со своим помощником Драгомировым. Генерал Михаил Васильевич Алексеев скончался 25 сентября (8 октября по новому стилю) 1918 года.
Что чувствовал Алексеев в последнее время своей жизни? Об этом есть безупречное свидетельство Железного Степаныча Тимановского. Он расскажет его через год после алексеевской кончины добровольцу А. Битенбиндеру, как раз перед своей смертью, и тот отметит:
"Генерал Тимановский инстинктивно предчувствовал близкую смерть и затеял весь разговор с целью передать слова генерала Алексеева кому-то другому, чтобы они не исчезли бесследно". Битенбиндер описывает:
"На одной из дневок я по делам службы явился к генералу Тимановскому, начальнику дивизии. По окончании доклада генерал совершенно неожиданно для меня заговорил о генерале Алексееве, начальнике штаба Ставки Государя Императора.
— Вы ведь знаете, что я командовал Георгиевским батальоном при Ставке. Генерал Алексеев очень любил и ценил меня, не забывал и на Кубани. При редких встречах со мной он в откровенной беседе изливал мне свою наболевшую душу, — рассказывал генерал Тимановский. Затем генерал придвинул свой стул ближе ко мне и продолжал:
— Однажды вечером генерал Алексеев и я сидели на скамейке под окном дома, в одной из станиц на Кубани. Мы погрузились в свои думы. Генерал Алексеев поднял голову, тяжело вздохнул и промолвил: "Николай Степанович! Если бы я мог предвидеть, что революция выявится в таких формах, я бы поступил иначе".
И генерал Тимановский добавил от себя:
— Старик не предвидел возможности гражданской войны, а теперь предчувствовал ее катастрофический исход. В несвязном разговоре генерал Тимановский проронил слова:
— Старика мучили угрызения совести, он жалел…"
Бывший Партизанский пеший полк, воевавший во Втором Кубанском походе во 2-ой дивизии генерала Боровского, после смерти генерала-адъютанта М.В.Алексеева получил его именное шефство и переименовался в Партизанский генерала Алексеева пехотный полк.
В ноябре 1918 года из 2-й батареи 2-го легкого артиллерийского дивизиона появится первая алексеевская артиллерийская часть — 2-я генерала Алексеева батарея. Форму артиллеристов отличат фуражки с белой тульей и черным околышем с тремя красными выпушками, черные погоны с красными выпушками и просветами. Все алексеевцы получат шефскую литеру «А» славянской вязью.
"Приказ Главнокомандующего Добровольческой Армии номер 1, гор. Екатеринодар, сентябрь 25-го дня, 1918 года. Сегодня окончил свою полную подвига, самоотвержения и страдания жизнь генерал Михаил Васильевич Алексеев. Семейные радости, душевный покой, все стороны личной жизни — он принес в жертву служения Отчизне. Тяжелая лямка строевого офицера, ученый труд, боевая деятельность офицера Генерального штаба, огромная по нравственной ответственности работа фактического руководителя всеми вооруженными силами русского государства в Отечественную войну вот его крестный путь. Путь, озаренный кристальной честностью и героической любовью к Родине — великой и растоптанной.
Когда не стало Армии и гибла Русь, он первый поднял голос, кликнул клич русскому офицерству и русским людям. Он отдал последние силы свои созданной его руками Добровольческой армии. Перенеся и травлю, и непонимание, и тяжелые невзгоды страшного похода, сломившего его физические силы, он с верой в сердце и с любовью к своему детищу шел с ним по тернистому пути к заветной цели спасения Родины. Бог не судил ему увидеть рассвет. Но он близок. И решимость Добровольческой армии продолжать его жертвенный подвиг до конца пусть будет дорогим венком на свежую могилу собирателя Русской Земли.